Це команда gmx-view, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
gmx-view – перегляд траєкторії на терміналі X-Windows
СИНТАКСИС
gmx перегляд [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-b ]
[-e ] [-dt ]
ОПИС
gmx вид це засіб перегляду траєкторії GROMACS. Ця програма зчитує файл траєкторії, пробіг
вхідний файл та файл індексу та накреслює тривимірну структуру вашої молекули на вашому стандартному X
Віконний екран. Немає потреби в високоякісній графічній робочій станції, вона працює навіть на монохромному
Екрани.
Реалізовано такі функції: 3D перегляд, поворот, переклад і масштабування
Вашої молекули(ів), мітки на атомах, анімація траєкторій, друкована копія в PostScript
формат, визначені користувачем атом-фільтри працює на MIT-X (реальний X), відкриті вікна та мотив, користувач
зручні меню, можливість видалення періодичності, можливість відображення обчислювального поля.
Можна використовувати деякі з найбільш поширених параметрів командного рядка X: -bg, -fg змінювати кольори, -шрифт
ім'я шрифту змінює шрифт.
ВАРІАНТИ
Параметри для визначення вхідних файлів:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Траєкторія: xtc трр рахувати гро g96 pdb тнг
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Вхідний файл для запуску портативного xdr
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Необов'язково)
Індексний файл
Інші варіанти:
-b (0)
Перший кадр (ps) для зчитування з траєкторії
-e (0)
Останній кадр (ps) для читання з траєкторії
-dt (0)
Використовуйте кадр лише тоді, коли t MOD dt = перший раз (ps)
KNOWN ПИТАННЯ
· Варіант «Кульки» не працює
· Іноді скидає ядро без поважної причини
Використовуйте gmx-view онлайн за допомогою служб onworks.net
