Це команда gt-shredder, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн- емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
gt-shredder – файли послідовності подрібнювача на послідовні частини випадкової довжини.
СИНТАКСИС
gt подрібнювач [опція ...] [файл_послідовності ...]
ОПИС
- охоплення [значення]
встановіть кількість разів, коли файл послідовності подрібнюється (за замовчуванням: 1)
- довжина [значення]
встановити мінімальну довжину подрібнених фрагментів (за замовчуванням: 300)
- максимальна довжина [значення]
встановити максимальну довжину подрібнених фрагментів (за замовчуванням: 700)
- перекриття [значення]
встановити перекриття між послідовними частинами (за замовчуванням: 0)
-зразок [значення]
візьміть зразки фрагментів згенерованих послідовностей із заданою ймовірністю (за замовчуванням:
1.000000)
-clipdesc [так|ні]
описи кліпів після першого пробілу (одурені \t, \n тощо) додає зміщення та довжину до
забезпечити унікальний ідентифікатор (за замовчуванням: ні)
-ширина [значення]
встановити вихідну ширину для послідовного друку FASTA (0 вимикає форматування) (за замовчуванням: 0)
-o [ім'я файлу]
переспрямувати вихід у вказаний файл (за замовчуванням: не визначено)
-gzip [так|ні]
записати стиснений вихідний файл gzip (за замовчуванням: ні)
-bzip2 [так|ні]
записати стиснений вихідний файл bzip2 (за замовчуванням: ні)
- сила [так|ні]
примусово записувати у вихідний файл (за замовчуванням: ні)
-допомога
відобразити довідку та вийти
-версія
відобразити інформацію про версію та вийти
Кожна послідовність наведена в файл_послідовності подрібнюється на послідовні шматки випадковим чином
довжина (між - довжина та - максимальна довжина) до тих пір, поки він не буде спожитий. Це означає останній
подрібнений фрагмент заданої послідовності може бути коротшим за аргумент параметра
- довжина. Щоб позбутися таких фрагментів, використовуйте gt seqfilter (див. приклад нижче).
ПРИКЛАДИ:
Подрібніть заданий BAC:
$ gt shredder U89959_genomic.fas > fragments.fas
Подрібніть колекцію EST на шматки розміром від 50 до 100 bp і позбудьтеся від усього (термінал)
фрагменти коротше 50 bp:
$gt шредер -minlength 50 -maxlength 100 U89959_ests.fas \
| gt seqfilter -minlength 50 - > fragments.fas
№ 130 з 1260 послідовностей видалено (10.317%)
Подрібніть колекцію EST і покажіть лише випадкові 10% отриманих фрагментів:
$ gt shredder -зразок 0.1 U89959_ests.fas
ЗВІТНІСТЬ БУГИ
Повідомте про помилки до[захищено електронною поштою]>.
Використовуйте gt-shredder онлайн за допомогою служб onworks.net
