Це команда gt-speck, яку можна запустити у безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks за допомогою однієї з наших безкоштовних онлайн-робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
gt-speck — перевіряє відповідність визначення специфікації у вхідних даних GFF3.
СИНТАКСИС
gt цятка [параметри] [GFF3_файл ...]
ОПИС
-спецфайл [ім'я файлу]
файл із визначенням специфікації (за замовчуванням: не визначено)
-кольорова [так|ні]
показувати кольоровий вихід (за замовчуванням: так)
-provideindex [так|ні]
надати індекс функції в просторі імен specfile (потрібно O(n) пам’яті для введення n
функції) (за замовчуванням: немає)
-сортувати [так|ні]
сортувати вхідні дані перед перевіркою (потрібно O(n) пам’яті для n функцій введення) (за замовчуванням: ні)
- безвідмовний [так|ні]
зупинити обробку та повідомити про помилки виконання замість того, щоб записувати їх у результати
(за замовчуванням: ні)
-вихід [рядок]
формат виводу на вибір: json, text, html, тільки statson (за замовчуванням: text)
-перевірка типу [рядок]
Використовуйте онтологію, наведену у файлі OBO, щоб підтвердити відносини між батьками та дітьми. Якщо ні
задано аргумент, використовується файл sofa.obo з каталогу gtdata/obo_files. Якщо
задається аргумент, він використовується як ім'я файлу OBO. У випадку, якщо такий файл робить
не існує .obo додається до аргументу і завантажує отримане ім’я файлу з
каталог gtdata/obo_files. (за замовчуванням: так)
-seqfile [ім'я файлу]
встановити файл послідовності, з якого будуть брати послідовності (за замовчуванням: не визначено)
-encseq [ім'я файлу]
встановити ім’я індексу закодованої послідовності, з якого брати послідовності (за замовчуванням:
невизначено)
-seqfiles
встановіть файли послідовності, з яких витягуватиме використання функцій -- щоб завершити список
файлів послідовності
- matchdesc [так|ні]
пошук потрібних ідентифікаторів послідовності в описах послідовностей у вхідних файлах (в
GFF3), повідомляє про перший матч (за замовчуванням: ні)
-matchdescstart [так|ні]
точно відповідати описам послідовності з вхідних файлів для потрібної послідовності
Ідентифікатори (у GFF3) від початку до першого пробілу (за замовчуванням: ні)
-usedesc [так|ні]
використовуйте описи послідовностей, щоб зіставити ідентифікатори послідовностей (у GFF3) з фактичною послідовністю
записи. Якщо опис містить діапазон послідовності (наприклад, III:1000001..2000000),
перша частина використовується як ідентифікатор послідовності (III) і позиція першого діапазону як зміщення
(1000001) (за замовчуванням: ні)
-картографування регіонів [рядок]
встановити файл, що містить область послідовності, на відображення файлу послідовності (за замовчуванням: не визначено)
-o [ім'я файлу]
переспрямувати вихід у вказаний файл (за замовчуванням: не визначено)
-gzip [так|ні]
записати стиснений вихідний файл gzip (за замовчуванням: ні)
-bzip2 [так|ні]
записати стиснений вихідний файл bzip2 (за замовчуванням: ні)
- сила [так|ні]
примусово записувати у вихідний файл (за замовчуванням: ні)
-v [так|ні]
бути багатослівним (за замовчуванням: ні)
-допомога
відобразити довідку та вийти
-версія
відобразити інформацію про версію та вийти
ЗВІТНІСТЬ БУГИ
Повідомте про помилки до[захищено електронною поштою]>.
Використовуйте gt-speck онлайн за допомогою сервісів onworks.net
