mpialign - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

mpialign - паралельне локальне вирівнювання біологічних послідовностей

СИНТАКСИС

mpialign [-s оцінки] [-S розділити] [-H hblk] [-V vblk] файл1 файл2

ОПИС

mpiAlign — це локальний вирівнювач послідовностей, спеціально призначений для використання з великими біологічними
Послідовності ДНК з розміром понад 1 Мбп (мільйони пар основ). Він використовує метод Сміта-Вотермена
точний алгоритм з функцією вартості афінного розриву для виконання цього завдання.

Загальне опції:
-h відобразити цю довідку та вийти

-s
вкажіть розділений комами список балів, які будуть використовуватися під час обчислення вирівнювання
матриці по всій програмі. Список має бути у форматі
"-sMATCH,MISMATCH,GAP_OPEN,GAP_EXTENSION" (без лапок) і аналізується в цьому
ТОЧНИЙ порядок; пробіли між значеннями не допускаються. Якщо є якісь невизначені
параметри, вони встановлені на значення за замовчуванням і видається попередження;
перевищення параметрів відкидається

Стажування 2 опції:
-S
(лише mpialign) кількість частин, на які потрібно розділити матрицю вирівнювання; Після цього
На етапі застосовується циклічна блокова модель, яка розподіляє кожну частину порівну між усіма
доступні вузли

-H
(тільки mpialign) кількість горизонтальних підрозділів, зроблених кожним вузлом до свого
підматриця вирівнювання; оскільки це значення визначає ширину блоку, має бути хороший вибір
дозволити двом повним рядкам матриці вмістити сторінки кешу процесора, покращуючи алгоритм
продуктивністі

-V
(лише mpialign) кількість вертикальних поділів, зроблених кожним вузлом для його вирівнювання
підматриця; це значення безпосередньо впливає на обсяг міжвузлового зв'язку і є
використовується ТІЛЬКИ, якщо для параметра «split» встановлено значення 1, в іншому випадку встановлюється кількість доступних
вузли

Використовуйте mpialign онлайн за допомогою служб onworks.net