Це команда pacoxph, яку можна запустити в безкоштовному хостинг-провайдері OnWorks за допомогою однієї з наших безкоштовних онлайн-робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
pacoxph - Виконайте загальногеномний асоціативний аналіз за допомогою моделі пропорційних ризиків Кокса
СИНТАКСИС
pacoxph [ командного рядка опції ]
ОПИС
pacoxph ефективно запускає лінійну регресію для великих введених наборів даних.
Опції
Вимагається команда лінія опції
-p, --фено Фото
Прочитайте дані фенотипу з Фото
-я, --інформація Фото
Прочитайте інформацію про SNP Фото (наприклад, файл MLINFO).
-d, --доза Фото
Ім'я файлу предиктора SNP (наприклад, MLDOSE/MLPROB).
опціональний команда лінія опції
-м, --карта Фото
Ім'я файлу карти, що містить позиції базової пари для кожного SNP.
-n, --ніди НОМЕР
Кількість людей для аналізу.
-c, --хром Фото
Хромосома (передається на вихід).
-о, -- вихід Фото
Ім'я вихідного файлу (за замовчуванням regression.out.txt ).
-так, --skipd НОМЕР
Скільки стовпців пропустити у файлі предиктора (доза/проба) (за умовчанням 2).
-t, --нриси НОМЕР
Скільки ознак аналізується (за замовчуванням 2).
-g, --ngpreds НОМЕР
Скільки стовпців-провісників на маркер (за замовчуванням 1 = MLDOSE; інакше використовуйте 2 для MLPROB).
-а, --роздільний Фото
Символ для окремих полів (за замовчуванням — пробіл).
-р, --оцінка
Використовуйте тест на оцінку.
-е, --без голови
Не повідомляйте рядок заголовка у вихідних даних.
-l --allcov
Повідомте оцінки для всіх коваріатів (великі результати!).
-б, --взаємодія
Яку коваріату використовувати для взаємодії з аналізом SNP (за замовчуванням – ні
взаємодія, 0).
-к, --interaction_only
Люблю --взаємодія але без коваріату, що діє у взаємодії з SNP (за замовчуванням є
немає взаємодії, 0).
--допомога Роздрукувати довідку.
Використовуйте pacoxph онлайн за допомогою сервісів onworks.net
