pair_align - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

pair_align - Попарне вирівнювання

СИНТАКСИС

pair_align [ПАРАМЕТИ] -s IN.fa

ОПИС

Програма дозволяє вирівнювати дві послідовності за допомогою вирівнювання динамічного програмування
алгоритми під час налаштування різних параметрів.

-h, --допомога

Відображає це повідомлення довідки.

-- версія

Показати інформацію про версію

Основні варіанти:

-s, --наступ IN.fa

Файл FASTA з двома послідовностями. Дійсні типи файлів: fasta і fa.

-a, -- алфавіт АЛФАВИТ

Алфавіт послідовності. Один із білка, ДНК, РНК і тексту. За замовчуванням: білок.

-m, --метод МЕТОД

Метод вирівнювання DP: Needleman-Wunsch, Gotoh, Smith-Waterman, Longest Common
Підпослідовність Один із nw, gotoh, sw та lcs. За замовчуванням: gotoh.

-o, --outfile OUT

Вихідна назва файлу. Дійсні типи файлів: fa, fasta та msf. За замовчуванням: out.fasta.

Варіанти оцінки:

-g, --гоп INT

Відкритий пенальті. За замовчуванням: -11.

-e, --gex INT

Штраф за розширення розриву. За замовчуванням: -1.

-ма, --матриця MATRIX_FILE

Матриця балів.

-РС, --msc INT

Рахунок матчу. Типове значення: 5.

-мм, --mmsc INT

Штраф за невідповідність. За замовчуванням: -4.

Параметри смугового вирівнювання:

- ось, --низький INT

Нижня діагональ.

-Привіт, --високий INT

Верхня діагональ.

Параметри конфігурації DP Matrix:

-c, --config КОНФ

Конфігурація вирівнювання. Один із ffff, ffft, fftf, fftt, ftff, ftft, fttf, fttt,
тффф, тффт, тфф, тфф, тфф, тцф, тцф і тцц.

КОНФІГУРАЦІЯ ВИРІВНЮВАННЯ

Конфігурація вирівнювання — це рядок із чотирьох символів, кожен з яких є t або
f. Дозволені всі комбінації. Сенс полягає в наступному.

ffff Перший рядок ініціалізовано 0 с.

ftff Перший стовпець ініціалізовано нулями.

fftf Пошук максимуму в останній колонці.

ffft Пошук максимуму в останньому рядку.

Версія

pair_align версія: 1.1 Останнє оновлення листопад 2012 р

Використовуйте pair_align онлайн за допомогою сервісів onworks.net