parseblast - Інтернет у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

parseblast - фільтрація пар сегментів з високим рівнем оцінки (HSP) від WU/NCBI BLAST.

СИНТАКСИС

парсебласт [параметри]

ОПИС

На цій сторінці посібника коротко описано парсебласт команда

Доступні різні варіанти виводу, найважливішими тут є ті, що дозволяють
записувати HSP у форматі GFF (GFFv1, GFFv2 або APLOT). Послідовності можуть бути включені в GFF
записи як поле коментаря. Крім того, цей скрипт може також виводити вирівнювання для
кожен HSP в ALN, MSF або табличних форматах.

ПРИМІТКА - Якщо перший рядок із виводу програми blast (той, що містить ароматизатор
запустіть, скажіть тут BLASTN, BLASTP, BLASTX, TBLASTN або TBLASTX), відсутній, програма припускає
що він містить записи BLASTN HSP. Отже, переконайтеся, що ви подаєте сценарій parseblast
з добре відформатованим файлом BLAST. Іноді між HSP-координатами та
його послідовність, як це іноді буває у виходах Web-Blast або Paracel-Blast. Тепер ті
записи обробляються нормально, і цей HSP витягується так само, як і "стандартні".

УВАГА - Поля кадрів із записів GFF, створених за допомогою parseblast, містять кадр BLAST
(".", "1", "2", "3") замість стандартних значень GFF (".", "0", "1", "2"). Як каркас для
Зворотний ланцюг має бути перераховано з початкової довжини послідовності, ми пропонуємо користувачам
постобробіть вихід GFF із цього сценарію за допомогою відповідного фільтра, який фіксує кадри
(у випадку, якщо програма, яка збирається використовувати записи GFF, не працюватиме з
оригінальні рами BLAST). Ми надаємо параметр командного рядка "--no-frame" для встановлення кадрів
"." (мається на увазі відсутність рамки).

ВАРІАНТИ

parseblast за замовчуванням друкує вихідні дані у форматі "HSP" (див. нижче). Він приймає вхідні дані від
або один/кілька файлів і записує вихідні дані в , щоб користувач міг перенаправляти
у файл, але він також міг використовувати програму як фільтр у каналі. "-N", "-M", "-P",
Параметри "-G", "-F", "-A" і "-X" (також версії довгих назв для кожного) є взаємними
винятково, і порядок їх пріоритету показано вище.

GFF ВАРІАНТИ:

-G, --gff
Друкує вихідні дані у форматі GFFv1.

-F, --fullgff
Друкує вихідні дані у форматі «вирівнювання» GFFv2 («ціль»).

-A, --сюжет
Друкує вихідні дані у форматі «вирівнювання» псевдо-GFF APLOT.

-S, --предмет
Проектування результату GFF за SUBJECT (за замовчуванням за QUERY).

-Q, --послідовність
Додайте послідовності запиту та теми до запису GFF.

-б, --bit-score
Установіть для поля значення Bits (оцінка вирівнювання за замовчуванням).

-я, --ідентифікаційний бал
Установіть для поля значення Identities (Вирівнювання за замовчуванням).

-так, --повні бали
Включіть усі бали для кожного HSP у кожен запис GFF.

-у, --без рамки
Установіть для всіх кадрів значення "." (GFF для недоступних кадрів).

-t, --compact-tags
Цільові координати+ланцюг+рамка в короткій формі (БЕЗ GFFv2!).

ЗАЛИШКА ВАРІАНТИ:

-П, -- попарно
Друкує попарне вирівнювання для кожного HSP у форматі TBL.

-М, --msf
Друкує попарне вирівнювання для кожного HSP у форматі MSF.

-N, --aln
Друкує попарне вирівнювання для кожного HSP у форматі ALN.

-W, --show-coords
Додає початкові/кінцеві позиції до результату вирівнювання.

Загальні відомості ВАРІАНТИ:

-X, --розширений
Розширений вихід (створення багаторядкових вихідних записів).

-c, -- коментарі
Включити параметри з програми blast як коментарі.

-n, --без коментарів
Не друкуйте рядки «#» (необроблений вихід без коментарів).

-v, -багатослівний
Попередження надіслано до .

-- версія
Друк версії програми та вихід.

-h, --допомога
Показує цю довідку та виходить.

ВИХІД ФОРМАТИ:

«S_» означає «Subject_Sequence», а «Q_» — «Query_Sequence». Ім'я використовується
із вхідного файлу blast. обчислюються від і позицій
оригінальний файл вибуху. отримується з файлу blast, якщо він присутній, інакше встановлено значення
".". за замовчуванням встановлено на оцінку вирівнювання, ви можете змінити його за допомогою "-b" та "-i".
Якщо задано параметри «-S» або «--subject», тоді поля QUERY посилаються на SUBJECT і
Поля SUBJECT відносяться до QUERY (це доступно лише для вихідних записів GFF).
Крапки ("...") означають, що опис запису продовжується в наступному рядку, але такий
запис друкується як однорядковий запис parseblast.

[HSP] <- (Це is ПОВЕРНЕНО ВИХІД ФОРМАТ)
: ...
... ...
... : ...
... : ...
... :

[GFF]
hsp

[ПОВНИЙ GFF] <- (GFF показ вирівнювання дані)
hsp ...
... Ціль "" ...
... E_value Strand Frame

[СЮЖЕТ] <- (GFF формат підвищена та цінності ПЛОТ програма)
: hsp : : ...
... : : : ...
... # E_value

[РОЗГОЛОШЕНО]
MATCH(): x
SCORE():
BITSC():
EXPEC(): Psum()
IDENT(): / : %
T_GAP():
FRAME(): /
STRND(): /
MXLEN():
QUERY(): length : прогалини : ...
... : : :
SBJCT(): length : пропуски : ...
... : : :

Використовуйте parseblast онлайн за допомогою сервісів onworks.net