plastimatch - Онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

plastimatch — реєстрація, перетворення, деформація або маніпулювання зображеннями

СИНТАКСИС

пластикматч команда [параметри]

ОПИС

Виконуваний файл plastimatch використовується для різноманітних операцій над 2D або 3D зображеннями,
включаючи реєстрацію зображень, деформацію, повторну вибірку та перетворення формату файлу. Форма
опцій залежить від наданої команди. Список можливих команд можна побачити
просто ввівши "plastimatch" без додаткових аргументів командного рядка:

$ plastimatch
plastimatch версія 1.6.0-beta (5023)
Використання: команда plastimatch [параметри]
команди:
додати коригувати середню межу врожаю
порівняти скласти конвертувати кубики розн
dmap dvh фільтр заповнення гама
заголовок jacobian mabs mask probe
зареєструвати статистику масштабного сегмента передвибірки
synth synth-vf threshold об’єднання мініатюр
деформація xf-перетворення

Для детального використання певної команди введіть:
команда plastimatch

PLASTIMATCH ДОДАТИ

Команда додавати Команда використовується для додавання одного або кількох зображень разом і створення вихідного зображення.
Внески вхідних зображень можна зважити за допомогою вагового вектора.

Використання командного рядка наведено наступним чином:

Використання: plastimatch додати [параметри] input_file [input_file ...]
варіанти:
--average створити вихідний файл, який є середнім значенням
вхідні файли (якщо не вказано ваги), або
помножити ваги на 1/n
--вихід вихідне зображення
--вага задати вектор ваг; зображення є
помножити на вагу перед додаванням їх
величини

прикладів
Щоб додати разом файли 01.mha, 02.mha і 03.mha, і зберегти результат у файлі
output.mha, ви можете запустити таку команду:

plastimatch add --output output.mha 01.mha 02.mha 03.mha

Якщо ви хочете, щоб output.mha становив 2 * 01.mha + 0.5 * 02.mha + 0.1 * 03.mha, вам слід
зробити це:

plastimatch додати \
--output output.mha \
--вага "2 0.5 0.1" \
01.mha 02.mha 03.mha

PLASTIMATCH РЕГУЛЮЙТЕ

Команда регулювати Команда використовується для налаштування значень інтенсивності зображення. Регулювання
Доступні операції: усічення та лінійне масштабування.

Використання командного рядка наведено наступним чином:

Використання: налаштування plastimatch [опції]
Вимагається:
--вхід вхідний каталог або ім'я файлу
--вихід вихідне зображення
Додатково:
--pw-лінійний струна, яка утворює кусково-лінійну
зіставляти вхідні значення з вихідними значеннями,
у формі "вхід 1, вихід 1, вхід 2, вихід 2,..."

Команду adjust можна використовувати для подрібненого лінійного коригування зображення
інтенсивності. Параметр --pw-linear використовується для створення відображення на основі вхідних інтенсивностей
до вихідної інтенсивності. Вхідні інтенсивності на кривій повинні зростати зліва на
прямо в рядку, але вихідні інтенсивності довільні.

Вхідні інтенсивності нижче першої пари або після останньої пари перетворюються на
екстраполяція кривої до нескінченності з нахилом +1. Може бути інший нахил
вказується до позитивної або негативної нескінченності, вказуючи спеціальні вхідні значення
-inf та +inf. У цьому випадку друге число в парі є нахилом кривої, а не
вихідна інтенсивність.

прикладів
Наступна команда додасть 100 до всіх вокселів на зображенні:

регулювати plastimatch \
--input infile.nrrd \
--output outfile.nrrd \
--pw-лінійний "0,100"

Наступна команда робить те ж саме, але з явною специфікацією нахилу
площа екстраполяції:

регулювати plastimatch \
--input infile.nrrd \
--output outfile.nrrd \
--pw-лінійний "-inf,1,0,100,inf,1"

Наступна команда скорочує вхідні дані до діапазону [-1000,+1000]:

регулювати plastimatch \
--input infile.nrrd \
--output outfile.nrrd \
--pw-linear "-inf,0,-1000,-1000,+1000,+1000,inf,0"

PLASTIMATCH СЕРЕДНЯ

Команда середній Команда використовується для обчислення (зваженого) середнього для кількох вхідних зображень.
Це те саме, що і plastimatch додавати команду із зазначеним параметром --average.
Будь ласка зверніться до пластикматч додавати для списку аргументів командного рядка.

Приклад
Наступна команда обчислить середнє значення трьох вхідних зображень:

plastimatch середній \
--output outfile.nrrd \
01.mha 02.mha 0.3.mha

PLASTIMATCH АВТОМАТИЧКА

Команда автомітка Команда – це експериментальна програма, яка використовує машинне навчання для визначення
грудних хребців на КТ.

Використання командного рядка наведено наступним чином:

Використання: autolabel plastimatch [опції]
варіанти:
-h, --help Відобразити це повідомлення довідки
--вхід Введіть назву файлу зображення (обов'язково)
-- мережа Введіть навчене мережеве ім'я файлу (обов'язково)
--вихід Вивести ім'я файлу csv (обов'язково)

PLASTIMATCH МЕЖА

Команда межа команда приймає двійкове зображення мітки як вхідні дані та створює зображення
межі зображення як вихід. Межа визначається як воксели всередині мітки
які мають сусідні воксели за межами мітки.

Використання командного рядка наведено наступним чином:

Використання: plastimatch boundary [options] input_file
Вимагається:
--вихід ім'я файлу для вихідного зображення

PLASTIMATCH УРОЖАЙ

Команда урожай команда обрізає прямокутну частину вхідного файлу та зберігає цю частину
у вихідний файл. Використання командного рядка показано наступним чином:

Використання: plastimatch Crop [опції]
Вимагається:
--input=image_in
--вихід=зображення_вихід
--voxels="x-min x-max y-min y-max z-min z-max" (цілі числа)

Воксели індексуються, починаючи з нуля. Іншими словами, якщо розмір зображення дорівнює M
imes N імен P, значення x повинні коливатися від 0 до M-1.

Приклад
Наступна команда вибирає область розміром 10 імен 10 імен 10 з першим вокселом
вихідне зображення знаходиться в місці (5,8,12) вхідного зображення:

урожай plastimatch \
--input in.mha \
--output out.mha \
--вокселі "5 14 8 17 12 21"

PLASTIMATCH ПОРІВНЯТИ

Команда порівняти команда порівнює два файли, віднімаючи один файл від іншого, і
звітна статистика різницевого зображення. Два вхідні файли мають бути однаковими
геометрія (походження, розміри та відстань вокселів). Використання командного рядка подається як
наступним чином:

Використання: plastimatch compare image_in_1 image_in_2

Приклад
Наступна команда віднімає synth_2 від synth_1 і повідомляє статистику:

$ plastimatch порівняти synth_1.mha synth_2.mha
MIN -558.201904 AVE 7.769664 MAX 558.680847
MAE 85.100204 MSE 18945.892578
DIF 54872 NUM 54872

Повідомлена статистика інтерпретується наступним чином:

MIN Мінімальне значення відмінності зображення
AVE Середнє значення різницевого зображення
MAX Максимальне значення відмінності зображення
MAE Середнє середнє значення різницевого зображення
MSE Середня квадратична різниця між зображеннями
DIF Кількість пікселів різної інтенсивності
NUM Загальна кількість вокселів у різницевому зображенні

PLASTIMATCH КОМПОЗ

Команда скласти Команда використовується для створення двох перетворень. Використання командного рядка подається як
наступним чином:

Використання: plastimatch compose file_1 file_2 outfile

Примітка: спочатку застосовується файл_1, а потім файл_2.
вихідний файл = файл_2 або файл_1
x -> x + файл_2(x + файл_1(x))

Перетворення можуть бути будь-якого типу, включаючи трансляцію, жорстке, афінне, itk B-сплайн,
власний B-сплайн, або векторні поля. Вихідний файл завжди є векторним полем.

Існує ще одне обмеження, що принаймні один із вхідних файлів має бути a
рідний B-сплайн або векторне поле. Це обмеження є необхідним, оскільки саме так
вибирається роздільна здатність та воксельний відстань вихідного векторного поля.

Приклад
Припустимо, ми хочемо скласти жорстке перетворення (rigid.tfm) з векторним полем (vf.mha),
таким, що вихідне перетворення еквівалентне застосуванню спочатку жорсткого перетворення, і
векторне поле друге.

plastimatch compose rigid.tfm vf.mha composed_vf.mha

PLASTIMATCH CONVERT

Команда конвертувати Команда використовується для перетворення файлів з одного формату в інший. Як частина
процесу перетворення він також може застосовувати (лінійні або деформовані) геометричні перетворення
до вхідних зображень. Фактично, конвертувати це просто псевдонім для деформуватися команда

Використання командного рядка наведено наступним чином:

Використання: plastimatch convert [опції]
варіанти:
--алгоритм алгоритм, який можна використовувати для деформації
"itk" або "native", за замовчуванням є рідним
--ctatts файл атрибутів ct (використовується dij warper)
--значення за замовчуванням значення, яке потрібно встановити для пікселів з невідомими
значення, за замовчуванням 0
--dicom-with-uids встановити значення false, щоб видалити uid зі створеного
dicom імена файлів, за замовчуванням значення true
--розн файл dif (використовується dij warper)
--тьмяний розмір вихідного зображення у вокселах "x [yz]"
--напрямок-косинус
орієнтація осей x, y та z; Вкажіть
будь-яке попередньо встановлене значення,
{identity,rotated-{1,2,3},sheared} або 9
рядок матриці цифр "abcdefghi"
-- шкала дози масштабувати дозу на це значення
--виправлено фіксоване зображення (відповідайте розміру виводу цьому
зображення)
--вхід вхідний каталог або ім'я файлу; може бути
файл зображення, набору структури (cxt або
dicom-rt), файл дози (dicom-rt,
monte-carlo або xio), каталог dicom або
каталог xio
--input-cxt введіть файл cxt
--input-dose-ast введіть об’єм дози астроіда
--input-dose-img введіть об’єм дози
--input-dose-mc введіть гучність Монте-Карло
--вхідна-доза-xio введіть об’єм дози xio
-- вхідний префікс введіть каталог набору структур
зображення (одне зображення на файл)
--input-ss-img введіть файл зображення набору структури
--input-ss-list введіть файл зі списком набору структур
містить назви та кольори
--інтерполяція інтерполяція для використання під час повторної дискретизації,
або "nn" для найближчих сусідів або
"лінійний" для трилінійного, за замовчуванням є
лінійний
--метадані метадані пацієнта (ви можете використовувати це
варіант кілька разів), варіант написаний
як "XXXX,YYYY=рядок"
--модальність метадані модальності: такі як {CT, MR, PT},
за замовчуванням CT
--походження розташування першого воксела зображення в мм "xy
z"
--output-colormap створити файл колірної карти, який можна використовувати
з 3D слайсером
--output-cxt вивести файл набору структур у форматі cxt
--output-dicom створити каталог, що містить dicom і
файли dicom-rt
--output-dij створити файл матриці dij
--output-dose-img створити об’єм зображення дози
--output-img вихідне зображення; може бути mha, mhd, nii,
nrrd або інший формат, який підтримує ITK
--output-labelmap створити зображення набору структури з кожним
воксель, позначений як єдина структура
--output-pointset створити файл точок, який можна використовувати
з 3D слайсером
--префікс вихідних даних створити каталог з окремим зображенням
для кожної конструкції
--output-prefix-fcsv
створити каталог з окремим fcsv
файл pointset для кожної структури
--output-ss-img створити зображення набору структури, яке
дозволяє перекривати конструкції
--output-ss-list створити файл зі списком структурних наборів
містить назви та кольори
--тип-виведення тип вихідного зображення, один із {uchar,
короткий, плаваючий, ...}
--output-vf створити векторне поле з входу xf
--output-xio створити каталог, що містить xio-формат
файли
--ідентифікатор пацієнта метадані ідентифікатора пацієнта: рядок
--ім’я пацієнта Метадані імені пацієнта: рядок
--пацієнт-поз Метадані позиції пацієнта: один з
{hfs,hfp,ffs,ffp}
--формат префікса формат файлу растеризованих структур,
або "mha" або "nrrd"
--prune-empty видалити порожні структури з виводу
--referenced-ct dicom каталог, який використовується для встановлення UID і
метадані
--опис-серії
Метадані опису серії: рядок
--simplify-perc видалити відсоток вершин
з вихідних поліліній
-- інтервал відстань вокселів у мм "x [yz]"
--version відображення версії програми
--xf вхідне перетворення, що використовується для деформації зображень
--xor-contours Контури, що перекриваються, мають бути xor'd
замість or'd

прикладів
Перший приклад демонструє, як перетворити том DICOM у NRRD. Зображення DICOM
які містять том, повинні зберігатися в одному каталозі, як у цьому прикладі
називається "dicom-in-dir". Оскільки параметр --output-type не вказано, вихід
тип буде відповідати типу вхідного тому DICOM. Формат вихідного файлу
(NRRD) визначається з розширення імені файлу.

plastimatch конвертувати \
--input dicom-in-dir \
--output-img вихідний файл.nrrd

Цей приклад додатково перетворює тип інтенсивності зображення на плаваючий.

plastimatch конвертувати \
--input dicom-in-dir \
--output-img вихідний файл.nrrd \
--вихідного типу float

Наступний приклад показує, як змінити вибірку вихідного зображення до іншої геометрії. The
Параметр --origin встановлює положення (центру) першого воксела зображення,
Параметр --dim встановлює кількість вокселів, а параметр --spacing встановлює відстань між ними
вокселів. Прийнято, що одиниці початку та інтервалу — міліметри.

plastimatch конвертувати \
--input dicom-in-dir \
--output-img вихідний файл.nrrd \
--походження "-200 -200 -165" \
--dim "250 250 110" \
--інтервал "2 2 2.5"

Взагалі кажучи, вручну вказувати геометрію вихідного файлу нудно. Якщо
ви хочете зіставити геометрію вихідного файлу з існуючим файлом, ви можете зробити це
за допомогою параметра --fixed.

plastimatch конвертувати \
--input dicom-in-dir \
--output-img вихідний файл.nrrd \
--фіксований посилання.nrrd

У наступному прикладі показано, як перетворити файл набору структур DICOM RT у зображення за допомогою
параметр --output-ss-img. Оскільки структури в DICOM RT є полілініями, вони є такими
растеризовані для створення зображення. Вокселами вихідного зображення є 32-розрядні цілі числа, де
i^-й біт кожного цілого має значення одиниці, якщо воксель знаходиться у відповідному
структуру і значення нуль, якщо воксель лежить поза структурою. Назви структур
зберігаються в окремому файлі за допомогою параметра --output-ss-list.

plastimatch конвертувати \
--input structures.dcm \
--output-ss-img вихідний файл.nrrd \
--output-ss-list outfile.txt

У попередньому прикладі геометрія вихідного файлу не була вказана. Коли
геометрія набору структур DICOM RT не вказана, передбачається, що вона відповідає геометрії
зображення DICOM CT, пов’язаного з контурами. Якщо пов’язане зображення DICOM CT є
у тому самому каталозі, що й файл набору структури, він буде знайдено автоматично.
В іншому випадку ми повинні вказати plastimatch, де він розташований, за допомогою параметра --dicom-dir.

plastimatch конвертувати \
--input structures.dcm \
--output-ss-img вихідний файл.nrrd \
--output-ss-list outfile.txt \
--dicom-каталог ../ct-каталог

PLASTIMATCH DICE

Пластиматч гральна кістка порівнює двійкові зображення етикеток за допомогою коефіцієнта Dice Hausdorff
відстань, або контурна середня відстань. Вхідні зображення обробляються як логічні, де
Ненульові значення означають, що воксель знаходиться всередині структури, а нульові значення означають, що
воксель знаходиться поза структурою.

Використання командного рядка наведено наступним чином:

Використання: plastimatch dice [опції] контрольне зображення тестове зображення
варіанти:
--усі обчислювальні кубики, Хаусдорфові та контурні середні
відстань (еквівалент --dice --hausdorff
--контурний середній)
--contour-mean Розрахувати середню відстань контуру
--dice обчислити коефіцієнт кубика (за замовчуванням)
--hausdorff Обчисліть відстань Хаусдорфа та середнє значення Хаусдорфа
відстань

Приклад
Наступна команда обчислює всі три статистичні дані для mask1.mha і mask2.mha:

кубики plastimatch --all mask1.mha mask2.mha

PLASTIMATCH РІЗНИЦЯ

Пластиматч різниця Команда віднімає одне зображення від іншого і зберігає результат у вигляді a
новий образ. Два вхідних файли повинні мати однакову геометрію (початок, розміри та воксель
інтервал).

Використання командного рядка наведено наступним чином:

Використання: plastimatch diff image_in_1 image_in_2 image_out

Приклад
Наступна команда обчислює file1.nrrd мінус file2.nrrd і зберігає результат
outfile.nrrd:

plastimatch diff file1.nrrd file2.nrrd outfile.nrrd

PLASTIMATCH DMAP

Пластиматч dmap Команда приймає двійкове зображення мітки як вхідні дані та створює відстань
зображення карти як вихід. Вихідне зображення має ту саму геометрію зображення (початок,
розміри, відстань вокселів) як вхідне зображення.

Використання командного рядка наведено наступним чином:

Використання: plastimatch dmap [параметри]
Вимагається:
--вхід вхідний каталог або ім'я файлу
--вихід вихідне зображення
Додатково:
--алгоритм рядок, який визначає використаний алгоритм
також для розрахунку карти відстані
"maurer", "danielsson" або "itk-danielsson"
(за замовчуванням "Danielsson")
--всередині-позитивні воксели всередині структури повинні бути
позитивні (за замовчуванням вони негативні)
--максимальна відстань
вокселів з відстанями, більшими за цю
число буде обрізано відстань до
це число
--squared-distance повертає відстань у квадраті замість
відстань

Приклад
Наступна команда обчислює файл карти відстані dmap.nrrd із двійкового зображення карти міток
label.nrrd.:

plastimatch dmap --input label.nrrd --output dmap.nrrd

PLASTIMATCH DRR

Ця команда розробляється.

PLASTIMATCH DVH

Команда dvh Команда створює гістограму значення дози (DVH) із заданого зображення та структури дози
встановити зображення. Використання командного рядка показано наступним чином:

Використання: plastimatch dvh [опції]
--input-ss-img файл
--input-ss-list файл
--файл вхідної дози
--output-csv файл
--вхідні одиниці {gy,cgy}
--кумулятивний
--кількість ящиків
--bin-width

Необхідні вхідні дані --input-dose, --input-ss-img, --input-ss-list та --output-csv.
Одиниці вхідної дози мають бути Гр або сГр. Буде згенеровано значення бункера DVH
для всіх структур, знайдених у файлах набору структур. Вихід буде згенеровано як
Файл електронної таблиці у форматі ASCII csv, доступний для читання OpenOffice.org або Microsoft Excel.

За замовчуванням є диференціальна (стандартна) гістограма, а не кумулятивний DVH, який
найчастіше зустрічається в радіотерапії. Щоб створити сукупний DVH, використовуйте параметр --cumulative.

За замовчуванням створюється 256 бункерів, кожна з яких має ширину 1 Гр. Ви можете налаштувати ці значення
використовуючи параметри --num-bins та --bin-width.

Приклад
Щоб створити DVH для однієї фракції 2 Гр, ми можемо вибрати 250 бункерів шириною 1.
cGy. Якщо вхідна доза вже вказана в cGy, ви повинні використовувати таку команду:

plastimatch dvh \
--input-ss-img structures.mha \
--input-ss-list structures.txt \
--input-dose dose.mha \
--output-csv dvh.csv \
--вхідні одиниці cgy \
--кількість ящиків 250 \
--bin-width 1

PLASTIMATCH Заповнити

Команда заповнювати Команда використовується для заповнення області зображення постійною інтенсивністю. Регіон
filled визначається файлом маски з вокселами з відмінною від нуля інтенсивністю в зображенні маски
заповнюється.

Використання командного рядка наведено наступним чином:

Використання: заливка plastimatch [опції]
варіанти:
--вхід вхідний каталог або ім'я файлу; може бути зображенням
або каталог dicom
--маска введіть ім'я файлу для зображення маски
--mask-value значення для пікселів у масці (для
"заповнити") або за межами маски (для "маски"
--вихід ім'я вихідного файлу (для файлу зображення) або каталогу
(для dicom)
--формат виведення arg має бути "dicom" для виведення dicom
--тип-виведення тип вихідного зображення, один із {uchar, короткий,
плавати, ...}

прикладів
Припустимо, що у нас є файл prostate.nrrd, який дорівнює нулю за межами простати і відмінний від нуля
всередині простати. Ми можемо заповнити простату з інтенсивністю 1000, поки виходячи
непростатні ділянки з їх початковою інтенсивністю, використовуючи наступну команду.

заливка plastimatch \
--input infile.nrrd \
--output outfile.nrrd \
--mask-value 1000 \
--маска простати.nrrd

PLASTIMATCH ФІЛЬТР

Команда фільтрувати команда застосовує фільтр до вхідного зображення та створює відфільтроване зображення як його
вихід. Фільтр може бути як вбудованим, так і індивідуальним.

Використання командного рядка наведено наступним чином:

Використання: фільтр plastimatch [параметри] input_image
варіанти:
--gabor-k-fib виберіть напрямок Габора за індексом i всередині
спіраль Фібоначчі довжиною n; зазначено як
"in", де i та n – цілі числа, а i є
від 0 до n-1
--ширина Гауса ширина (у мм) рівномірного гаусса
згладжуючий фільтр
--ядро ім'я файлу образу ядра
--вихід ім'я файлу вихідного зображення
-- вихідне ядро вихідне ім'я файлу ядра
-- візерунок тип фільтра: {gabor, gauss, kernel},
за замовчуванням гаусс

Підтримуються вбудовані фільтри "Габор" і "Гаусс". Для гаусса ширина
Gaussian можна керувати за допомогою параметра --gauss-width. Наразі фільтр Габора
обмежується автоматичним вибором напрямків фільтра, які розміщені квазірівномірно
одинична сфера. Спеціальні фільтри вказуються шляхом надання файлу ядра, який є
зв'язаний із зображенням.

Приклад
Наступна команда створить відфільтроване зображення з першого фільтра Габора в межах a
банк з 10 фільтрів.:

фільтр plastimatch --pattern gabor Testing/rect-1.mha \
--gabor-k-fib "0 5" --вихід g-05.mha

PLASTIMATCH GAMMA

Команда гамма команда порівнює два зображення за так званим гамма-критерієм. Гама
Критерій вказує, що зображення подібні в місці розташування в межах еталонного зображення
якщо поблизу на порівняльному зображенні існує воксель з подібною інтенсивністю. Обидва місцеві
за допомогою цієї команди можна виконати гамму та глобальну гамму.

Використання командного рядка наведено наступним чином:

Використання: plastimatch gamma [опції] image_1 image_2
варіанти:
--аналіз-поріг
Поріг аналізу для дози у float (для
наприклад, введіть 0.1, щоб застосувати 10% від
референтна доза). Кінцева порогова доза
(Гр) обчислюється шляхом множення цього значення
значення та задана референтна доза (або
максимальна доза, якщо її не вводять). (за замовчуванням є
0.1)
--compute-full-region За допомогою цієї опції буде мати повну гамма-карту
генерується по всій області зображення
(навіть для регіону з низькими дозами). це є
рекомендується не використовувати цю опцію
прискорити обчислення. Воно не має
вплив на швидкість проходження гамма.
--переносимість дози Масштабний коефіцієнт для дози
різниця. (наприклад, поставте 0.02, якщо хочете
застосувати критерій різниці доз 2%)
(за замовчуванням 0.03)
--dta-tolerance Масштабування відстані до узгодження (DTA).
коефіцієнт у мм (за замовчуванням 3)
--гамма-макс Максимальне значення гами для обчислення;
менші значення працюють швидше (за умовчанням
2.0)
--inherent-resample
Значення інтервалу в [мм]. Довідка
саме зображення буде змінено цим
значення (Примітка: повторна вибірка порівняння зображення з
ref-образ уже притаманний). Якщо арг
0, цей параметр вимкнено. (за замовчуванням є
-1.0)
--interp-search За допомогою цієї опції розумна інтерполяція
пошук буде використовуватися в точках поблизу
орієнтир. Це усуне
потреби тонкої повторної вибірки. Однак це
обчислення займе більше часу.
--local-gamma За допомогою цього параметра різниця дози становить
розраховується на основі місцевої дози
різниця. Інакше дане посилання
буде використана доза, що називається
глобальна гамма.
--вихід Вихідне зображення
--output-failmap Шлях до файлу для оцінки двійкової гами
результат
--output-text Шлях до текстового файлу для оцінки гамми
результат
--референтна доза Рецептурна доза (Гр), що використовується
розрахувати толерантність до дози; якщо не вказано,
то максимальна доза в контрольному об’ємі становить
використовуваний
--resample-nn За допомогою цього параметра буде найближчий сусід
використовувати замість лінійної інтерполяції
у повторній вибірці порівняльного зображення до
довідкове зображення. Не рекомендується для
кращі результати.

Приклад
Гамма-зображення створюється з двох вхідних зображень із використанням параметрів за замовчуванням. Це буде
бути глобальною гамою, використовуючи максимальну інтенсивність еталонного зображення як гамму
значення нормалізації.:

plastimatch gamma --вихід gamma.mha \
reference-image.mha compare-image.mha

PLASTIMATCH HEADER

Команда заголовок Команда використовується для відображення простих властивостей про том, наприклад
тип даних зображення та геометрія зображення.

Використання командного рядка наведено наступним чином:

Використання: plastimatch заголовок [параметри] input_file [input_file ...]
варіанти:
-h, --help відобразити це повідомлення довідки
--version відображення версії програми

Приклад
Ми можемо відобразити геометрію будь-якого підтримуваного типу файлу, наприклад mha, nrrd або dicom. ми
можна виконати команду наступним чином:

$ plastimatch заголовок input.mha
Тип = float
Площини = 1
Походження = -180 -180 -167.75
Розмір = 512 512 120
Інтервал = 0.7031 0.7031 2.5
Напрям = 1 0 0 0 1 0 0 0 1

З інформації заголовка ми бачимо, що зображення має 120 фрагментів, і кожен фрагмент має 512 x
512 пікселів. Відстань між зрізами становить 2.5 мм, а відстань між пікселями в площині — 0.7031 мм.

PLASTIMATCH ЯКОБІАНСЬКИЙ

Команда якобіан команда обчислює якобіанський визначник векторного поля. Або а
Якобіанський визначник зображення або його підсумкова статистика можна обчислити.

Використання командного рядка наведено наступним чином:

Використання: plastimatch jacobian [опції]
варіанти:
--вхід вхідний каталог або ім'я файлу зображення
--output-img вихідне зображення; може бути mha, mhd, nii, nrrd,
або інший формат, який підтримує ITK
--output-stats вихідний файл статистики; формат .txt

Приклад
Щоб створити зображення визначника Якобія з файлу векторного поля vf.mha, виконайте наступне:

plastimatch якобіан \
--input vf.mha --output-img vf_jac.mha

PLASTIMATCH розширення MABS

Команда мат Команда виконує операцію сегментації на основі кількох атласів (MABS). Команда
може працювати в одному з кількох режимів навчання або в режимі сегментації.

Використання командного рядка наведено наступним чином:

Використання: plastimatch mabs [параметри] command_file
варіанти:
--atlas-selection запустити лише вибір атласу
--перетворення атласу попередньої обробки
--вихід вихідний (не-dicom) каталог під час виконання
сегментація
--output-dicom вивести каталог dicom під час виконання a
сегментація
--попереднє вирівнювання атласу попередньої обробки
--сегмент використовувати mabs для сегментації вказаного зображення
або каталог
--поїзд виконувати повне навчання, щоб знайти найкраще
параметри реєстрації та сегментації
--train-atlas-selection запустити просто тренувати вибір атласу
--train-registration виконувати обмежене навчання, щоб знайти
тільки найкращі параметри реєстрації

Перш ніж запустити команду mabs, ви повинні створити файл конфігурації, і ви повинні
впорядкуйте свої навчальні дані у відповідний формат каталогу. Для повного опису
Синтаксису командного файлу та прикладів використання див mabs_guidebook і
посилання на_файл_команд сегментації.

PLASTIMATCH MASK

Команда маска Команда використовується для заповнення області зображення постійною інтенсивністю. Регіон
filled визначається файлом маски, у якому в зображенні маски є воксели з нульовою інтенсивністю
заповнений. Таким чином, він є зворотним до заповнювати команда

Використання командного рядка наведено наступним чином:

Використання: маска plastimatch [опції]
варіанти:
--вхід вхідний каталог або ім'я файлу; може бути
каталог зображень або dicom
--маска введіть ім'я файлу для зображення маски
--mask-value значення для пікселів у масці (для
"заповнити") або за межами маски (для "маски"
--вихід ім'я вихідного файлу (для файлу зображення) або
каталог (для dicom)
--формат виведення arg має бути "dicom" для виведення dicom
--тип-виведення тип вихідного зображення, один із {uchar, короткий,
плавати, ...}

прикладів
Припустимо, що у нас є файл з назвою pacient.nrrd, який дорівнює нулю за межами пацієнта, і
відмінний від нуля всередині пацієнта. Якщо ми хочемо заповнити область зовні пацієнта с
значення -1000, ми використовуємо наступну команду.

plastimatch маска \
--input infile.nrrd \
--output outfile.nrrd \
--negate-mask \
--mask-value -1000 \
--маска пацієнта.nrrd

PLASTIMATCH ML-CONVERT

Бути написаним.

PLASTIMATCH PROBE

Пластиматч зонд Команда використовується для перевірки інтенсивності зображення або векторного поля
зміщення в одній або кількох позиціях в межах обсягу. Позиції зонда можуть бути
вказується у світових координатах (у мм), використовуючи параметр --location або як індекси зображення
за допомогою параметра --index. Розташування або індекси лінійно інтерполюються, якщо вони брешуть
між вокселями.

Використання командного рядка наведено наступним чином:

Використання: файл plastimatch зонда [опції].
варіанти:
-і, --індекс Список воксельних індексів, наприклад
"ijk;ijk;..."
-l, --місцезнаходження Список просторових місць, наприклад
"ijk;ijk;..."

Команда виведе один рядок для кожного запитаного датчика. Кожен вихідний рядок містить
наступні поля.:

PROBE# Номер датчика, починаючи з нуля
INDEX (Дробове) положення зонда як воксельного індексу
LOC Положення зонда у світових координатах
VALUE Інтенсивність (для обсягів) або зміщення
(для векторних полів)

Приклад
Ми використовуємо параметр індексу, щоб побачити інтенсивність зображення в координаті (2,3,4) і розташування
можливість побачити інтенсивність зображення в двох різних місцях:

зонд plastimatch \
--індекс "2 3 4" \
--розташування "0 0 0; 0.5 0.5 0.5" \
infile.nrrd

Вихідні дані включатимуть три результати дослідження. Кожен зонд показує індекс зонда, воксель
індекс, розташування вокселів та інтенсивність.

0: 2.00, 3.00, 4.00; -22.37, -21.05, -19.74; -998.725891
1: 19.00, 19.00, 19.00; 0.00, 0.00, 0.00; -0.000197
2: 19.38, 19.38, 19.38; 0.50, 0.50, 0.50; -9.793450

PLASTIMATCH REGISTER

Пластиматч реєструвати Команда використовується для виконання лінійної або деформованої реєстрації
два зображення. Використання командного рядка показано наступним чином:

Використання: register plastimatch command_file

Командний файл являє собою звичайний текстовий файл, який містить один глобальний розділ і один
або більше етапів розділів. Глобальний розділ починається з рядка, що містить лише рядок
"[GLOBAL]", і кожен етап починається з рядка, що містить рядок "[STAGE]".

Глобальний розділ використовується для встановлення вхідних файлів, вихідних файлів і глобальних параметрів, while
розділ кожного етапу визначає послідовний етап обробки. Для повного
опис синтаксису командного файлу, див
Посилання на файл_команди_реєстрації.

прикладів
Якщо ви хочете зареєструвати image_2.mha для відповідності image_1.mha за допомогою реєстрації B-сплайна,
створіть такий командний файл:

# командний_файл.txt
[ГЛОБАЛЬНИЙ]
fixed=image_1.mha
переміщення=image_2.mha
img_out=викривлений_2.mha
xform_out=bspline_coefficients.txt

[ЭТАП]
xform=bspline
impl=plastimatch
threading=openmp
max_its=30
regularization_lambda=0.005
grid_spac=100 100 100
res=4 4 2

Потім запустіть реєстрацію так:

register plastimatch command_file.txt

У наведеному вище прикладі виконується лише один етап реєстрації. Якщо ви хочете зробити
багатоетапна реєстрація, використовуйте кілька розділів [STAGE]. Подобається це:

# командний_файл.txt
[ГЛОБАЛЬНИЙ]
fixed=image_1.mha
переміщення=image_2.mha
img_out=викривлений_2.mha
xform_out=bspline_coefficients.txt

[ЭТАП]
xform=bspline
impl=plastimatch
threading=openmp
max_its=30
regularization_lambda=0.005
grid_spac=100 100 100
res=4 4 2

[ЭТАП]
max_its=30
grid_spac=80 80 80
res=2 2 1

[ЭТАП]
max_its=30
grid_spac=60 60 60
res=1 1 1

Додаткові приклади див Посібник із_реєстрації зображень.

PLASTIMATCH ПЕРЕЗАПЛЯТИ

Команда повторний зразок команду можна використовувати для зміни геометрії зображення.

Використання командного рядка наведено наступним чином:

Використання: повторна вибірка plastimatch [опції]
Необхідно: --input=file
--вихід=файл
Необов'язково: --subsample="xyz"
--fixed=файл
--origin="xyz"
--spacing="xyz"
--size="xyz"
--output_type={uchar,short,ushort,float,vf}
--interpolation={nn, лінійний}
--default_val=значення

Приклад
Ми можемо використовувати параметр --subsample, щоб приєднати цілу кількість вокселів до одного вокселя.
Так, наприклад, якщо ми хочемо приєднати куб розміром 3x3x1 воксел в один воксель, ми б
зробіть наступне.

повторний зразок plastimatch \
--input infile.nrrd \
--output outfile.nrrd \
--підзбірка "3 3 1"

PLASTIMATCH Шкала

Команда масштаб Команда масштабує зображення або векторне поле шляхом множення кожного вокселя на константу
value.

Використання командного рядка наведено наступним чином:

Використання: plastimatch scale [параметри] input_file
варіанти:
--вихід ім'я файлу для вихідного зображення або векторного поля
--вага масштабувати вхідне зображення або векторне поле за допомогою цього
значення (float)

Приклад
Ця команда створює вихідний файл із інтенсивністю зображення (або довжиною вокселів) вдвічі більшою
як вхідні значення:

plastimatch scale --output output.mha --weight 2.0 input.mha

PLASTIMATCH СЕГМЕНТ

Команда сегмент команда виконує просту семгенцію на основі порогових значень. Використання командного рядка
подано таким чином:

Використання: сегмент plastimatch [опції]
варіанти:
-h, --help Відобразити це повідомлення довідки
--вхід Введіть назву файлу зображення (обов'язково)
--нижній поріг Нижній поріг (включати воксели
вище цього значення)
--output-dicom Вихідний каталог dicom (для RTSTRUCT)
--output-img Вивести назву файлу зображення
--верхній поріг Верхній поріг (включати воксели
нижче цього значення)

Приклад
Припустимо, що у нас є КТ-зображення резервуара для води, і ми хочемо створити зображення, яке має такі
де є вода, а нулі там, де є повітря. Тоді ми могли б зробити це:

сегмент plastimatch \
--введіть water.mha \
--output-img water-label.mha \
--нижній поріг -500

Якщо замість цього ми хочемо створити набір структур DICOM-RT, ми повинні вказати зображення DICOM
як вхід. Це дозволить plastimatch створити DICOM-RT з відповідним пацієнтом
ім'я, ідентифікатор пацієнта та UID. Вихідний файл буде називатися "ss.dcm".

сегмент plastimatch \
--input water_dicom \
--output-dicom water_dicom \
--нижній поріг -500

PLASTIMATCH СТАТИСТИКА

Команда plastimatch stats відображає кілька основних статистичних даних про зображення на
екран.

Використання командного рядка наведено наступним чином:

Використання: файл статистики plastimatch [файл ...]

Вхідними файлами можуть бути 2D-проекційні зображення, 3D-об’єми або 3D-векторні поля.

Приклад
Наступна команда відображає статистику для 3D-об’єму synth_1.mha.

$ plastimatch stats synth_1.mha
MIN -999.915161 AVE -878.686035 MAX 0.000000 NUM 54872

Повідомлена статистика інтерпретується наступним чином:

MIN Мінімальна інтенсивність зображення
AVE Середня інтенсивність зображення
MAX Максимальна інтенсивність зображення
NUM Кількість вокселів у зображенні

Приклад
Наступна команда відображає статистику для 3D-векторного поля vf.mha:

$ plastimatch stats vf.mha
Мін.: 0.000 -0.119 -0.119
Середнє: 13.200 0.593 0.593
Макс: 21.250 1.488 1.488
Середнє значення преса: 13.200 0.594 0.594
Енергія: MINDIL -6.79 MAXDIL 0.166 MAXSTRAIN 41.576 TOTSTRAIN 70849
Мінімальне розширення при: (29 19 19)
Якобіан: MINJAC -6.32835 MAXJAC 1.15443 MINABSJAC 0.360538
Мінімальний абс якобіан на: (28 36 36)
Другі похідні: MINSECDER 0 MAXSECDER 388.82 TOTSECDER 669219
INTSECDER 1.524e+06
Максимальна друга похідна: (29 36 36)

Рядки, що відповідають "Мін., Середнє, Макс. і Середнє абс", мають по три числа, які
відповідають координатам x, y і z. Тому вони обчислюють цю статистику для
кожен векторний напрямок окремо.

Решта статистичних даних описується таким чином:

MINDIL Мінімальне розширення
MAXDIL Максимальне розширення
MAXSTRAIN Максимальне напруження
TOTSTRAIN Повне напруження
MINJAC Мінімальний якобіан
MAXJAC Максимальний якобіан
МІНАБСЯК Мінімальний абсолютний якобіан
МІНСЕКДР Мінімальна друга похідна
MAXSECDER Максимальна друга похідна
TOTSECDER Загальна друга похідна
INTSECDER Інтегральна друга похідна

PLASTIMATCH СИНТ

Команда синтезатор команда створює синтетичне зображення. Можуть бути наступні види зображень
створено, вказавши відповідний параметр --pattern. Кожен з цих візерунків постачається з
набір синтетичної структури та синтетична доза, яку можна використовувати для тестування.

· пончик -- конструкція у формі пончика

· гаусс -- гауссове розмиття

· grid -- тривимірна сітка

· легеня -- синтетична легеня з пухлиною

· прямокутник -- рівномірний прямокутник у однорідному фоні

· сфера -- однорідна сфера в межах однорідного фону

· xramp -- зображення, яке лінійно змінює інтенсивність у напрямку x

· yramp -- зображення, яке лінійно змінює інтенсивність у напрямку y

· zramp -- зображення, яке лінійно змінює інтенсивність у напрямку z

Використання командного рядка наведено наступним чином:

Використання: синтезатор plastimatch [опції]
варіанти:
--фон інтенсивність фонової області
--циліндр-центр розташування центру циліндра в мм «x [y
z]"
--радіус циліндра розмір циліндра в мм "x [yz]"
--dicom-with-uids встановити значення false, щоб видалити uid зі створеного
dicom імена файлів, за замовчуванням значення true
--тьмяний розмір вихідного зображення у вокселах "x [yz]"
--напрямок-косинус
орієнтація осей x, y та z; Вкажіть
будь-яке попередньо встановлене значення,
{identity,rotated-{1,2,3},sheared} або 9
рядок матриці цифр "abcdefghi"
--пончик-центр розташування центру пончика в мм "x [yz]"
--радіус пончика розмір пончика в мм "x [yz]"
--кільця для пончиків кількість кілець пончиків (2 кільця для
традиційний пончик)
--дозовий центр розташування центру дози в мм "xyz"
--розмір дози розміри дозового отвору в мм «х [у
z]", або розташування кутів прямокутника
в мм "x1 x2 y1 y2 z1 z2"
--виправлено фіксоване зображення (відповідайте розміру виводу цьому
зображення)
--передній план інтенсивність області переднього плану
--gabor-k-fib виберіть напрямок Габора за індексом i всередині
спіраль Фібоначчі довжиною n; вказано
як "in", де i і n цілі числа, і
i знаходиться від 0 до n-1
--центр Гаусса розташування гауссового центру в мм «х [у
z]"
--гаусс-станд ширина гаусса в мм "x [yz]"
-- сітка-шаблон відстань між шаблонами сітки у вокселях "x [yz]"
--вхід введіть зображення (додайте синтетичний візерунок до
існуюче зображення)
--пухлина-поз розташування пухлини в мм "z" або "xyz"
--метадані метадані пацієнта (ви можете використовувати це
варіант кілька разів)
--шум-середній середня інтенсивність гаусового шуму
--noise-std стандартне відхилення гаусового шуму
--походження розташування першого воксела зображення в мм "xy
z"
--вихід вихідне ім'я файлу
--output-dicom вихідний каталог dicom
--output-dose-img ім'я файлу для зображення вихідної дози
--output-ss-img ім'я файлу для зображення набору вихідної структури
--output-ss-list ім'я файлу для вихідного файлу, що містить
назви структур
--тип-виведення тип даних для вихідного зображення: {uchar,
short, ushort, ulong, float}, за замовчуванням є
плавати
--ідентифікатор пацієнта метадані ідентифікатора пацієнта: рядок
--ім’я пацієнта Метадані імені пацієнта: рядок
--пацієнт-поз Метадані позиції пацієнта: один з
{hfs,hfp,ffs,ffp}
-- візерунок синтетичний візерунок для створення: {циліндр,
пончик, доза, габор, гаус, сітка, легені,
шум, прямокутник, сфера, xramp, yramp,
zramp}, за замовчуванням гаусс
-- півтінь ширина дозової півтіні в мм
--rect-size ширина прямокутника в мм «x [yz]», або
розташування кутів прямокутника в мм «х1
x2 y1 y2 z1 z2"
-- інтервал відстань вокселів у мм "x [yz]"
--сфера-центр розташування центру сфери в мм "xyz"
--сфера-радіус радіус кулі в мм "x [yz]"
--об'єм-розмір розмір вихідного зображення в мм "x [yz]"

прикладів
Створіть кубічний водний фантом 30 x 30 x 40 см з нульовим положенням у центрі води
поверхня:

синтезатор plastimatch \
--pattern rect \
--output water_tank.mha \
--rect-size "-150 150 0 400 -150 150" \
--походження "-245.5 245.5 -49.5 449.5 -149.5 149.5" \
--інтервал "1 1 1" \
--dim "500 500 300"

Створіть фантоми легенів з двома різними положеннями пухлини та виведіть у dicom:

синтезатор plastimatch \
--зразок легень \
--output-dicom lung_inhale \
--lung-tumor-pos "0 0 10"
синтезатор plastimatch \
--зразок легень \
--output-dicom lung_exhale \
--lung-tumor-pos "0 0 -10"

PLASTIMATCH SYNTH-VF

Команда synth-vf команда створює синтетичне векторне поле. Наступні види векторів
поля можна створити, вказавши відповідну опцію.

· гаусс -- гауссова основа

· радіальний -- радіальне розширення або скорочення

· переклад -- однорідний переклад

· нуль -- векторне поле, яке всюди дорівнює нулю

Використання командного рядка наведено наступним чином:

Використання: plastimatch synth-vf [опції]
варіанти:
--тьмяний розмір вихідного зображення у вокселах "x [yz]"
--напрямок-косинус
орієнтація осей x, y та z; Вкажіть
будь-яке попередньо встановлене значення, {identity,
повернути-{1,2,3}, зрізати} або 9 цифр
рядок матриці "abcdefghi"
--виправлено Вхідне зображення, яке використовується для встановлення розміру
вихід
--центр Гаусса розташування центру гаусової основи «x [y
z]"
--гаусс-маг величина зміщення для гаусової деформації в
мм "x [yz]"
--гаусс-станд ширина гауссового стандарту в мм "x [yz]"
--походження розташування першого воксела зображення в мм "xy
z"
--вихід вихідне ім'я файлу
--радіально-центр розташування центру радіальної основи «x [y
z]"
--радіальний-маг величина зміщення для радіального перекосу в
мм "x [yz]"
-- інтервал відстань вокселів у мм "x [yz]"
--об'єм-розмір розмір вихідного зображення в мм "x [yz]"
--xf-гауссова гауссова деформація
--xf-радіальне радіальне розширення (або скорочення)
--xf-trans рівномірний переклад у мм "xyz"
--xf-zero Нульове перетворення

PLASTIMATCH ПОРІГ

Команда поріг команда створює двійкове зображення карти міток із зображення вхідної інтенсивності.

Використання командного рядка наведено наступним чином:

Використання: поріг plastimatch [опції]
варіанти:
-- вище значення, вище якого вихід має високе значення
--нижче значення, нижче якого вихід має високе значення
--вхід вхідний каталог або ім'я файлу
--вихід вихідне зображення
--діапазон рядок, який утворює список порогових діапазонів
у формі "r1-lo,r1-hi,r2-lo,r2-hi,...",
такі, що воксели з інтенсивністю в межах будь-якої
діапазонів ([r1-lo,r1-hi], [r2-lo,r2-hi],
...) мають високе вихідне значення

Приклад
Наступна команда створює двійкове зображення мітки зі значенням 1, коли вхідна інтенсивність є
від 100 до 200 і значення 0 інакше.:

поріг пластиматч \
--input input_image.nrrd \
--output output_labe.nrrd \
--діапазон "100,200 XNUMX"

PLASTIMATCH ДЮБІНЦІЯ

Команда слайдами Команда створює двовимірне мініатюрне зображення осьового зрізу
вхідний обсяг. Вихідне зображення не повинно точно відповідати цілочисельному зрізу
номер. Розташування вихідного зображення всередині зрізу завжди центрується.

Використання командного рядка наведено наступним чином:

Використання: мініатюра plastimatch [опції] вхідний файл
варіанти:
--вхідний файл
-- вихідний файл
--небарвний розмір мініатюр
--розмір інтервалу між мініатюрами
--slice-loc розташування

Приклад
Ми створюємо двовимірне зображення з роздільною здатністю 10 x 10 пікселів, в осьовому розташуванні 0, і
розміром 20х20 мм:

мініатюра plastimatch \
--input in.mha --output out.mha \
--thumbnail-dim 10 \
--інтервал між ескізами 2 \
--slice-loc 0

PLASTIMATCH СОЮЗ

Команда союз Команда створює двійковий том, який є логічним об’єднанням двох вхідних зображень.
Воксели у вихідному зображенні мають значення один, якщо воксель відмінний від нуля в будь-якому вхідному зображенні,
або значення нуль, якщо воксель дорівнює нулю в обох вхідних зображеннях.

Використання командного рядка наведено наступним чином:

Використання: plastimatch union [опції] input_1 input_2
варіанти:
-h, --help відобразити це повідомлення довідки
--вихід ім'я файлу для вихідного зображення
--version відображення версії програми

Приклад
Наступна команда створює том, який є об’єднанням двох вхідних зображень:

з'єднання plastimatch \
--вихід itv.mha \
фаза_1.мга фаза_2.мга

PLASTIMATCH WARP

Команда деформуватися команда є псевдонімом для конвертувати. Будь ласка зверніться до пластикматч конвертувати для
список параметрів командного рядка.

прикладів
Щоб деформувати зображення, використовуйте коефіцієнти B-сплайна, створені регістром plastimatch
команду (збережена у файлі bspline.txt), виконайте наступне:

пластикова основа \
--input infile.nrrd \
--output outfile.nrrd \
--xf bspline.txt

У попередньому прикладі геометрія вихідного файлу була визначена геометрією
інформація у файлі коефіцієнтів bspline. Ви можете змінити вибірку до іншої геометрії
використовуючи --fixed або --origin, --dim та --spacing.

пластикова основа \
--input infile.nrrd \
--output outfile.nrrd \
--xf bspline.txt \
--фіксований посилання.nrrd

При деформації структури встановлюється зображення, де цілі біти відповідають структурі
членство, вам потрібно використовувати інтерполяцію найближчого сусіда, а не лінійну
інтерполяція.

пластикова основа \
--input structures-in.nrrd \
--output structures-out.nrrd \
--xf bspline.txt \
--інтерполяція nn

Іноді воксели, розташовані за межами геометрії вхідного зображення, будуть деформовані
геометрію вихідного зображення. За замовчуванням ці області «заповнюються» символом
інтенсивність нуль. Ви можете вибрати інше значення для цих областей за допомогою
--опція значення за замовчуванням.

пластикова основа \
--input infile.nrrd \
--output outfile.nrrd \
--xf bspline.txt \
--значення за замовчуванням -1000

Окрім зображень і структур, також можуть бути експортовані орієнтири з 3D Slicer
викривлений.

пластикова основа \
--input fixed_landmarks.fcsv \
--output-pointset warped_landmarks.fcsv \
--xf bspline.txt

Іноді може бути бажаним застосувати перетворення, явно визначене векторним полем
замість використання B-сплайн-коефіцієнтів. Щоб дозволити це, параметр --xf також приймається
векторні об’єми поля. Наприклад, попередній приклад став би.

пластикова основа \
--input fixed_landmarks.fcsv \
--output-pointset warped_landmarks.fcsv \
--xf vf.mha

PLASTIMATCH XF-КОНВЕРТ

Команда xf-конвертувати команда перетворює між типами перетворення. Перетворенням може бути або a
B-сплайнове перетворення, або векторне поле. Існує два різні види B-сплайнів
формати трансформації: нативний формат plastimatch і формат ITK. На додаток до
перетворення типу перетворення, xf-конвертувати Команда також може змінити інтервал між сіткою
B-сплайн-перетворення.

Використання командного рядка наведено наступним чином:

Використання: plastimatch xf-convert [опції]
варіанти:
--тьмяний Розмір вихідного зображення в вокселях "x [yz]"
--розміщення сітки Відстань сітки B-сплайна в мм "x [yz]"
--вхід Введіть ім'я файлу xform (обов'язково)
--nobulk Пропустити масове перетворення для itk_bspline
--походження Розташування першого воксела зображення в мм "xyz"
--вихід Вивести ім'я файлу xform (обов'язково)
--тип-виведення Тип xform для створення (обов’язково), виберіть
з {bspline, itk_bspline, vf}
-- інтервал Відстань вокселів у мм "x [yz]"

Приклад
Ми хочемо перетворити B-сплайнове перетворення у векторне поле. Якщо B-сплайн-перетворення є
у рідному форматі геометрія векторного поля визначається значеннями, знайденими в
трансформувати заголовок.:

plastimatch xf-convert \
--input bspline.txt \
--вихід vf.mha \
--output-type vf

Аналогічно, якщо ми хочемо перетворити векторне поле в набір коефіцієнтів B-сплайна з a
відстань між контрольними точками 30 мм в кожному напрямку.

plastimatch xf-convert \
--input vf.mha \
--output bspline.txt \
--вихідний тип bspline \
-- інтервал між сіткою 30

Використовуйте plastimatch онлайн за допомогою сервісів onworks.net