Це команда pls2fasta, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
pls2fasta - конвертувати файли plx.h5/bax.h5/fofn у файли fasta або fastq
СИНТАКСИС
pls2fasta in.bax.h5 out.fasta [опції]
ОПИС
Хоча файли fasta надаються під час кожного запуску, вони не обрізаються і не розбиваються на
підчитання. Ця програма приймає додаткову інформацію про анотації, таку як підчитання
координат і високоякісних регіонів, і використовує їх для створення швидких послідовностей, які є
підрядки всіх основ називаються. У більшості випадків вам захочеться обрізати читання низької якості,
тому ви повинні вказати -trimByRegion.
ВАРІАНТИ
in.bax.h5
Введіть файл plx.h5/bax.h5/fofn.
out.fasta
Вивести файл fasta/fastq.
-trimByRegion
Виріжте регіони низької якості.
-maskByRegion
Замаскуйте регіони низької якості символом «N».
-regionTable значення
Додатковий файл HDF з a /PulseData/Регіони набір даних.
-minSubreadLength значення
Не пишіть підпрочитання менше зазначеної довжини.
-noSplitSubreads
Не розділяйте зчитування на послідовності адаптера.
-номер отвору
Роздрукуйте лише цей номер отвору (або список чисел).
-швидко Якісний друк у форматі FASTQ.
-ccs Надрукуйте послідовності циклу консенсусу de novo (ccs).
- Довжина лінії значення
Вкажіть довжину лінії fasta/fastq
-minReadScore значення
Мінімальний бал за прочитане для друку прочитаного. Оцінка — це число від 0 до 1000 і
представляє очікуваний відсоток точності * 10. Типове значення буде між
750 і 800. Це не стосується читання ccs.
- найкраще Якщо послідовність ccs існує, роздрукуйте її. В іншому випадку надрукуйте найдовше підчитання. Це
не підтримує fastq.
Використовуйте pls2fasta онлайн за допомогою служб onworks.net
