Це команда seq-gen, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн емулятор Windows або онлайн емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
seq-gen - Генератор послідовності
СИНТАКСИС
seq-gen [-m МОДЕЛЬ] [-l #] [-n #] [-p #] [-s # | -d #] [-k #][-c #1 #2 #3 | -a # [-g #]]
[-fe | #] [-t # | -r #][-z #] [-o[p][r][n]] [-w[a][r]] [-x НАЗВА] [-q] [-h] [дерево]
ОПИС
Генератор послідовностей - seq-gen Версія 1.3.3
-l: # = довжина послідовності [за замовчуванням = 1000].
-n: # = змодельовані набори даних на дерево [за замовчуванням = 1].
-p: # = кількість розділів (і дерев) на послідовність [за замовчуванням = 1].
-s: # = коефіцієнт масштабування довжини гілки [за замовчуванням = 1.0].
-d: # = загальний масштаб дерева [за замовчуванням = використовувати довжину гілок].
-k: # = використовувати послідовність k як попередню (потребує вирівнювання) [за замовчуванням = випадковий].
Варіанти моделі заміни:
-m: МОДЕЛЬ = HKY, F84, GTR, JTT, WAG, PAM, BLOSUM, MTREV, GENERAL
HKY, F84 і GTR призначені для нуклеотидів, решта для амінокислот
-a: # = форма (альфа) для неоднорідності швидкості гамма [за замовчуванням = немає].
-g: # = кількість категорій швидкості гамма [за замовчуванням = безперервна].
-i: # = частка незмінних сайтів [за замовчуванням = 0.0].
Специфічні варіанти нуклеотидної моделі:
-c: #1 #2 #3 = показники гетерогенності позиції кодона [за замовчуванням = немає].
-t: # = коефіцієнт переходу-трансверсії [за замовчуванням = однакова швидкість].
-r: #1 #2 #3 #4 #5 #6= загальна матриця ставок [за замовчуванням = всі 1.0].
-f: #A #C #G #T = частоти нуклеотидів [за замовчуванням = всі рівні].
Специфічні параметри моделі амінокислот:
вкажіть за допомогою порядку ARNDCQEGHILKMFPSTWYV
-r: #1 .. #190 = загальна матриця ставок [за замовчуванням = всі 1.0].
-f: #1 .. #20 = частоти амінокислот e=рівні [за замовчуванням = матричні частоти].
Різні варіанти:
-z: # = початкове значення для генератора випадкових чисел [за замовчуванням = система згенерована].
-o: Формат вихідного файлу [за замовчуванням = PHYLIP]
p Формат PHYLIP r Розслаблений формат PHYLIP n Формат NEXUS
-w: Введіть додаткову інформацію [за замовчуванням = немає]
a Запишіть попередні послідовності для кожного вузла r Швидкість запису для кожного сайту
-x: NAME = текстовий файл для вставки після кожного набору даних [за замовчуванням = немає].
-h: Надайте це повідомлення довідки
-q: Спокійно
treefile: ім'я файлу дерева [за замовчуванням = дерева на stdin]
Використовуйте seq-gen онлайн за допомогою служб onworks.net
