seqfragglee - Інтернет у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

seqfraggle - видаляє послідовності фрагментів з файлів DHF.

СИНТАКСИС

seqfraggle -dhfinpath список каталогів -молотити ціле -dhfoutdir outdir

seqfraggle -допомога

ОПИС

seqfraggle — це програма командного рядка від EMBOSS («Європейська молекулярна біологія Open
Пакет програмного забезпечення»). Він є частиною командної групи (груп) "Білок: 3D-структура".

ВАРІАНТИ

вхід розділ
-dhfinpath список каталогів
Цей параметр визначає розташування файлів DHF (файли звернень до домену) або іншу послідовність
файли (вхід). «Файл звернень до домену» містить звернення до бази даних (послідовності) з доменом
інформацію про класифікацію у форматах FASTA або EMBL. Хіти є родичами SCOP
або сімейства CATH і знайдені в результаті пошуку в базі даних послідовностей. Файли, що містять
звернення, отримані PSIBLAST, генеруються за допомогою SEQSEARCH. Крім того, SEQFRAGGLE
приймає послідовність або набори послідовностей у будь-якому з поширених форматів. Значення за замовчуванням: ./

Вимагається розділ
-молотити ціле
Цей параметр визначає відсоток середньої довжини для визначення фрагментів.
SEQFRAGGLE спочатку визначає середню довжину всіх послідовностей у вхідному файлі,
потім відкидає будь-які послідовності влучень, які не знаходяться в межах порогового відсотка від
середня довжина. Решта послідовностей записуються у вихідний файл. Значення за замовчуванням:
50

Вихід розділ
-dhfoutdir outdir
Цей параметр визначає розташування файлів DHF (файли звернення до домену) (вихід). А
«файл звернень домену» містить звернення до бази даних (послідовності) з класифікацією домену
інформацію у форматах FASTA або EMBL. Хіти є родичами сім'ї SCOP або CATH
і знаходять у результаті пошуку в базі даних послідовностей. Файли, що містять звернення, отримані за допомогою
PSIBLAST генеруються за допомогою SEQSEARCH. Крім того, SEQFRAGGLE запише вихід
файли в будь-якому з поширених форматів. Значення за замовчуванням: ./

Використовуйте seqfragglee онлайн за допомогою сервісів onworks.net