SIBsim4 - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

SIBsim4 - вирівнює послідовності РНК із послідовністю ДНК, враховуючи інтрони

СИНТАКСИС

SIBsim4 [ опції ] ДНК rna_db

ОПИС

SIBsim4 це заснований на подібності інструмент для вирівнювання колекції виражених послідовностей (EST,
мРНК) з послідовністю геномної ДНК.

Запуск SIBsim4 без жодних аргументів надрукує список параметрів разом із їхніми
значення за замовчуванням.

SIBsim4 використовує метод на основі вибуху, щоб спочатку визначити основні відповідні блоки
що представляють «ядра екзонів». На цьому першому етапі він виявляє всі можливі точні збіги
W-мерів (тобто слів ДНК розміру W) між двома послідовностями та розширює їх до
максимальна оцінка сегментів без розривів. На другому етапі ядра екзонів розширюються в
суміжні фрагменти, які ще не зрівнялися з використанням жадібних алгоритмів вирівнювання та евристики
використовуються для надання переваги конфігураціям, які відповідають сигналам розпізнавання місця зрощування
(наприклад, GT-AG). При необхідності процес повторюється з менш жорсткими параметрами
незрівнянні фрагменти.

За замовчуванням SIBsim4 шукає обидва ланцюги та повідомляє про найкращі збіги, виміряні за допомогою
кількість відповідних нуклеотидів, знайдених у вирівнюванні. The R параметр командного рядка може бути
використовується для обмеження пошуку лише однією орієнтацією (ланцюгом).

Наразі підтримуються чотири основні параметри відображення вирівнювання, які контролюються A варіант.
За замовчуванням доступні лише кінцеві точки, загальна схожість і орієнтація інтронів
повідомили. Знак стрілки ('->' або '<-') вказує на орієнтацію інтрона. Знак
`==' позначає відсутність у вирівнюванні фрагмента кДНК, починаючи з цієї позиції.

В описі нижче термін MSP позначає пару з максимальною оцінкою, тобто пару
дуже схожі фрагменти в двох послідовностях, отримані під час бластоподібної процедури
розширюючи W-mer вразливість збігів і, можливо, кількох невідповідностей.

ВАРІАНТИ

-A
формат виводу
0: лише кінцеві точки екзонів
1: вирівнювання тексту
3: кінцеві точки екзону та текст вирівнювання
4: кінцеві точки екзону та текст вирівнювання з інформацією про polyA

Зверніть увагу, що 2 не реалізовано.

Значення за замовчуванням – 0.

-C
Поріг оцінки MSP для другого проходження.

Значення за замовчуванням – 12.

-c
мінімальне граничне значення оцінки. Порівняння, які мають бали нижче цього значення, не є такими
повідомляється.

Значення за замовчуванням – 50.

-E
граничне значення.

Значення за замовчуванням – 3.

-f
фільтр оцінки у відсотках. Коли для одного елемента РНК виявлено кілька збігів,
лише ті, які мають оцінку в межах цього відсотка від максимальної оцінки для цієї РНК
повідомляється про елемент. Встановлення цього значення на 0 вимикає фільтрацію, і всі звернення будуть вимкнені
повідомляти, за умови, що їхній бал вище граничного значення, визначеного через c
варіант.

Значення за замовчуванням – 75.

-g
об'єднують екзони, коли проміжки на геномі та РНК мають довжину, яка відрізняється щонайбільше цим
процент.

Значення за замовчуванням – 10.

-H
повідомляти про химерні стенограми, коли найкращий результат нижчий, ніж цей відсоток
загальне покриття РНК і оцінка химери перевищують цей відсоток
довжина РНК (0 вимикає цей звіт)

Значення за замовчуванням – 75.

-Я
ширина вікна, в якому шукати сплайсинг інтронів.

Значення за замовчуванням – 6.

-K
Поріг балів MSP для першого проходження.

Значення за замовчуванням – 16.

-L
розділений комами список типів прямого з’єднання.

Значення за умовчанням: "GTAG,GCAG,GTAC,ATAC".

-M
підрахунок сайтів сплайсингу, оцінка відповідності в межах М нуклеотидів.

Значення за замовчуванням – 10.

-o
під час друку результатів зміщуйте nt позицій у послідовності ДНК на цю величину.

Значення за замовчуванням – 0.

-q
штраф за невідповідність нуклеотидів.

Значення за замовчуванням -5.

-R
напрямок пошуку
0: шукати лише по лінії «+» (прямий).
1: шукайте лише рядок «-».
2: пошук обох ниток

Значення за замовчуванням – 2.

-r
винагорода за збіг нуклеотидів.

Значення за замовчуванням – 1.

-S
splice сайт indels ширина пошуку. Під час визначення найкращого положення з’єднання
сайту, SIBsim4 оцінюватиме додавання максимальної кількості вставок і видалень
на ланцюжку ДНК з кожного боку сплайсингу.

Значення за замовчуванням – 2.

-s
роздільна оцінка у відсотках. При зв'язуванні MSP, якщо дві послідовні групи екзонів
здається, що вони можуть бути частиною двох різних копій одного гена, так і буде
перевірити, чи оцінка кожної окремої групи по відношенню до найкращого в цілому
оцінка більша за це значення. Якщо обидві групи мають відносний бал вище цього
поріг вони будуть розділені.

Значення за замовчуванням – 75.

-W
розмір слова.

Значення за замовчуванням – 12.

-X
значення для завершення розширення слова.

Значення за замовчуванням – 12.

Використовуйте SIBsim4 онлайн за допомогою сервісів onworks.net