snakemake - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

snakemake - мова на основі Python і середовище виконання для робочих процесів GNU Makelike

ОПИС

використання: snakemake [-h] [--snakefile ФАЙЛ] [--gui [PORT]] [--cores [N]]

[--ресурси [NAME=INT [NAME=INT ...]]] [--config [KEY=VALUE [KEY=VALUE ...]]]
[--FILE configfile] [--list] [--list-target-rules] [--directory DIR] [--dryrun]
[--printshellcmds] [--dag] [--rulegraph] [--d3dag] [--summary] [--detailed-summary]
[--touch] [--keep-going] [--force] [--forceall] [--forcerun TARGET [TARGET ...]]
[--приоритизувати TARGET [TARGET ...]] [--allow-ambiguity] [--cluster CMD |
--cluster-sync CMD | --drmaa [ARGS]] [--cluster-config FILE] [--immediate-submit]
[--скрипт роботи] [--ім'я завдання] [--причина] [--ФАЙЛ статистики] [--nocolor]
[--quiet] [--nolock] [--unlock] [--cleanup-metadata [ФАЙЛ [ФАЙЛ ...]]]
[--rerun-incomplete] [--ignore-incomplete] [--list-version-changes]
[--list-code-changes] [--list-input-changes] [--list-params-changes]
[--latency-wait СЕКУНД] [--wait-for-files [ФАЙЛ [ФАЙЛ ...]]] [--benchmark-repeats
N] [--notemp] [--keep-target-files] [--allowed-rules ALLOWED_RULES [ALLOWED_RULES
...]] [--timestamp] [--жадібність жадібність] [--print-compilation]
[--overwrite-shellcmd OVERWRITE_SHELLCMD] [--verbose] [--debug] [--файл профілю]
[--bash-completion] [--version] [ціль [ціль ...]]

позиційний аргументи:
цільові Цілі для побудови. Це можуть бути правила чи файли.

необов'язковий аргументи:
-h, --допомога
показати це повідомлення довідки та вийти

--snakefile ФАЙЛ, -s Фото
Визначення робочого процесу в змійному файлі.

--gui [ПОРТ]
Обслуговувати інтерфейс користувача на основі HTML на заданий порт (за замовчуванням: 8000). Якщо можливо,
відкривається вікно браузера.

--ядра [N], -- робочі місця [N], -j [N]
Використовуйте не більше N ядер паралельно (за замовчуванням: 1). Якщо N опущено, то встановлюється ліміт
кількість доступних ядер.

-- ресурси [NAME=INT [NAME=INT ...]], --рез [NAME=INT [NAME=INT ...]]
Визначте додаткові ресурси, які повинні обмежувати планування аналогічно
нитки (див. вище). Ресурс визначається як ім'я та ціле значення. напр
-- ресурси gpu=1. Правила можуть використовувати ресурси, визначивши ключове слово ресурсу, напр
ресурси: gpu=1. Якщо тепер два правила вимагають 1 ресурсу 'gpu', їх не буде
паралельно запускатися планувальником.

--config [КЛЮЧ=ЗНАЧЕННЯ [КЛЮЧ=ЗНАЧЕННЯ ...]]
Встановіть або перезапишіть значення в об’єкті конфігурації робочого процесу. Об'єкт конфігурації робочого процесу
доступний як змінна конфігурація всередині робочого процесу. Значення за замовчуванням можна встановити за допомогою
надання файлу JSON (див. Документацію).

--файл конфігурації Фото
Вкажіть або перезапишіть файл конфігурації робочого процесу (див. документацію). Цінності
зазначені у форматі JSON або YAML, доступні в глобальному словнику конфігурації
всередині робочого процесу.

-- список, -l
Показати доступні правила в даному Snakefile.

--list-target-rules, --lt
Показати доступні цільові правила в даному Snakefile.

--каталог DIR, -d DIR
Вкажіть робочий каталог (відносні шляхи в змійному файлі використовуватимуть це як свої
походження).

--сухий біг, -n
Нічого не виконувати.

--printshellcmds, -p
Роздрукуйте команди оболонки, які будуть виконуватися.

--день Нічого не виконуйте і роздрукуйте орієнтований ациклічний графік завдань у точці
мову. Рекомендується використовувати в системах Unix: snakemake --день | точка | дисплей

--правилограф
Нічого не виконуйте і роздрукуйте графік залежності правил у крапці
мову. Це буде менш переповненим, ніж вище DAG робочих місць, але також показуватиме менше
інформації. Зауважте, що кожне правило відображається один раз, отже, відображений графік буде
бути циклічним, якщо правило з’являється на кількох етапах робочого процесу. Використовуйте це, якщо вище
Параметр призводить до завеликого DAG. Рекомендується використовувати в системах Unix:
змієтвор --правилограф | точка | дисплей

--d3dag
Роздрукуйте DAG у форматі JSON, сумісному з D3.js.

-- резюме, -S
Роздрукуйте підсумок усіх файлів, створених робочим процесом. Має наступне
стовпці: ім’я файлу, час модифікації, версія правила, статус, план. Тим самим правило
version містить версію, з якою був створений файл (див. ключове слово version of
правила), а статус позначає, чи відсутній файл, його вхідні файли новіші
або якщо версія або реалізація правила змінилися після створення файлу. Нарешті
останній стовпець вказує, чи буде файл оновлено чи створено під час наступного
виконання робочого процесу.

-- докладний підсумок, -D
Роздрукуйте підсумок усіх файлів, створених робочим процесом. Має наступне
стовпці: ім’я файлу, час модифікації, версія правила, вхідний файл(и), команда оболонки,
стан, план. Таким чином, версія правила містить версію, з якою був створений файл
(див. ключове слово версії правил), а статус позначає, чи відсутній файл,
його вхідні файли новіші або якщо версія або реалізація правила змінилися з того часу
створення файлу. Стовпці вхідного файлу та командної оболонки зрозумілі.
Нарешті, останній стовпець вказує, чи буде файл оновлений чи створений під час
виконання наступного робочого процесу.

-- торкніться, -t
Торкніться вихідних файлів (позначте їх як актуальні, не змінюючи їх насправді).
виконання своїх команд. Це використовується, щоб зробити вигляд, що правила були виконані, в
щоб обдурити майбутні заклики змієвида. Помилка, якщо файл ще не існує.

--продовжуй, -k
Якщо робота не вдається, продовжуйте незалежну роботу.

--сила, -f
Примусове виконання вибраної цілі або першого правила незалежно від уже
створений вихід.

--примусово, -F
Примусове виконання вибраного (або першого) правила та всіх правил
залежить від незалежно від вже створеного виходу.

--примусово ЦІЛЬ [ЦІЛЬ ...], -R ЦІЛЬ [ЦІЛЬ ...]
Примусове повторне виконання або створення заданих правил або файлів. Використовуйте цю опцію, якщо
ви змінили правило і хочете оновити всі його результати у вашому робочому процесі.

-- розставити пріоритети ЦІЛЬ [ЦІЛЬ ...], -P ЦІЛЬ [ЦІЛЬ ...]
Скажіть планувальнику призначити створення заданих цілей (і всіх їх залежностей)
найвищий пріоритет. (ЕКСПЕРИМЕНТАЛЬНИЙ)

--дозволити-неоднозначність, -a
Не перевіряйте на наявність двозначних правил і просто використовуйте перше, якщо кілька можуть створити
той самий файл. Це дозволяє користувачеві встановлювати пріоритети правил за їх порядком у
зміїний файл.

-- кластер cmd, -c CMD
Виконайте правила snakemake за допомогою даної команди submit, наприклад qsub. Змієтвор
компілює завдання в скрипти, які надсилаються в кластер із заданим
команду, як тільки всі вхідні файли для певного завдання присутні. Команда подати
можна прикрасити, щоб він дізнавався про певні властивості роботи (вхід, вихід, параметри,
символи підстановки, журнал, потоки та залежності (див. аргумент нижче)), наприклад: $
змієтвор -- кластер 'qsub -пе потоковий {threads}'.

--cluster-sync CMD
Команда подання кластера блокується, повертаючи статус віддаленого виходу після віддаленого доступу
завершення (наприклад, це слід використовувати, якщо командою кластера є 'qsub -синхронізація
y' (SGE)

--drmaa [АРГС]
Виконайте snakemake в кластері, доступному через DRMAA, Snakemake компілює завдання в
сценарії, які надсилаються в кластер за допомогою даної команди, після всього введення
є файли для певної роботи. ARGS можна використовувати для визначення параметрів
базову кластерну систему, використовуючи таким чином властивості завдання введення, виведення, параметри,
символи підстановки, журнал, потоки та залежності, наприклад: --drmaa ' -пе потоковий {threads}'.
Зауважте, що ARGS потрібно вводити в лапки та з пробілом на початку.

--cluster-config ФАЙЛ, -u Фото
Файл JSON або YAML, який визначає символи підстановки, що використовуються в "кластері" для певних правил,
замість того, щоб вони вказувалися в Snakefile. Наприклад, для правила 'job' you
може визначити: { 'job' : { 'time' : '24:00:00' } }, щоб вказати час для правила 'job'.

--негайно подати, --є
Негайно передайте всі завдання в кластер замість того, щоб чекати на поточний вхід
файли. Це не вдасться, якщо ви не повідомите кластеру про залежності завдань, наприклад
через: $ snakemake -- кластер 'партия --залежність {залежності}. Припускаючи, що ваш
Скрипт submit (тут пакетний) виводить згенерований ідентифікатор завдання в перший рядок стандартного виведення,
{dependencies} буде заповнено ідентифікаторами завдань, відокремленими пробілами, від яких залежить це завдання.

--розпис Сценарій, --js SCRIPT
Надайте спеціальний сценарій завдання для подання в кластер. Скрипт за замовчуванням
знаходиться як «jobscript.sh» у каталозі встановлення.

--назва роботи ІМ'Я, --jn ІМ'Я
Надайте спеціальне ім’я для сценарію завдання, який надсилається в кластер (див
-- кластер). NAME – це "snakejob.{rulename}.{jobid}.sh" за умовчанням. Підстановка
{jobid} має бути присутнім у назві.

--причина, -r
Надрукуйте причину для кожного виконаного правила.

--статистика Фото
Запишіть статистику виконання Snakefile у форматі JSON у вказаний файл.

--без кольору
Не використовуйте кольоровий вихід.

--спокійно, -q
Не виводьте жодної інформації про прогрес чи правила.

--nolock
Не блокуйте робочий каталог

--розблокувати
Зніміть блокування з робочого каталогу.

--cleanup-metadata [ФАЙЛ [ФАЙЛ ...]], --см [ФАЙЛ [ФАЙЛ ...]]
Очистіть метадані вказаних файлів. Це означає, що snakemake видаляє всі сліди
інформацію про версію та будь-які позначки, що файли є неповними.

--повторне виконання-незавершене, --рі
Повторно виконайте всі завдання, вихід яких визнано незавершеним.

--ігнорувати-неповне, --ii
Ігноруйте будь-які незавершені роботи.

--list-version-changes, --лв
Перелік усіх вихідних файлів, які були створені з іншою версією (як
визначається за ключовим словом version).

--list-code-changes, --lc
Перелік усіх вихідних файлів, для яких було змінено тіло правила (виконання або оболонка).
Snakefile.

--list-input-changes, --лі
Перелік усіх вихідних файлів, для яких були змінені визначені вхідні файли в
Snakefile (наприклад, нові вхідні файли були додані у визначення правила або файли були
перейменовано). Для переліку змін вхідного файлу у файловій системі використовуйте -- резюме.

--list-params-changes, --lp
Перелік усіх вихідних файлів, для яких були змінені визначені параметри в Snakefile.

--затримка-зачекайте СЕКУНДИ, --виведення-чекання СЕКУНДИ, -w СЕКУНДИ
Зачекайте кілька секунд, якщо вихідний файл завдання відсутній після завдання
закінчено. Це допомагає, якщо ваша файлова система страждає від затримок (за замовчуванням 5).

--файли очікування [ФАЙЛ [ФАЙЛ ...]]
Почекай --затримка-зачекайте секунд, щоб ці файли були присутні перед виконанням
робочий процес. Цей параметр використовується внутрішньо для обробки затримок файлової системи в кластері
Середовища.

--порівняльні повтори N
Повторіть роботу N разів, якщо позначено для порівняльного аналізу (за замовчуванням 1).

--нотемп, --nt
Ігноруйте оголошення temp(). Це корисно під час запуску лише частини
робочого процесу, оскільки temp() призведе до видалення, ймовірно, необхідних файлів іншими
частини робочого процесу.

--keep-target-files
Не змінюйте шляхи заданих цільових файлів відносно робочого каталогу.

--дозволені-правила ALLOWED_RULES [ALLOWED_RULES ...]
Використовуйте лише задані правила. Якщо опущено, використовуються всі правила Snakefile.

--помітка часу, -T
Додайте позначку часу до всіх результатів журналу

-- жадібність жадібність
Встановіть жадібність планування. Це значення від 0 до 1 визначає, наскільки обережним
роботи відбираються для виконання. Значення за замовчуванням (1.0) забезпечує найкращу швидкість
і все ще прийнятна якість планування.

--друк-компіляція
Роздрукуйте подання робочого процесу на Python.

--overwrite-shellcmd OVERWRITE_SHELLCMD
Надайте команду оболонки, яка має виконуватися замість тих, що вказані в
робочий процес. Це лише з метою налагодження.

-багатослівний
Роздрукувати вихідні дані для налагодження.

--відлагоджувати
Дозволити налагоджувати правила, наприклад, PDB. Цей прапор дозволяє встановлювати точки зупину під час виконання
блоки

--профіль Фото
Профілюйте Snakemake і запишіть результат у FILE. Для цього потрібно, щоб яппі був
встановлений.

--bash-завершення
Вивести код для реєстрації завершення bash для snakemake. Помістіть наступне в свій
.bashrc (включаючи наголоси): `ssnakemake --bash-завершення` або видайте його в
відкритий термінальний сеанс.

-- версія, -v
показати номер версії програми та вийти

Використовуйте snakemake онлайн за допомогою служб onworks.net