toppred - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

топпред - Прогноз трансмембранної топології.

СИНТАКСИС

топпред [параметри]далі дані> ...

ВАРІАНТИ

Дозволені такі параметри командного рядка:

-c значення
Скористайтесь значення як певне граничне значення. За замовчуванням 1.

-d Val
Скористайтесь Val як критична відстань між 2 трансмембранними сегментами. Якщо 2 розраховано
сегменти розділені на відстань, меншу ніж Val амінокислоти тільки сегмент
з найкращим значенням гідрофобності береться до уваги. За замовчуванням 2.

-e перемикає обчислення cyt-ext на Eucaryotes. За замовчуванням прокаріоти.

-g формат
Створення або відображення гідрофобного профілю зазначеним формат. Наразі підтримується
значення для формату:

x11 : відображення графіка на екрані (за замовчуванням).
ps : створити файл .ps.
PNG : створити файл .png.
частин на мільйон : створити файл .ppm.
ніхто : профіль не виготовляється.

Увага! цей параметр і відповідні значення є тільки доступний, якщо toppred скомпільовано
з підтримкою gnuplot.

-h Відображення використання.

-H файл
Масштаб гідрофобності навантаження від файл, за замовчуванням — масштаб GES. Прийняті значення
або:

KD-шкала : (Kyte and Doolittle, J. Mol. Biol (1982) 157, 105-132)
ГЕС-шкала : (Goldman Engelman Steitz Ann. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1986 15/321
53)
GVH-шкала : (Gunnar von Heijne J. Mol. Biol. (1992) 225, 487-494)
або ваш власний файл шкали гідрофобності. У цьому випадку файл шкали гідрофобності
повинні знаходитися в робочому каталозі.

Щоб використовувати власний файл шкали гідрофобності, перегляньте підтримуваний формат
масштабувати файли в каталозі даних toppred у вашій системі; заглядати
/usr/share/toppred/or /usr/local/share/toppred/, або запитайте свого системного адміністратора.

-n значення
Скористайтесь значення як довжина основного вікна, за замовчуванням 11.

-o файл
Помістіть вихід у файлі зберігайте всі інші файли в тому самому каталозі файл.

-O формат
Друк вихідних даних у вказаному формат. Підтримувані значення: старий: старий висновок toppred
формат, new: новий вихідний формат toppred (значення за замовчуванням), HTML: створення HTML-сторінки
на послідовність, зауважте, що якщо не вказано гідрофобний профіль і топології
у форматі png.

-p значення
Скористайтесь значення як передбачуване обмеження, за замовчуванням 0.6.

-q значення
Скористайтесь значення як довжина клинового вікна, за замовчуванням 5.

-s значення
Скористайтесь значення як критична довжина циклу. Якщо петля між 2 трансмембранними сегментами має a
довжина більша ніж Val співвідношення Lys/Arg не враховується для визначення
топології. За замовчуванням 60.

-t формат
Створення зображень топологій у вказаних формат. Наразі підтримувані значення
для формату є: PNG: створює зображення топологій у форматі png, ніхто: немає графіки
створюється представлення топологій. Типовим є png.

Увага! цей параметр і відповідні значення є тільки доступний, якщо toppred скомпільовано
з підтримкою libgdb.

-v Показати номер версії.

ФОРМАТ

топпред обробляє лише формат швидкої послідовності як вхідні дані.

топпред обробляє 2 формати виводу через -O прапор

ОПИС

топпред це програма для визначення топології трансмембранного білка на основі G. von
Алгоритм Хейне.

«Передбачення структури мембранних білків. Аналіз гідрофобності та позитив-внутр
правило." J. Mol. Biol. 1992 225,487-494.

Кожна послідовність від далі дані у форматі fasta обробляється, і топпред генерувати
Профіль гідрофобності послідовності та відповідні значення гідрофобності в
файлідентифікатор послідовності>.гідро.

Крім того, передбачені топології представлені у вигляді зображень у форматі png. Кожна топологія є
зберігається у файліідентифікатор послідовності>-<номер>. Png

Профіль гідрофобності обчислюється за допомогою вікна, утвореного основним прямокутним вікном
розміру n, фланкований 2 трикутними вікнами розміру q. NB прямокутне і трикутне середнє
що значення вимірювання всередині цих вікон є відповідно постійними та змінними.

Профіль гідрофобності обчислюється за допомогою наступного вікна

-> n <-
___________
/⎪ ⎪\
/ ⎪ ⎪ \
/__⎪_________⎪__\
-> q <- -> q <-
-> l = n + 2q <-

Таким чином, можна використовувати прямокутне вікно, встановивши q на 0.

топпред створює наступні вихідні файли, залежно від параметрів командного рядка

foo.hydro
Файл, що містить гідрофобні значення для послідовності Foo.

foo.ps, foo.ppm, foo.png
Зображення, що представляє гідрофобний профіль для послідовності Foo в приписці, проміле або
формат png залежно від значення параметра -g, указаного в командному рядку, відповідно -g
ps, -g ppm або -g png.

foo-1.png ... foo-n.png
Зображення, що представляє графічне представлення прогнозованої топології 1... n для
послідовність Foo у форматі png, якщо в командному рядку вказано параметр -t png.

НАВКОЛИШНЄ СЕРЕДОВИЩЕ

TOPPREDDATA можна використовувати для вказівки альтернативної папки даних toppred

ПРИКЛАДИ

Розглянемо сформовану послідовність fasta Foo у файлі бар.

топпред бар
Обробити всі послідовності у форматі fasta з бар, відобразити для кожної послідовності
профіль гідрофобності, виробляють відповід foo.hydro і відповідні
фу-<#>. Png графічне представлення топології у вигляді зображень у форматі png.

топпред -GPS бар
Те саме, що й попередній, за винятком того, що замість відображення профілю гідрофобності ввімкнено
екрані, це зображення створено у форматі postscript foo.ps

топпред -g жодного бар
Те саме, що й попередній, за винятком того, що профіль гідрофобності також не відображається
виробляється.

топпред -g жодного -t жодного бар
Те саме, що й попередній, за винятком того, що ні профіль гідрофобності, ні графіка
представлення топологій не виробляються

топпред -H KD-шкала бар
Використовуйте шкалу KD замість стандартної шкали GES під час обробки послідовностей.

топпред -O html -g png -t немає -o результат бар
Запишіть вивід html у файл результат, крім того, створюється профіль гідрофобності
у форматі PNG і графічні топології не створюються.

як бар ⎪ топпред -
топпред може читати дані зі стандартного вводу.

AUTHORS

Ерік Дево[захищено електронною поштою]>, Інститут Пастера та Катя Шурер.

Використовуйте toppred онлайн за допомогою сервісів onworks.net