vecscreen - Інтернет у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

vecscreen - знайдіть сегменти нуклеїнових кислот можливого векторного походження

СИНТАКСИС

vecscreen [-] [-d вул] [-f N] [-i ім'я файлу] [-o ім'я файлу]

ОПИС

vecscreen це система для швидкої ідентифікації сегментів послідовності нуклеїнової кислоти, які можуть
мати векторне походження. Розроблено NCBI vecscreen щоб звести до мінімуму захворюваність і вплив
вектора контамінації в відкритих базах даних послідовностей. GenBank Annotation Персонал використання vecscreen
щоб перевірити, що послідовності, подані для включення в базу даних, вільні від
послідовність забруднюючого вектора. Будь-яку послідовність можна перевірити на зараження вектора за допомогою
vecscreen.

vecscreen шукає за запитом сегменти, які відповідають будь-якій послідовності в спеціалізованому не-
резервна векторна база даних (UniVec). Для пошуку використовується BLAST із попередньо встановленими параметрами
оптимальне виявлення переносника зараження. Ті сегменти запиту, які відповідають вектору
послідовності класифікуються відповідно до сили збігу та їх розташування
(див. приклад позитивного результату).

vecscreen призначений для швидкої перевірки послідовності нуклеїнової кислоти на наявність вектора
забруднення та показати, які сегменти всередині послідовності можуть мати векторне походження.
Хоча а vecscreen пошук за UniVec не ідентифікує вектор, який найбільше
ймовірне джерело зараження, зазвичай це можна зробити з історії клонування
секвенованої ДНК.

ВАРІАНТИ

Нижче наведено короткий опис варіантів.

- Роздрукувати повідомлення про використання

-d вул База даних (за замовчуванням = UniVec)

-f N Вихідний формат:
0 формат HTML, з вирівнюванням (за замовчуванням)
1 формат HTML, без вирівнювання
2 Список тексту з вирівнюванням
3 Текстовий список, без вирівнювання

-i ім'я файлу
Файл запиту (за замовчуванням = stdin)

-o ім'я файлу
Вихідний файл звіту VecScreen (за замовчуванням = stdout)

Використовуйте vecscreen онлайн за допомогою сервісів onworks.net