Це програма для Linux під назвою BisSNP для роботи в Linux онлайн, останню версію якої можна завантажити як BisSNP-1.0.0.jar. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою BisSNP, щоб безкоштовно запускати в Linux онлайн з OnWorks.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
BisSNP для запуску в Linux онлайн
Ad
ОПИС
Тепер на Github: https://github.com/dnaase/Bis-tools/tree/master/Bis-SNPBisSNP — це пакет на основі інструментарію Genome Analysis Toolkit (GATK) для генотипування в масивному паралельному секвенуванні, обробленому бісульфітом (Bisulfite-seq, NOMe-seq і RRBS) на платформі Illumina. Він використовує байєсівський висновок із визначеною вручну або автоматично оціненою ймовірністю метилювання в різних контекстах цитозину (не тільки CpG, CHH, CHG у Bisulfite-seq, але також GCH та ін. в інших секвенуваннях, оброблених бісульфітом) для визначення генотипів та рівнів метилювання одночасно . Він працює як для одностороннього, так і для парного зчитування. Специфічність і чутливість були підтверджені масивом Illumina IM SNP. У даних порогового значення 30X за замовчуванням (показник шкали Phred > 20) він може виявити 92.21% гетерозиготних SNP з частотою хибнопозитивних 0.14% Виклик цитозину не базується лише на еталонному контексті, тому він може виявити нереферентний контекст цитозину. Група Google для допомоги: http://goo.gl/zL7Nj
Функції
- SNP абонент
- метилювання, що викликає
- Бісульфіт-seq/NOMe-seq/RRBS
- генотипування
Аудиторія
Наука/Дослідження
Користувацький інтерфейс
Командний рядок
Мова програмування
Perl, Java
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/bissnp/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
