англійськафранцузькаіспанська

Значок OnWorks

BisSNP для запуску в Linux онлайн завантажити для Linux

Безкоштовно завантажте BisSNP для запуску в Linux онлайн-додаток Linux для запуску онлайн в Ubuntu онлайн, Fedora онлайн або Debian онлайн

Це програма для Linux під назвою BisSNP для роботи в Linux онлайн, останню версію якої можна завантажити як BisSNP-1.0.0.jar. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.

Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою BisSNP, щоб безкоштовно запускати в Linux онлайн з OnWorks.

Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:

- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.

- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.

- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.

- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.

- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.

- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.

BisSNP для запуску в Linux онлайн


Ad


ОПИС

Тепер на Github: https://github.com/dnaase/Bis-tools/tree/master/Bis-SNP
BisSNP — це пакет на основі інструментарію Genome Analysis Toolkit (GATK) для генотипування в масивному паралельному секвенуванні, обробленому бісульфітом (Bisulfite-seq, NOMe-seq і RRBS) на платформі Illumina. Він використовує байєсівський висновок із визначеною вручну або автоматично оціненою ймовірністю метилювання в різних контекстах цитозину (не тільки CpG, CHH, CHG у Bisulfite-seq, але також GCH та ін. в інших секвенуваннях, оброблених бісульфітом) для визначення генотипів та рівнів метилювання одночасно . Він працює як для одностороннього, так і для парного зчитування. Специфічність і чутливість були підтверджені масивом Illumina IM SNP. У даних порогового значення 30X за замовчуванням (показник шкали Phred > 20) він може виявити 92.21% гетерозиготних SNP з частотою хибнопозитивних 0.14% Виклик цитозину не базується лише на еталонному контексті, тому він може виявити нереферентний контекст цитозину. Група Google для допомоги: http://goo.gl/zL7Nj

Функції

  • SNP абонент
  • метилювання, що викликає
  • Бісульфіт-seq/NOMe-seq/RRBS
  • генотипування


Аудиторія

Наука/Дослідження


Користувацький інтерфейс

Командний рядок


Мова програмування

Perl, Java



Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/bissnp/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.


Безкоштовні сервери та робочі станції

Завантажте програми для Windows і Linux

  • 1
    AstrOrzPlayer
    AstrOrzPlayer
    AstrOrz Player — безкоштовний медіаплеєр
    програмне забезпечення, частина на основі WMP і VLC. The
    плеєр в мінімалістичному стилі, с
    більше десяти кольорів теми, а також можна
    б ...
    Завантажити AstrOrzPlayer
  • 2
    movistartv
    movistartv
    Kodi Movistar+ TV є ДОДАТКОМ для XBMC/
    Kodi que permite disponer de un
    decodificador de los servicios IPTV de
    Movistar інтегрований в один із одним
    медіацентри ма...
    Завантажити movistartv
  • 3
    Код :: Блоки
    Код :: Блоки
    Code::Blocks — безкоштовна програма з відкритим кодом,
    кросплатформенний C, C++ і Fortran IDE
    створений для задоволення найвимогливіших потреб
    своїх користувачів. Він розроблений, щоб бути дуже
    подовжує ...
    Завантажити Code::Blocks
  • 4
    Серед
    Серед
    Серед або розширений інтерфейс Minecraft
    а відстеження даних/структури є інструментом для
    відобразити огляд Minecraft
    світу, фактично не створюючи його. Це
    може ...
    Завантажити Midst
  • 5
    MSYS2
    MSYS2
    MSYS2 — це набір інструментів і
    бібліотеки, які надають вам
    просте у використанні середовище для будівництва,
    встановлення та запуск рідної Windows
    програмне забезпечення. Це кон...
    Завантажити MSYS2
  • 6
    libjpeg-турбо
    libjpeg-турбо
    libjpeg-turbo — це кодек зображень JPEG
    який використовує SIMD-інструкції (MMX, SSE2,
    NEON, AltiVec) для прискорення базового рівня
    Стиснення та декомпресія JPEG увімкнено
    х86, х8...
    Завантажте libjpeg-turbo
  • Детальніше »

Команди Linux

Ad