Це програма для Linux під назвою fcGENE: Genotype format converter для роботи в Linux онлайн, останню версію якої можна завантажити як fcgene-1.0.7.zip. Його можна запустити онлайн у безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та безкоштовно запустіть цю програму під назвою fcGENE: Genotype format converter для роботи в Linux онлайн за допомогою OnWorks.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
ЕКРАНИ
Ad
fcGENE: конвертер формату генотипу для роботи в Linux онлайн
ОПИС
Основне застосування є двояким: по-перше, для перетворення даних генотипу SNP у формати різних інструментів імпутації, таких як PLINK MACH, IMPUTE, BEAGLE та BIMBBAM, по-друге, для перетворення введених даних у різні формати файлів, такі як PLINK, HAPLOVIEW, EIGENSOFT та SNPTEST.Читані формати файлів: plink-pedigree (ped і map), plink-raw, plink-dosage, mach , minimac, impute, snptest, beagle і bimbam. Аналогічно всі види імпутації результатів також приймаються.
Формати, які можуть бути згенеровані fcGENE: plink-pedigree, plink-raw, plink-dosage, mach-inputs, minimac-inputs, impute-inputs, beagle-inputs та bimbam-inputs, HAPLOVIEW-inputs, EIGENSOFT-inputs.
Подальше застосування:
-?отримання шаблонів необхідних команд імпутації та команд іншого інструменту імпутації
- Контроль якості відповідно до MAF, HWE & CALLRATE.
ключові слова: трансформація генотипу, формат конвертації генотипу, вихідні дані, PLINK, IMPUTE, MACH, minimac, HAPLOVIEW, BEAGLE, BIMBAM,EIGENSOFT.
Функції
- може здійснювати контроль якості на основі SNP та окремо, а також може фільтрувати дискваліфіковані SNP та окремих осіб під час трансформації даних
- може виконувати двостороннє перетворення формату даних генотипу SNP (наприклад, PLINK -> інструмент імпутації та інструменти імпутації -> PLINK). Він може читати та записувати як родовідні файли, так і двійкові файли у форматі plink
- може фільтрувати імпутовані SNP на основі оцінки якості імпутації
- може генерувати шаблони команд інструментів аналізу GWA
- перетворює дані генотипу з формату одного інструменту імпутації в інший.
- Трансформація імпутаційних посилань у плінк-формат. Це допомагає порівняти дані генотипу з контрольною панеллю.
- може створювати дані snp у форматі GenABEL з даних, спочатку наданих у різних інших форматах
- може генерувати файли різного формату, що містять очікувану дозу частоти незначного алеля
- дуже корисно для дослідників, які працюють у галузі статистичної генетики.
- написаний на C++, використання контейнерів STL
- може читати та записувати файли gezipped
- може обчислити FST за допомогою команди --fst
- може зчитувати та записувати стандартні дані генотипу з підрахунком алелей і доз алелей
- може створювати файли у форматі vcf, які використовуються для BEAGLE4
Мова програмування
C + +
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/fcgene/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
