Це програма для Linux під назвою HSRA, останню версію якої можна завантажити як HSRA-v1.1.tar.gz. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою HSRA з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
HSRA
Ad
ОПИС
HSRA — це паралельний інструмент на основі MapReduce для відображення зчитування з експериментів із секвенування РНК (RNA-seq). Аналіз RNA-seq зазвичай починається з зіставлення зчитування з еталонним геномом, щоб визначити місце, з якого були отримані зчитування, що є дуже трудомістким кроком. Цей інструмент дозволяє дослідникам з біоінформатики ефективно розподіляти свої завдання на відображення між вузлами кластера, поєднуючи швидкий багатопоточний зрощений вирівнювач (HISAT2) з Apache Hadoop, який є розподіленою обчислювальною платформою для масштабованої обробки великих даних.
Наразі HSRA підтримує одностороннє та парне вирівнювання читання з наборів даних FASTQ/FASTA. Крім того, наш інструмент використовує бібліотеку аналізатора послідовності Hadoop (HSP) (посилання вище) для ефективного зчитування вхідних наборів даних, що зберігаються в розподіленій файловій системі Hadoop (HDFS), маючи можливість обробляти набори даних, стиснуті за допомогою кодеків Gzip і BZip2.
Аудиторія
Інформаційні технології, промисловість охорони здоров’я, наука/дослідження
Користувацький інтерфейс
Консоль/Термінал, командний рядок
Мова програмування
Java
Категорії
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/hsra/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
