Це програма для Linux під назвою kSNP, останню версію якої можна завантажити як kSNP4.1-source-code.zip. Його можна запустити онлайн у безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою kSNP з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
кСНП
ОПИС:
kSNP4 ідентифікує пангеномні SNP у наборі послідовностей генома та оцінює філогенетичні дерева на основі цих SNP. Відкриття SNP базується на аналізі k-mer і не вимагає вирівнювання кількох послідовностей або вибору еталонного геному, тому kSNP4 може приймати 100 мікробних геномів як вхідні дані. Локус SNP визначається олігонуклеотидом довжини k, що оточує центральний алель SNP. kSNP4 може аналізувати як повні (готові) геноми, так і незавершені геноми в зібраних контигах або необроблених, незмонтованих зчитуваннях. Готові та незавершені геноми можна аналізувати разом, і kSNP може автоматично завантажувати файли Genbank із готовими геномами та включати інформацію з цих файлів в анотацію SNP.
Для використання kSNP4 не потрібні навички програмування
Гарднер, SN і Хол, BG 2013. . PLoS ONE, 8(12):e81760.doi:10.1371/journal.pone.0081760
Гарднер, С. Н., Т. Слезак і Б. Г. Холл. 2015 Біоінформатика 31: 2877-2878 doi: 10.1093/bioinformatics/btv271
Категорії
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/ksnp/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.