Це програма для Linux під назвою QUAST, останню версію якої можна завантажити як quast-5.0.2.tar.gz. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою QUAST з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
ЕКРАНИ
Ad
QUAST
ОПИС
QUAST виконує швидку та зручну оцінку якості та порівняння збірок геному.
QUAST обчислює ряд добре відомих показників, включаючи точність контигів, кількість виявлених генів, N50 та інші, а також запроваджує нові, такі як NA50 (деталі див. у статті та в посібнику). Результатом комплексного аналізу є зведені таблиці (у простому тексті, у форматах із розділеними табуляціями та форматі LaTeX) та кольорові графіки. Інструмент також створює веб-звіти, узагальнюючи всю інформацію в одному легкому для навігації файлі.
QUAST має інтуїтивно зрозумілий інтерфейс командного рядка та докладний посібник, щоб допомогти користувачам запустити його та зрозуміти його результати. Крім того, Лабораторія запустила бета-версію web-QUAST на http://quast.bioinf.spbau.ru/ що робить оцінку якості ще простішою.
Статті QUAST і MetaQUAST (розширення для метагеномних збірок) були опубліковані в Біоінформатиці.
Функції
- веб-звіти, таблиці у форматі простого txt, розділених табуляціями та форматів LaTeX
- барвисті сюжети та гістограми
- оцінка якості з еталонним геномом і без нього
- оцінка якості метагеномних зборів
- інтерактивний браузер Contig
Аудиторія
Наука/дослідження, розробники, кінцеві користувачі/комп’ютер
Користувацький інтерфейс
Веб-орієнтований, командний рядок
Мова програмування
Python, JavaScript
Категорії
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/quast/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
