Це програма для Linux під назвою Tax4Fun2, останню версію якої можна завантажити як Tax4Fun2_1.1.3.tar.gz. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою Tax4Fun2 з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
Tax4Fun2
Ad
ОПИС
Tax4Fun2 постійно розвивається і замінить старий Tax4Fun (http://tax4fun.gobics.de/).Нова версія була побудована на основі 275 геномів архей і 12102 бактеріальних геномів (повний або статус хромосоми в RefSeq). Я не включив MAG або дуже неповні геноми, але однією з важливих особливостей Tax4Fun2 є його здатність включати дані користувача (підтримуються прокаріоти та еукаріоти). Крім того, ми додали функцію для обчислення (багатофункціональних) індексів надмірності. Я додав приклад, як передбачити функціональні профілі та функціональну надмірність. Для отримання додаткової інформації: https://www.biorxiv.org/content/early/2018/12/09/490037 (Зауважте, що це препринт і рецензування ще не було).
Перед використанням у вашій системі необхідно встановити NCBI BLAST+. Для деяких функцій вам потрібно встановити пакети R ape і seqinr.
Якщо у вас є якісь проблеми чи запитання, зв’яжіться зі мною ([захищено електронною поштою]).
Функції
- Функціональне прогнозування за даними 16S рРНК
- Функціональна надмірність
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/tax4fun2/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
