Це програма для Linux під назвою TaxOnTree, останню версію якої можна завантажити як TaxOnTree_v1.6.1.3_Linux_x86_64.tar.gz. Його можна запустити онлайн у безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть цю програму під назвою TaxOnTree з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
ЕКРАНИ
Ad
TaxOnTree
ОПИС
TaxOnTree — це філогенетична програма для об’єднання таксономічної інформації у філогенетичне дерево.
Результатом є файл дерева у форматі NEX, налаштований для відкриття у FigTree, який користувачі можуть швидко розфарбувати за будь-яким таксоном або за походженням, спільним для послідовностей із запитом. Вхідними даними може бути файл у форматі Fasta для використання в пошуку BLAST або список послідовностей, представлених їхніми ідентифікаторами (UniProtAC або NCBI gi), якщо кластер уже доступний. Крім того, для продовження таксономічного маркування можна використовувати файл newick, створений за допомогою програмного забезпечення користувача та спеціальних налаштувань. TaxOnTree перетворює свого користувача на експерта з таксономії. TaxOnTree також виправляє відсутність деяких таксонів у таксономії NCBI. Програму командного рядка легко налаштувати, її можна поєднати з кількома інструментами біоінформатики, створюючи кольорове дерево у форматі PDF. TaxOnTree доступний як веб-інструмент у http://biodados.icb.ufmg.br/taxontree для невимогливих робіт.
Функції
- Введіть запит у форматі fasta (або його ID) і згенеруйте філогенетичне дерево
- База даних RefSeq лише з повними білками та еталонними протеонами UniProt поширюються разом із TaxOnTree
- Багаторазове вирівнювання можна виконати за допомогою MUSCLE, PRANK, Clustal Omega або Kalign
- Крім того, кластери гомологів, таких як KO, eggNOG, OrthoMCL-DB, PANTHER тощо, можна використовувати як вхідні дані
- TaxOnTree може обробляти вирівнювання за допомогою TrimAl і будувати дерево за допомогою FastTree
- Однак створене користувачем дерево у форматі newick можна використовувати як вхідні дані для TaxOnTree
- TaxOnTree створює файл NEXUS для відкриття за допомогою FigTree
- Програма може запускати командний рядок FigTree та експортувати проаналізоване дерево в PDF
- Для одноразового використання доступний веб-інструмент, а його код також доступний для локального встановлення
Аудиторія
Наука/Дослідження
Користувацький інтерфейс
Командний рядок
Мова програмування
Perl
Середовище бази даних
Perl DBI/DBD, MySQL
Категорії
Це програма, яку також можна завантажити з https://sourceforge.net/projects/taxontree/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було найпростіше запускати онлайн з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
