Це програма для Windows під назвою Universal-mer, останню версію якої можна завантажити як Universal-MerV1.0.0.zip. Його можна запустити онлайн у безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть цю програму під назвою Universal-mer з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть будь-який онлайн емулятор ОС OnWorks з цього веб-сайту, але кращий онлайн-емулятор Windows.
- 5. З ОС OnWorks Windows, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму та встановіть її.
- 7. Завантажте Wine зі сховищ програмного забезпечення дистрибутивів Linux. Після встановлення ви можете двічі клацнути програму, щоб запустити їх за допомогою Wine. Ви також можете спробувати PlayOnLinux, модний інтерфейс замість Wine, який допоможе вам встановити популярні програми та ігри Windows.
Wine — це спосіб запуску програмного забезпечення Windows на Linux, але без використання Windows. Wine — це рівень сумісності Windows з відкритим вихідним кодом, який може запускати програми Windows безпосередньо на будь-якому робочому столі Linux. По суті, Wine намагається повторно реалізувати достатньо Windows з нуля, щоб він міг запускати всі ці програми Windows, насправді не потребуючи Windows.
СКРЕНИ:
Універсальний-мер
ОПИС:
Universal-Mer — це інструмент підрахунку k-mer для всіх можливих розмірів k одночасно. Більше ніж звичайні інструменти підрахунку k-mer, програма може узагальнити точний результат підрахунку 1-mers до l-mers одночасно, де l = довжина найдовшого повторюваного підрядка у вхідній послідовності, де тепер максимальна довжина встановлена на 100000 1- mers. Програма може повідомити точну кількість усіх повторюваних (freq>1) і унікальних (freq = XNUMX) мер, а також кількість усіх можливих підрядків послідовностей, не відрізаючи жодних низькочастотних мер.
Вхідні файли можуть мати текстовий або фаст-формат. Вхідний алфавіт тепер лише {A, C, G, T}. Вхідні текстові файли розглядатимуться як формат fasta без рядка опису. Після завершення підрахунку та побудови бази даних усієї можливої довжини k для k-mer користувач може вибрати в меню будь-який розмір k для підрахунку гістограми, скидання k-mer, запиту підрядка та підсумовування всіх можливих k.
Функції
- Узагальніть різні повторювані та унікальні 1-мери до l-мерів, де l = найбільша довжина повторів
- Підрахуйте гістограму k-мерів, де 1=k= довжина вхідної послідовності
- Підрахуйте гістограму канонічних k-мерів, де 1=k= довжина вхідної послідовності
- Дамп k-мерів, де 1=k= довжина вхідної послідовності
- Дамп канонічних k-мерів, де 1=k= довжина вхідної послідовності
- Запит k-mer будь-якого розміру k, де k=200000 у вхідних послідовностях.
- Знайдіть найдовший повторюваний підрядок вхідної послідовності.
Користувацький інтерфейс
Консоль/Термінал, командний рядок
Мова програмування
C
Категорії
Це додаток, який також можна завантажити з https://sourceforge.net/projects/universal-mer/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було найпростіше запускати онлайн з однієї з наших безкоштовних операційних систем.