Đây là lệnh ABYSS có thể được chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
ABYSS - tập hợp các bài đọc ngắn thành contigs
SYNOPSIS
Abyss [TÙY CHỌN] ... FILE...
MÔ TẢ
Tập hợp tất cả các tệp đầu vào, FILE, có thể ở FASTA, FASTQ, qseq, export, SRA, SAM hoặc
Định dạng BAM và có thể được nén bằng gz, bz2 hoặc xz và có thể bị mờ.
Người dùng muốn chạy một lắp ráp đầy đủ với ABySS được khuyến nghị sử dụng abyss-pe làm
điểm vào chứ không phải là chương trình ABYSS. abyss-pe là một Makefile điều phối nhiều
của các công cụ ABySS (bao gồm ABYSS) để chạy toàn bộ hệ thống lắp ráp ABySS.
abyss-pe có khả năng làm nhiều việc mà ABYSS không có, chẳng hạn như tận dụng
thông tin khoảng cách được cung cấp bởi các lần đọc kết thúc được ghép nối và số lần đọc của cặp giao phối.
--tity
loại bỏ các lần đọc không rõ ràng [mặc định]
- không trinh tiết
không loại bỏ các lần đọc không rõ ràng
--mặt nạ
cắt các cơ sở bị che từ cuối các lần đọc [mặc định]
- không có mặt nạ
không cắt các phần đế bị che khỏi phần cuối của các bài đọc
-q, --trim-chất lượng=THRESHOLD
cắt cơ sở từ cuối các lần đọc có chất lượng thấp hơn ngưỡng
-Q, - chất lượng mặt nạ=THRESHOLD
che tất cả các cơ sở trong các lần đọc có chất lượng nhỏ hơn ngưỡng
--Tiêu chuẩn chất lượng
chất lượng bằng không là `! ' (33)
mặc định cho các tệp FASTQ và SAM
--illumina-chất lượng
chất lượng không là `@ '(64)
mặc định cho qseq và xuất tệp
-o, --ngoài=FILE
ghi các đường nét vào FILE
-k, --kmer=KMER_SIZE
kích thước k-mer
-t, --trim-chiều dài=TRIM_LENGTH
chiều dài tối đa của các cạnh treo để cắt
-c, --phủ sóng=PHỦ SÓNG
loại bỏ các đường viền có phạm vi bao phủ k-mer trung bình thấp hơn ngưỡng này
-b, - đá cuội=N
bong bóng bật lên ngắn hơn N bp (mặc định: 3 * k).
-b0, - không có bong bóng
đừng bật bong bóng
-e, --xói mòn=PHỦ SÓNG
làm xói mòn các cơ sở ở cuối các đường viền cùn với độ che phủ thấp hơn ngưỡng này
-E, - sợi ruột=PHỦ SÓNG
làm xói mòn các cơ sở ở cuối các đường viền cùn với độ che phủ thấp hơn ngưỡng này trên
một trong hai sợi
--lịch sử bảo hiểm=FILE
ghi lại biểu đồ vùng phủ sóng k-mer trong FILE
-g, - đồ thị=FILE
tạo một biểu đồ ở định dạng dấu chấm
-s, --snp=FILE
ghi lại bong bóng bật lên trong FILE
-v, --dài dòng
hiển thị đầu ra dài dòng
--Cứu giúp hiển thị trợ giúp này và thoát
--phiên bản
thông tin phiên bản và thoát
Sử dụng ABYSS trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
