altreep - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

altree - Kiểm tra Hiệp hội và Bản địa hóa bằng cách sử dụng Cây phát sinh loài

SYNOPSIS

altree [tùy chọn]

Tùy chọn:
- phiên bản chương trình chuyển đổi
--short-help | h thông báo trợ giúp ngắn gọn
--help thông báo trợ giúp với các mô tả tùy chọn
--man tài liệu đầy đủ
--association | a thực hiện kiểm tra liên kết
--s-localization | l thực hiện bản địa hóa bằng ký tự S
--first-input-file | i result_file từ các chương trình tái tạo loài phát sinh
--second-input-file | j tệp chứa nb các trường hợp / điều khiển mang một haplotype
--output-file | o output_file
--data-type | t DNA | SNP
--data-quality | q định tính | định lượng
--outgroup outgroup_name
--remove-outgroup
--tree-building-program | p phylip | paup | paml
--splitmode | s nosplit | chi2split
- không kéo dài
--chi2-ngưỡng | giá trị n
--permutations | r số
- số cây-cần phân tích
- số ba để phân tích
--s-site-số
trạng thái tổ tiên --s-site-character -> trạng thái bắt nguồn
--co-evo | e đơn giản | gấp đôi
- cây in
- trình tự tổ tiênanc-seq (chỉ với phylip)
--nb-files số lượng tệp đầu vào để phân tích (chỉ dành cho kiểm tra liên kết)

LỰA CHỌN

--phiên bản
In phiên bản chương trình và thoát.

--trợ giúp ngắn
In một thông báo trợ giúp ngắn gọn và thoát.

--Cứu giúp In thông báo trợ giúp với các mô tả và lối thoát tùy chọn.

--Đàn ông In trang hướng dẫn sử dụng và thoát.

- hiệp hội | a
Thực hiện kiểm tra liên kết

--s-bản địa hóa | l
Xác định vị trí nhạy cảm bằng cách sử dụng "phương pháp ký tự S"

--first-input-file | i tập tin kết quả
Đầu vào tệp 1 (tệp kết quả paup, phylip hoặc paml). Nếu một số tệp đầu vào là
đã phân tích, tên của chúng phải ngăn cách nhau bằng dấu hai chấm. Ví dụ: input1: input2, v.v.

--second-input-file | j tương_tục
Đầu vào tệp 2, mặc định tương ứng.txt. Số lượng tệp đầu vào 2 phải giống nhau
là số của tệp đầu vào 1. Tên của tệp đầu vào khác 2 phải là
ngăn cách bằng dấu hai chấm

--output-file | o ô uế
Tệp đầu ra

--data-type | t "DNA" | "SNP"
Loại dữ liệu: DNA (ATGCU) hoặc SNP (0-1)

--data-Qual | q "định tính" | "định lượng"
Phân tích dữ liệu định tính (trường hợp / kiểm soát) hoặc dữ liệu định lượng

--nhóm ngoài nhóm ngoài
Gốc cây với nhóm ngoài này

--remove-outgroup
Loại bỏ nhóm ngoài của cây trước khi thực hiện các bài kiểm tra

--tree-building-program | p "phylip" | "paup" | "paml"
Chương trình tái tạo phát sinh loài

--splitmode | s "nosplit" | "chi2split"
cách các bài kiểm tra được thực hiện từ cấp độ này sang cấp độ khác

- không kéo dài
Không kéo dài cành trên cây

--chi2-ngưỡng | n giá trị
Ngưỡng quan trọng cho chi2 (giá trị mặc định 0.01)

--permutations | r con số
Số hoán vị được sử dụng để tính toán các giá trị p chính xác (Chỉ dành cho liên kết
kiểm tra)

- số cây-cần phân tích con số
Số lượng cây cần phân tích trong phân tích bản địa hóa (chỉ dành cho bản địa hóa
phương pháp sử dụng ký tự S)

--ree-to-phân tích con số
Với tùy chọn này, bạn có thể chỉ định cây để sử dụng (thay vì ngẫu nhiên). Có thể được sử dụng
nhiều lần để chỉ định nhiều cây.

--s-site-số con số
Số của trang ký tự S trong chuỗi (chỉ dành cho phương pháp bản địa hóa sử dụng
Ký tự S)

--s-site-ký tự quá trình chuyển đổi
Trạng thái ký tự cho ký tự S: trạng thái tổ tiên -> trạng thái dẫn xuất, ví dụ: G-> C hoặc
0-> 1 (chỉ dành cho phương pháp bản địa hóa sử dụng ký tự S)

--co-evo | e "đơn giản" | "gấp đôi"
Loại chỉ số đồng tiến hóa
đơn giản: chỉ sử dụng chuyển tiếp anc -> der của S
gấp đôi: hai quá trình chuyển đổi có thể được sử dụng

- cây in
Nếu tùy chọn này được chọn, cây sẽ được in ra đầu ra

--anc-seq anc_seq
Với tùy chọn này, bạn có thể chỉ định trình tự tổ tiên. Tùy chọn này chỉ là
hữu ích khi cây được tái tạo bằng cách sử dụng chương trình kết hợp giữa phylip với
trạng thái tổ tiên được chỉ định trong tệp "tổ tiên"

--nb-tệp con số
Với tùy chọn này, bạn chỉ định số lượng tệp đầu vào (1 và 2) để phân tích Điều này
tùy chọn chỉ hoạt động cho kiểm tra liên kết. Hãy cẩn thận nếu số lượng cây là
không giống nhau đối với các tệp đầu vào khác nhau: nếu cây đã chọn không tồn tại trong
một tệp, chương trình sẽ không hoạt động chính xác

MÔ TẢ

T chương trình thực hiện

(a) kiểm tra mối liên hệ giữa gen ứng cử viên và bệnh tật hoặc tính trạng số lượng

(b) kiểm tra định vị: nó cho phép phát hiện SNP nào có liên quan đến tính xác định của
bệnh hoặc tính trạng số lượng

Hai thử nghiệm này dựa trên việc phân tích cây phát sinh loài haplotype.

Sử dụng altreep trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net