amap - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

amap - Sự liên kết nhiều protein bằng cách ủ trình tự

SYNOPSIS

Bản đồ [TÙY CHỌN] [MFAFILE] [MFAFILE]

MÔ TẢ

AMAP là một công cụ để thực hiện việc sắp xếp nhiều chuỗi peptid. Nó sử dụng sau
giải mã và căn chỉnh tuần tự, thay vì tiến trình truyền thống
phương pháp căn chỉnh. Đây là chương trình căn chỉnh duy nhất cho phép người ta điều khiển
độ nhạy / độ đặc hiệu. Nó dựa trên mã nguồn ProbCons, nhưng sử dụng
độ chính xác của số liệu liên kết và loại bỏ sự biến đổi nhất quán.

Trong cấu hình mặc định, AMAP được điều chỉnh để tối đa hóa Chỉ số căn chỉnh dự kiến
Điểm độ chính xác (AMA) - một thước đo độ chính xác căn chỉnh mới, dựa trên một số liệu cho
không gian nhiều căn chỉnh, tích hợp độ nhạy và độ đặc hiệu vào một
thước đo cân bằng. AMA được định nghĩa là phần của các gốc được căn chỉnh chính xác (để
một phần dư khác hoặc một khoảng trống) trên tổng số phần còn lại trong tất cả các trình tự.

Bản đồ căn chỉnh các trình tự được cung cấp ở định dạng MFA. Định dạng này bao gồm nhiều chuỗi.
Mỗi trình tự ở định dạng MFA bắt đầu bằng mô tả một dòng, tiếp theo là các dòng
dữ liệu trình tự. Dòng mô tả được phân biệt với dữ liệu trình tự bằng
ký hiệu lớn hơn (“>”) trong cột đầu tiên.

LỰA CHỌN

-clustalw
sử dụng định dạng đầu ra CLUSTALW thay vì MFA

-c --Tính nhất quán TRẢ LỜI
sử dụng 0 <= TRẢ LỜI <= 5 (mặc định: 0) chuyển đổi nhất quán

-ir --itrative-sàng lọc TRẢ LỜI
sử dụng 0 <= TRẢ LỜI <= 1000 (mặc định: 0) vượt qua quá trình tinh chỉnh lặp đi lặp lại

-pre --tập huấn trước TRẢ LỜI
sử dụng 0 <= TRẢ LỜI <= 20 (mặc định: 0) vòng đào tạo trước

-cặp
tạo các căn chỉnh theo chiều cặp tất cả các cặp

-viterbi
sử dụng thuật toán Viterbi để tạo tất cả các cặp (tự động bật -cặp)

-v --dài dòng
Báo cáo tiến trình trong khi căn chỉnh (mặc định: tắt)

-chú thích TÊN TỆP
viết chú thích cho nhiều căn chỉnh để TÊN TỆP

-t --tàu hỏa TÊN TỆP
tính toán xác suất chuyển đổi EM, lưu trữ trong TÊN TỆP (mặc định: không đào tạo)

-e --phát thải
cũng xác suất phát xạ tái hồi phục (mặc định: tắt)

-p --paramfile TÊN TỆP
đọc các thông số từ TÊN TỆP (vỡ nợ: )

-a --đặt hàng
in các chuỗi theo thứ tự căn chỉnh thay vì thứ tự đầu vào (mặc định: tắt)

-g --hệ số khoảng cách GF
sử dụng GF làm tham số hệ số khoảng cách, được đặt thành 0 để có độ nhạy tốt nhất, giá trị cao hơn cho
độ đặc hiệu tốt hơn (mặc định: 0.5)

-w --ge-weight-ngưỡng W
dừng quá trình ủ trình tự khi cạnh tốt nhất có trọng lượng thấp hơn W, đặt thành 0
để có độ nhạy tốt nhất, giá trị cao hơn để có độ đặc hiệu tốt hơn (mặc định: 0)

-ăn xin --cấp tiến
sử dụng căn chỉnh lũy tiến thay vì căn chỉnh tuần tự (mặc định: tắt)

-đặt hàng - sắp xếp lại không cạnh
vô hiệu hóa việc sắp xếp lại thứ tự của các cạnh trong quá trình căn chỉnh ủ theo trình tự (mặc định: tắt)

-maxstep --use-max-stepize
sử dụng kích thước bước cải tiến tối đa thay vì xếp hạng cạnh tGf (mặc định: tắt)

-in - print-posteriors
chỉ in các ma trận xác suất sau (mặc định: tắt)

-gui BẮT ĐẦU STEP
đầu ra in cho AMAP Display Java dựa trên GUI (mặc định:) bắt đầu từ trọng lượng BẮT ĐẦU
(mặc định: vô cực) với kích thước bước STEP (vỡ nợ: )

VÍ DỤ

Để chạy AMAP với các tùy chọn mặc định, hãy thay đổi thành sắp xếp thư mục và loại:

% Bản đồ

Nếu không có tên tệp nào được cung cấp, danh sách các tùy chọn sẽ được in.

Để sử dụng Màn hình AMAP, hãy chạy AMAP với tùy chọn -gui và lưu đầu ra vào
, sau đó sử dụng tệp làm đầu vào cho AmapDisplay. Ví dụ, gõ:

% căn chỉnh / amap -gui ví dụ / BB12020.tfa > ví dụ / BB12020.tfa.out

% Java -cái lọ display / AmapDisplay.jar ví dụ / BB12020.tfa.out

(trên hệ thống Debian, ví dụ thư mục nằm trong / usr / share / doc / amap-align / ví dụ

LƯU Ý

Trong các phiên bản cũ hơn (<2.0-1) của gói dành cho hệ thống Debian (TM), Bản đồ lệnh là
đã đổi tên căn chỉnh amap bởi vì đã có một công cụ khác được gọi là Bản đồ (thực hiện một số
chẩn đoán mạng máy tính). Một liên kết tượng trưng căn chỉnh amap vẫn được cung cấp để nâng cấp
nhưng sẽ bị loại bỏ trong các bản phát hành Debian sau Etch (Debian 4.0).

Sử dụng amap trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net