autogrid4 - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

autogrid - chuẩn bị protein và phối tử để phân tích AutoDock

SYNOPSIS

lưới điện tự động4 [lựa chọn] -p tệp tham số lưới

MÔ TẢ

Autogrid chuẩn bị một biểu diễn lưới 3D của các năng lượng tương tác không cộng hóa trị
các loại nguyên tử phối tử khác nhau do người dùng chỉ định sẽ trải nghiệm xung quanh mục tiêu do người dùng chỉ định
đại phân tử. Ngoài ra, thế năng tĩnh điện và lưới năng lượng không bị phân hủy
bản đồ cũng có thể được tính toán. Bản đồ lưới được lưu trữ trong các tệp văn bản thuần túy với
tiện ích mở rộng '.map' và được AutoDock 4 yêu cầu để thực hiện việc ghép nối. AutoGrid cũng
xuất ra tệp '.xyz' mô tả phạm vi không gian của hộp lưới và AVS
tệp '.fld' mô tả tập hợp nhất quán các bản đồ lưới ái lực nguyên tử
được tính toán cùng nhau cho một đại phân tử mục tiêu nhất định. Lưu ý: cần phải
tính toán các bản đồ lưới cho tất cả các loại nguyên tử trong phối tử hoặc tập hợp các phối tử sẽ
cập cảng, cũng như bản đồ lưới điện thế năng và bản đồ năng lượng không bị phân hủy.
Ví dụ, nếu một phối tử có cacbon béo và oxy nhận liên kết hydro
Atom, cần phải tính toán cả bản đồ 'C' và bản đồ 'OA'. Nhìn thấy
http://autodock.scripps.edu/faqs-help/faq/where-do-i-set-the-autodock-4-force-field-
tham số để biết thêm thông tin về các loại nguyên tử AutoDock 4.

Đầu vào của AutoGrid được chuẩn bị tốt nhất với bộ chương trình AutoDockTools. Không có
cách chạy autodock4 mà không cần lưới.

LỰA CHỌN

-o Sử dụng định dạng PDBq cũ (q trong cột 55-61)

-u Thông tin sử dụng cũng như -h trên Debian.

-d Tăng tính chi tiết của tin nhắn để giúp gỡ lỗi.

-l tệp nhật ký

-p filename Chỉ định tệp tham số lưới

THÍ DỤ

Một loạt các thử nghiệm được cung cấp với các nguồn AutoGrid có thể được sử dụng như sau:
$ D=/usr/share/doc/autogrid/Thử nghiệm
$ cd / Tmp
$ ln -s $D/AD4_parameters.dat .
$ gunzip -c $D/hsg1_sm.pdbqt.gz > hsg1_sm.pdbqt
$ autogrid4 -p $D/hsg1_no_receptor_types.gpf -l hsg1_no_receptor_types.glg

Lệnh này chuẩn bị các tệp bản đồ lưới cho từng loại nguyên tử AutoDock được chỉ định trong
tệp tham số lưới (trong trường hợp này: hsg1_sm.A.map, hsg1_sm.C.map, hsg1_sm.d.map,
hsg1_sm.e.map, hsg1_sm.HD.map, hsg1_sm.NA.map, hsg1_sm.N.map, hsg1_sm.OA.map), AVS
tệp trường (hsg1_sm.maps.fld) và hsg1_sm.maps.xyz. Để thực hiện phép tính nghiêng,
AutoDock phải được thực thi, mặc dù nó yêu cầu một tệp tham số gắn đế riêng biệt (với
phần mở rộng .dpf). 'DPF' dùng để chỉ các tệp bản đồ lưới cần thiết cho việc lắp ghép
và cho phép thiết lập các tham số quan trọng khác, chẳng hạn như phương pháp tìm kiếm và cách thức
nhiều bến cảng để thực hiện.

Sử dụng autogrid4 trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net