Đây là bamtools lệnh có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
bamtools - bộ công cụ để thao tác các tệp BAM (căn chỉnh bộ gen)
SYNOPSIS
dụng cụ bằng tre [--trợ giúp] LỆNH [ARGS]
MÔ TẢ
BamTools hỗ trợ phân tích nghiên cứu và quản lý dữ liệu bằng cách sử dụng tệp BAM. Nó đối phó với
lượng dữ liệu khổng lồ được tạo ra bởi các công nghệ giải trình tự hiện tại thường là
được lưu trữ dưới dạng nén, định dạng nhị phân mà trình phân tích cú pháp dựa trên văn bản không dễ dàng xử lý
thường được sử dụng trong nghiên cứu tin sinh học.
LỰA CHỌN
chuyển đổi
Chuyển đổi giữa BAM và một số định dạng khác
đếm In số lượng căn chỉnh trong (các) tệp BAM
bảo hiểm
In thống kê vùng phủ sóng từ tệp BAM đầu vào
lọc Bộ lọc (các) tệp BAM theo tiêu chí do người dùng chỉ định
tiêu đề In thông tin tiêu đề BAM
index Tạo chỉ mục cho tệp BAM
hợp nhất Hợp nhất nhiều tệp BAM thành một tệp duy nhất
ngẫu nhiên Chọn các căn chỉnh ngẫu nhiên từ (các) tệp BAM hiện có, nhằm mục đích thử nghiệm nhiều hơn
công cụ.
giải quyết
Giải quyết các lần đọc kết thúc được ghép nối (đánh dấu cờ IsProperPair nếu cần)
hoàn nguyên Loại bỏ các dấu trùng lặp và khôi phục chất lượng cơ bản ban đầu
sắp xếp Sắp xếp tệp BAM theo một số tiêu chí
tách Tách tệp BAM trên thuộc tính do người dùng chỉ định, tạo tệp đầu ra BAM mới cho
mỗi giá trị được tìm thấy
thống kê In một số thống kê cơ bản từ (các) tệp BAM đầu vào
Xem 'bamtools help COMMAND' để biết thêm thông tin về một lệnh cụ thể.
Sử dụng bamtools trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
