bowtie2 - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

bowtie2 - wrapper cho bowtie2-align- *

MÔ TẢ

Bowtie 2 phiên bản 2.2.6 của Ben Langmead ([email được bảo vệ], www.cs.jhu.edu/~langmea)

SỬ DỤNG

bowtie2 [tùy chọn] * -x {-2 -2 | -U } [-NS ]


Chỉ mục tiền tố tên tệp (trừ .X.bt2 ở cuối). LƯU Ý: Chỉ mục Bowtie 1 và Bowtie 2
không tương thích.

Các tệp có bạn tình # 1, được ghép nối với các tệp trong . Có thể là gzip'ed (phần mở rộng: .gz)
hoặc bzip2'ed (phần mở rộng: .bz2).

Các tệp có bạn tình # 2, được ghép nối với các tệp trong . Có thể là gzip'ed (phần mở rộng: .gz)
hoặc bzip2'ed (phần mở rộng: .bz2).

Các tệp có lần đọc chưa được ghép nối. Có thể là gzip'ed (phần mở rộng: .gz) hoặc bzip2'ed
(phần mở rộng: .bz2).

Tệp cho đầu ra SAM (mặc định: stdout)

, , có thể là danh sách được phân tách bằng dấu phẩy (không có khoảng trắng) và có thể được chỉ định
nhiều lần. Ví dụ: '-U file1.fq, file2.fq -U file3.fq '.

LỰA CHỌN (mặc định in dấu ngoặc đơn)

Đầu vào:
-q các tệp đầu vào truy vấn là FASTQ .fq / .fastq (mặc định)

--qseq các tệp đầu vào truy vấn ở định dạng qseq của Illumina

-f các tệp đầu vào truy vấn là (nhiều) FASTA .fa / .mfa

-r các tệp đầu vào truy vấn là một-chuỗi-mỗi-dòng thô

-c , , là các chuỗi, không phải tệp

-s/--nhảy
bỏ qua cái đầu tiên đọc / ghép nối trong đầu vào (không có)

-u/--lên đến
dừng lại sau đầu tiên đọc / cặp (không giới hạn)

-5/ - trim5
cắt tỉa căn cứ từ 5 '/ cuối bên trái của lần đọc (0)

-3/ - trim3
cắt tỉa căn cứ từ 3 '/ cuối bên phải của lần đọc (0)

--phred33
phẩm chất là Phred + 33 (mặc định)

--phred64
phẩm chất là Phred + 64

--int-quals
chất lượng được mã hóa dưới dạng số nguyên được phân tách bằng dấu cách

Cài đặt trước:
Giống như:

Trong - end-to-end:

--rất nhanh -D 5 -R 1 -N 0 -L 22 -i S, 0,2.50

--Nhanh -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S, 0,2.50

--nhạy cảm -D 15 -R 2 -N 0 -L 22 -i S, 1,1.15 (mặc định)

--rất nhạy cảm -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S, 1,0.50

Trong --địa phương:

- rất nhanh tại địa phương -D 5 -R 1 -N 0 -L 25 -i S, 1,2.00

- bữa sáng tại địa phương -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S, 1,1.75

--nhạy cảm-cục bộ -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i S, 1,0.75 (mặc định)

- rất nhạy cảm-cục bộ -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S, 1,0.50

Sắp xếp:
-N
max # không khớp trong căn chỉnh hạt giống; có thể là 0 hoặc 1 (0)

-L
chiều dài của chuỗi hạt giống; phải> 3, <32 (22)

-i
khoảng thời gian giữa các chuỗi con hạt giống w / r / t đọc len (S, 1,1.15)

--n-trần
func cho tối đa # non-A / C / G / Ts được phép trong aln (L, 0,0.15)

--dpad
bao gồm các ký tự tham chiếu bổ sung trên các cạnh của bảng DP (15)

--gbar
không cho phép khoảng trống bên trong nucs của cực đoan đọc (4)

--bỏ qua chất lượng
coi tất cả các giá trị chất lượng là 30 trên thang Phred (tắt)

--nofw không căn chỉnh về phía trước (ban đầu) phiên bản đọc (tắt)

--norc không căn chỉnh phiên bản bổ sung ngược của đọc (tắt)

- không-1mm-trả trước
không cho phép 1 căn chỉnh không khớp trước khi cố gắng quét để tìm hạt giống tối ưu
sự liên kết

- end-to-end
toàn bộ bài đọc phải căn chỉnh; không cắt (trên)

OR

--địa phương
liên kết cục bộ; kết thúc có thể được cắt mềm (tắt)

Ghi điểm:
--ma
tiền thưởng trận đấu (0 cho - end-to-end, 2 cho --địa phương)

--mp
hình phạt tối đa cho sự không phù hợp; trình độ thấp hơn = hình phạt thấp hơn (6)

--np
hình phạt cho không phải A / C / G / Ts trong read / ref (1)

--rdg ,
đọc khoảng trống mở, mở rộng hình phạt (5,3)

--RF G ,
lỗ hổng tham chiếu mở, mở rộng hình phạt (5,3)

--score-min điểm căn chỉnh tối thiểu có thể chấp nhận được với thời lượng đọc
(G, 20,8 cho cục bộ, L, -0.6, -0.6 cho end-to-end)

Báo cáo:
(Default)
tìm kiếm nhiều liên kết, báo cáo tốt nhất, với MAPQ

OR

-k
báo cáo lên alns mỗi lần đọc; MAPQ không có ý nghĩa

OR

-a/--tất cả các
báo cáo tất cả các liên kết; rất chậm, MAPQ không có ý nghĩa

Cố gắng:
-D
từ bỏ kéo dài sau khi không thành công kéo dài liên tiếp (15)

-R
đối với những lần đọc có hạt giống lặp đi lặp lại, hãy thử bộ hạt giống (2)

Kết thúc ghép nối:

-I/ - minins
độ dài đoạn tối thiểu (0)

-X/ - maxins
độ dài đoạn tối đa (500)

--NS/ - rf / - ff -1, -2 bạn tình căn chỉnh fw / rev, rev / fw, fw / fw (--NS)

- không trộn lẫn
ngăn chặn các căn chỉnh chưa được ghép nối để đọc được ghép nối

- không bất hòa
ngăn chặn các căn chỉnh không phù hợp cho các lần đọc được ghép nối

- không đuôi
không hòa hợp khi bạn tình vượt qua nhau

- không chứa
không phù hợp khi một liên kết đối tác chứa khác

- không chồng chéo
không hòa hợp khi bạn tình chồng lên nhau

Đầu ra:
-t/--thời gian
in thời gian trên đồng hồ treo tường được thực hiện bởi các giai đoạn tìm kiếm

--un
viết các lần đọc chưa được ghép nối không phù hợp với

--al
viết các lần đọc chưa được ghép nối được căn chỉnh ít nhất một lần để

--un-conc
viết các cặp không sắp xếp phù hợp với

--al-conc
viết các cặp căn chỉnh phù hợp ít nhất một lần để

(Lưu ý: cho --un, --al, --un-conc, hoặc là --al-conc, thêm '-gz' vào tên tùy chọn, ví dụ:
--un-gz , vào đầu ra nén gzip hoặc thêm '-bz2' vào đầu ra nén bzip2.)
--Yên lặng không in gì cho stderr ngoại trừ các lỗi nghiêm trọng
--met-tệp gửi số liệu vào tệp tại (tắt)
--met-stderr gửi số liệu đến stderr (tắt)
--gặp báo cáo bộ đếm và chỉ số nội bộ mỗi giây (1)
--không có nhấn các bản ghi SAM để đọc không dấu
--không đầu dòng tiêu đề supppress, tức là các dòng bắt đầu bằng @
--no-sq dòng tiêu đề supppress @SQ
--rg-id đặt id nhóm đã đọc, được phản ánh trong dòng @RG và trường RG: Z: opt
--R G cộng ("lab: value") thành dòng @RG của tiêu đề SAM.

Lưu ý: Dòng @RG chỉ được in khi --rg-id được thiết lập.

--omit-giây-seq
đặt '*' trong các trường SEQ và QUAL cho các căn chỉnh phụ.

Hiệu suất:
-p/ - chủ đề số luồng căn chỉnh để khởi chạy (1)

- đơn hàng
buộc thứ tự đầu ra SAM khớp với thứ tự đọc đầu vào

--mm sử dụng I / O được ánh xạ bộ nhớ cho chỉ mục; nhiều 'bowtie's có thể chia sẻ

Khác:
--qc-bộ lọc
lọc ra những lần đọc không tốt theo bộ lọc QSEQ

--hạt giống
hạt giống cho trình tạo số ngẫu nhiên (0)

- không xác định Rand hạt giống. gen. tùy ý thay vì sử dụng các thuộc tính đọc

--phiên bản
in thông tin phiên bản và thoát

-h/--Cứu giúp
in thông báo sử dụng này

Sử dụng bowtie2 trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net