boxshade - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

boxshade - In ấn đẹp mắt của nhiều liên kết trình tự

SYNOPSIS

cái hộp

MÔ TẢ

BÓNG HỘP là một chương trình để in nhiều đầu ra căn chỉnh đẹp mắt. Chính chương trình
không thực hiện bất kỳ căn chỉnh nào, bạn phải sử dụng một chương trình nhiều căn chỉnh như ClustalW hoặc
Tích lũy và sử dụng đầu ra của các chương trình này làm đầu vào cho BOXSHADE.

-Cứu giúp
Hiển thị sự giúp đỡ.

-kiểm tra
Hiển thị sự trợ giúp và mở rộng dòng lệnh.

-def
Sử dụng mặc định, không có câu hỏi không cần thiết.

-numdef
Sử dụng đánh số mặc định.

-dna
Giả sử trình tự DNA, sử dụng box_dna.par.

-tách ra
Tạo các tệp riêng biệt cho nhiều trang.

-toseq =xxx
Che bóng theo số thứ tự. xxx.

-in =

là tên tệp đầu vào.

-out =

là tên tệp đầu ra.

-par =

là tên tệp tham số.

-sim =

là tên tệp cho các phần còn lại tương tự def.

-grp =

là tên tệp để phân nhóm các phần còn lại.

-thr =x

x là phần nhỏ của các trình tự phải thống nhất để có sự đồng thuận.

-dev =x

x là lớp thiết bị đầu ra (xem bên dưới).

-type =x

x là định dạng tệp đầu vào (xem bên dưới).

-cái thước
In dòng thước.

-biểu tượng
Tạo dòng đồng thuận.

-symbcons =xyz

xyz là những biểu tượng đồng thuận.

-symbcons = "xyz"
Nếu cách trên không hoạt động, hãy thử cách này.

-unix
Các dòng tệp đầu ra chỉ được kết thúc bằng LF.

-mac
Các dòng tệp đầu ra chỉ được kết thúc bằng CR.

-hai
Các dòng tệp đầu ra được kết thúc bằng CRLF.

Trang hướng dẫn sử dụng này được viết cho bản phân phối Debian (TM) vì chương trình gốc
không có trang hướng dẫn sử dụng. Thông tin được trình bày đến từ tài liệu của
Dịch vụ Web của phiên bản 3.21 không khả dụng dưới dạng gói Debian.

BOXSHADE là một chương trình để tạo ra các bản in đẹp từ protein nhiều hàng hoặc
Trình tự DNA. Chương trình không tự căn chỉnh, nó phải lấy làm đầu vào một tệp
được xử lý trước bởi một chương trình nhiều căn chỉnh hoặc một trình chỉnh sửa nhiều tệp. Xem bên dưới để biết
danh sách các định dạng đầu vào được hỗ trợ và thiết bị đầu ra. Trong đầu ra BOXSHADE tiêu chuẩn,
các phần dư giống nhau và tương tự trong biểu đồ nhiều liên kết được biểu thị bằng
màu sắc hoặc bóng mờ khác nhau. Có một số tùy chọn khác liên quan đến loại bóng
được áp dụng, đánh số thứ tự, đầu ra đồng thuận, v.v. Giao diện người dùng là một chút
vụng về vào lúc này, người ta phải trả lời rất nhiều câu hỏi để đạt được mong muốn
đầu ra. Tuy nhiên, có khả năng sử dụng các tham số mặc định từ một tiêu chuẩn
tệp tham số hoặc để cung cấp cho chương trình các tham số từ dòng lệnh. Tại
thời điểm này, các phiên bản VMS và DOS của BOXSHADE có giao diện người dùng giống hệt nhau.

Đầu vào định dạng
BOXSHADE 3.2 biết về các định dạng tệp đầu vào sau: (một số định dạng thường được sử dụng
chỉ dành cho hệ thống MSDOS hoặc VMS) + CLUSTAL và CLUSTALV, nhiều chương trình căn chỉnh,
Phần mở rộng mặc định DOS / VMS / MAC .ALN + ESEE, trình chỉnh sửa nhiều trình tự, phần mở rộng mặc định của DOS
.ESE + PHYLIP, gói phân tích phát sinh loài, DOS, VMS, tiện ích mở rộng mặc định UNIX .PHY +
PILEUP và PRETTY của gói phân tích trình tự GCG Phần mở rộng mặc định VMS / UNIX .MSF
và .PRE NB !! bạn được khuyến khích KHÔNG sử dụng định dạng THUỘC TÍNH làm đầu vào, nó có thể
không tương thích với phiên bản sửa đổi của đầu vào .MSF. Chúng tôi thực sự không thể nghĩ tại sao bất cứ ai
sẽ sử dụng định dạng này ngay bây giờ, các tệp .MSF thường hữu ích hơn. + MALIGNED, nhiều
trình chỉnh sửa trình tự, phần mở rộng mặc định chỉ VMS .MAL BOXSHADE cố gắng xác định loại tệp
từ tiện ích mở rộng nhưng cũng sẽ hoạt động nếu các tiện ích mở rộng khác nhau được sử dụng.

Đầu ra thiết bị
POSTSCRIPT / EPS tạo các tệp POSTSCRIPT (TM) để in trên Laserprinter hoặc hơn nữa
chuyển đổi với trình thông dịch POSTSCRIPT (như GHOSTSCRIPT) + HPGL để xuất sang các
chương trình đồ họa hoặc để chuyển đổi / in bằng chương trình phần mềm chia sẻ PRINTGL. Âm mưu
Đầu ra BOXSHADE trên máy vẽ đồ thị thường không được khuyến nghị + RTF để xuất sang các
chương trình xử lý văn bản và đồ họa + CRT, sử dụng màn hình ghi trực tiếp vào màn hình PC.
Các tùy chọn có thể có tùy thuộc vào bộ điều hợp đồ họa được sử dụng. Thiết bị đầu ra này chỉ được hỗ trợ
trong phiên bản MSDOS. + ANSI. Trên PC, tùy chọn này sử dụng trình điều khiển thiết bị ANSI (ANSI.SYS)
đã được tải trong CONFIG.SYS trước đó. Các kết xuất ký tự có thể bị đảo ngược,
in đậm, gạch chân, nhấp nháy, v.v. Trên các hệ thống không phải DOS, tùy chọn này hoạt động giống như
chế độ đầu ra VT100. + VT100 để hiển thị trên thiết bị đầu cuối hoặc trình mô phỏng tương thích VT100. +
ReGISterm để hiển thị trên trình mô phỏng hoặc thiết bị đầu cuối đồ họa tương thích ReGIS. + ReGISfile cho
chuyển đổi sau bởi chương trình RETOS (bản quyền DEC) để in trên DIGITALs
dòng máy in. + LJ250 để in trên máy in màu DIGITALS LJ250. + Đầu ra ASCII
hiển thị các dư lượng được bảo tồn hoặc các phần khác nhau (những phần khác là '-'). + Tệp FIG cho
xfig 2.1. + Các tệp PICT để nhập vào Mac và các progs đồ họa PC. Một số định dạng trên
cung cấp khả năng mở rộng các nhân vật và xoay chuyển cốt truyện. Kích thước ký tự
phải được nhập theo đơn vị 'điểm'. Hướng đầu ra bình thường ở chế độ dọc
(Chỉ PS / EPS / HPGL / PICT), để có được đầu ra theo hướng ngang, 'xoay biểu đồ = y' có
để được chọn. Khi tạo đầu ra nhiều trang, tất cả các trang được chứa trong một đầu ra duy nhất
tập tin. Nếu muốn một trang cho mỗi tệp, người ta phải sử dụng tham số dòng lệnh / SPLIT.
Điều này được thực thi khi yêu cầu đầu ra tệp EPSF hoặc PICT, vì EPSF nhiều trang là
sự mâu thuẫn về mục đích của EPSF và các tệp PICT lớn có thể sẽ quá lớn đối với
hầu hết các máy tính cá nhân. Trong khi sử dụng thiết bị đầu cuối làm thiết bị đầu ra, phím 'QUAY LẠI' có
được nhấn để lấy trang đầu ra tiếp theo.

Trình tự đánh số
Bắt đầu với phiên bản 2.2, có khả năng thêm số cho các tệp đầu ra.
Các số được in giữa tên dãy và chính dãy đó. Vì hầu hết
các tệp đầu vào hoặc không sử dụng đánh số hoặc đánh số vị trí đầu tiên trong căn chỉnh
luôn luôn có "1" (và điều đó không nhất thiết phản ánh các con số trong bản gốc
trình tự), người dùng được yêu cầu nhập vị trí bắt đầu cho mỗi trình tự. Lệnh
cờ dòng / DEFNUM đã loại bỏ câu hỏi đó, vị trí bắt đầu là 1 được giả định cho tất cả
trình tự. Boxshade bắt đầu với giá trị được nhập cho vị trí ngoài cùng bên trái và tiếp tục
đánh số mọi ký hiệu hợp lệ, bỏ qua khoảng trống, '-', '.' và những thứ tương tự.

Mặc định thông số
Một số người sử dụng các bản phát hành trước của BOXSHADE đã cho tôi thấy sự cần thiết phải có
tham số mặc định cho các câu hỏi khác nhau của chương trình. Họ lập luận rằng hầu hết
các trang web chỉ sử dụng một loại tệp đầu vào, một thiết bị đầu ra và một lựa chọn màu sắc cho
đầu ra. Do đó, tôi đã thêm quản lý các tham số mặc định cho phép hai cấp độ
hỗ trợ người dùng. 1) tất cả các tham số mặc định được chứa trong một tệp ASCII có thể
được sửa đổi dễ dàng để phù hợp với khẩu vị của người dùng. Định dạng được tài liệu gần đúng trong
tiêu đề tệp, nó giống với đầu vào bàn phím mà người ta phải thực hiện nếu sử dụng chương trình
một cách tương tác. Có hai tệp như vậy được cung cấp cùng với bản phát hành BOXSHADE này,
BOX_DNA.PAR và BOX_PEP.PAR, chứa một số thông số mẫu cho peptit và
dna-so sánh. không có sự khác biệt lớn giữa hai điều này, điều chính là
khi tô bóng các so sánh DNA, người ta không quan tâm đến các phần còn lại "tương tự". 2) để chạy chương trình
với tương tác người dùng tối thiểu, tôi đã thêm khả năng sử dụng dòng lệnh
thông số. Hiện tại, bạn có thể sử dụng: / check: liệt kê tất cả các tham số dòng lệnh được phép
(danh sách này) và cho phép các tham số được thêm vào. / def: chương trình chạy mà không có câu hỏi,
BOX_PEP.PAR được sử dụng làm mặc định / dna: làm cho chương trình sử dụng BOX_DNA.PAR làm tệp tham số
/ pep: làm cho chương trình sử dụng BOX_PEP.PAR làm tệp tham số / in = xxx: làm cho chương trình
lấy xxx làm tệp đầu vào / out = yyy: làm cho chương trình lấy yyy làm tệp đầu ra (note1)
/ par = zzz: làm cho chương trình sử dụng zzz làm tệp tham số mặc định / type = 1: làm cho
chương trình giả sử một tệp đầu vào thuộc loại 1 (PRETTY / MSF) / dev= 1: làm cho chương trình giả định và
thiết bị đầu ra loại 1 (CRT) / numdef: sử dụng đánh số mặc định (tất cả các chuỗi bắt đầu bằng
"1") / thr: phần ngưỡng của phần dư phải đồng ý để đạt được sự đồng thuận / phân chia: lực lượng
một trang cho mỗi đầu ra tệp, tạo nhiều tệp đầu ra. / khuyết điểm: làm cho chương trình tạo
một dòng đồng thuận bổ sung (xem bên dưới) / symbcons =: ảnh hưởng đến cách dòng đồng thuận
được hiển thị. (xem bên dưới) / unix: ghi các tệp đầu ra theo kiểu unix (chỉ LF) (note2) / dos
: ghi tệp đầu ra theo kiểu DOS (CR / LF) (note2) note1: trên máy unix, sử dụng out = OUTPUT
đối với đầu ra đầu cuối trên máy DOS, sử dụng out = con: trên máy VMS, sử dụng out = tt: note2: if
không có chế độ nào được chỉ định, kiểu gốc của máy được sử dụng.

CHÚ Ý
trên các hệ thống unix, dấu gạch ngang (-) thay vì dấu gạch chéo (/) phải được sử dụng làm ngăn cách
ký tự cho các tham số dòng lệnh. Ví dụ, một dòng lệnh unix hợp lệ là:
cái hộp -def -numdef -biểu tượng -symbcons = " . * "

Đánh bóng chiến lược (tương tự đến sự đồng thuận or duy nhất sự nối tiếp)
Bắt đầu từ phiên bản 3, BOXSHADE có một hệ thống đổ bóng mới. Sự khác biệt đầu tiên là
đưa ra một phần ngưỡng của dư lượng phải đồng ý để có một
đoàn kết. Trước đây, chương trình giả định rằng MỘT SỐ dư lượng luôn luôn là sự đồng thuận. Nếu như
không có hai phần dư giống nhau, trình tự đầu tiên cung cấp phần dư lượng đồng nhất. Cái này
phân số ngưỡng có thể là bất kỳ số nào trong khoảng từ 0.0 đến 1.0. Số lượng trình tự
phải đồng ý để có sự đồng thuận, như bạn có thể mong đợi, phần này nhân với
tổng số trình tự trong căn chỉnh (các phân số của một trình tự được tính là một, ví dụ: 3.2
trở thành 4). Sự khác biệt thứ hai là ý tưởng về 'sự đồng thuận bởi sự tương đồng'; điều này cố gắng
tính đến các tình huống trong đó tất cả các trình tự có thể có (ví dụ) R hoặc K tại
vị trí, nhưng không theo đa số. Sẽ không hợp lý nếu đánh bóng một loại cặn
là 'giống hệt' và khác là 'tương tự'; hàm ngưỡng cũng có thể loại bỏ
cả với số lượng quá ít. Do đó, nếu không có một dư lượng duy nhất đó là
được bảo toàn (lớn hơn ngưỡng) tại một vị trí, chương trình tìm kiếm 'nhóm'
axit amin đáp ứng các yêu cầu. 'Nhóm' được xác định trong các tệp .grp. Người dùng
có thể điều chỉnh chúng cho phù hợp với định kiến ​​cá nhân của họ. Bất kỳ axit amin nào không được liệt kê được coi là không
ở trong một nhóm. Tất cả các thành viên của một nhóm được coi là giống nhau, không giống như
.sim tệp, được mô tả bên dưới. Nếu tìm thấy sự đồng thuận bởi sự giống nhau, tất cả các chất còn lại trong
sự đồng thuận được tô bóng bằng cách sử dụng tô bóng 'tương tự' do người dùng xác định. Nếu người dùng không
chọn 'tô bóng theo sự giống nhau', chỉ có sự đồng thuận kiểu nhận dạng mới được xem xét. Nếu một
sự đồng thuận kiểu nhận dạng được tìm thấy và tính năng tô bóng tương tự đang hoạt động, chương trình
xem xét các chất cặn còn lại có giống với cặn đồng nhất hay không. Đây
tệp box_xxx.sim được sử dụng. Sự khác biệt chính giữa các mối quan hệ trong các tệp này và
đó là trong tệp .grp, ví dụ: trong tệp .grp, dòng STA có nghĩa là cả ba
aas là tương tự lẫn nhau. Trong tệp .sim, S TA có nghĩa là cả T và A đều được xem xét
tương tự như S, trong đó dư lượng S được bảo toàn trong số lượng lớn hơn ngưỡng
trình tự. Tuy nhiên, nó KHÔNG có nghĩa là T và A tương tự nhau. Lưu ý rằng
các trường hợp có hai dư lượng hoặc nhóm dư lượng đáp ứng các yêu cầu về ngưỡng (như
có thể xảy ra với các giá trị của thr. phần nhỏ hơn hoặc bằng 0.5) được coi là
không có sự đồng thuận. Điều này mô tả mô hình tô bóng chính 'tô bóng theo một
đoàn kết'. Mô hình thay thế được gọi là 'đổ bóng theo trình tự chính'. Trong
trường hợp này người dùng được nhắc về một trình tự căn chỉnh và liên tiếp
trình tự được coi là 'sự đồng thuận'. Chỉ những phần còn lại trở nên bóng mờ là
trùng hoặc tương tự với trình tự đã chọn. Đầu ra thu được với tùy chọn này có xu hướng
ít bóng mờ hơn và bỏ qua các điểm tương đồng giữa các trình tự khác (không được chọn). Bắt đầu
trong phiên bản V2.7, 'chuỗi chính' này có thể bị ẩn. Do đó, nó chỉ ảnh hưởng đến việc đổ bóng của
các chuỗi khác mà không được hiển thị chính nó.

Sự đồng thuận trưng bày
Bắt đầu với phiên bản 2.5, BOXSHADE cung cấp khả năng tạo thêm một dòng
giữ một biểu tượng đồng thuận. Dòng này có thể được lấy bằng cách sử dụng dòng lệnh
định tính / CONS hoặc tương tác bằng cách trả lời câu hỏi 'tạo sự đồng thuận? '. Cách
dòng đồng thuận này được hiển thị có thể được sửa đổi bằng tham số dòng lệnh
SYMBCONS = xyz, bằng cách chỉnh sửa mục nhập tương ứng trong tệp .PAR hoặc tương tác. Kể từ khi
Cú pháp SYMBCONS không trực quan, đây là mô tả ngắn gọn: Tham số SYMBCONS bao gồm
của chính xác ba ký hiệu: + ký hiệu đầu tiên là viết tắt của phần dư trình tự 'bình thường' là
không tham gia vào bất kỳ mối quan hệ tương tự / giống hệt nhau nào. + biểu tượng thứ hai đại diện cho
các vị trí giống nhau trong tất cả các trình tự của căn chỉnh. Xem các tệp BOX_PEP.SIM
và BOX_DNA.SIM để xem phần dư nào được coi là tương tự. + biểu tượng thứ ba đại diện cho
các vị trí giống nhau trong tất cả các trình tự của căn chỉnh. Tham số SYMBCONS
chuỗi ". *" (trống / điểm / dấu hoa thị) có nghĩa là: gắn nhãn tất cả các vị trí trong căn chỉnh với
các dư lượng hoàn toàn giống nhau bằng dấu hoa thị, tất cả các vị trí có tất cả các dư lượng tương tự bằng dấu
chỉ và không đánh dấu các vị trí khác. Chữ 'B' có thể được sử dụng thay cho
trống, điều này là cần thiết, ví dụ: khi sử dụng tùy chọn dòng lệnh /SYMBCONS=B.* cung cấp
kết quả tương tự như ví dụ trên. Tùy chọn / SYMBCONS =. * Sẽ dẫn đến một
hành vi không mong muốn vì MSDOS ép các khoảng trống ra khỏi dòng lệnh. ngoài ra
điểm, dấu hoa thị và các biểu tượng khác, có hai ký tự đặc biệt khi chúng xuất hiện trong
chuỗi SYMBCONS: 'L' và 'U'. Chữ 'L' có nghĩa là biểu thị chữ thường của
dư lượng dồi dào nhất tại vị trí đó sẽ được sử dụng thay vì một biểu tượng đồng thuận cố định
trong khi 'U' có nghĩa là đại diện ký tự viết hoa của phần dư đó. Một khả thi
ứng dụng sẽ là chuỗi SYMBCONS "LU" trong đó các phần dư tương tự được đại diện bởi
các ký tự viết thường và giống nhau bởi các ký tự viết hoa.

Phần mềm chia sẻ / PD chương trình hữu ích in kết hợp với BÓNG HỘP
nhiều tệp căn chỉnh được sử dụng bởi BOXSHADE có thể được tạo, trong số những tệp khác, bằng cách
các chương trình PD / phần mềm miễn phí sau: + PHYLIP của Joe Felsenstein, có sẵn bởi ftp từ
anthro.utah.edu + ESEE của Eric Cabot, có sẵn từ các nguồn giống như BOXSHADE (xem
ở trên) + CLUSTAL của Des Higgins, ditto để xem trước / chuyển đổi các tệp POSTSCRIPT,
chương trình GHOSTSCRIPT từ nền tảng phần mềm GNU rất được khuyến khích. Nó có sẵn
từ tất cả các ftp-site MSDOS chính (ví dụ: SIMTEL hoặc ftp.uni-koeln.de) Ngoài ra còn có một phiên bản
được thử nghiệm để sử dụng với boxshade có sẵn tại vax0.biomed.uni-koeln.de mặc dù điều này có thể
không phải là bản phát hành gần đây nhất. cho người dùng Mac, có MacGhostscript, cũng có sẵn từ
các kho lưu trữ chính (info-mac, umich và các bản sao của chúng). Một công cụ * rất * tốt để đặt một
xem trước hình ảnh thành tệp EPSF, thường là điều kiện tiên quyết để kết hợp vào bản vẽ
gói, là PS2EPS, của Peter Lerup. Điều này có thể được tìm thấy trên info-mac. để xem trước / chuyển đổi
của các tệp HPGL, chương trình phần mềm chia sẻ PRINTGL 1.18 của Cary Ravitz rất được khuyến khích. Nó
có sẵn từ nhiều trang MSDOS ftp và từ [email được bảo vệ] - đầu ra trên dấu chấm
máy in - Vì PRINTGL cung cấp nhiều lựa chọn về loại máy in và là một chương trình hay, tôi
khuyến nghị sử dụng nó để in đầu ra BOXSHADE trên máy in không POSTSCRIPT. Sử dụng đầu ra HPGL
với các tùy chọn 0F1N cho các dư lượng thông thường 2F1N cho các dư lượng giống hệt nhau 3F1N cho các dư lượng tương tự
dư lượng 2F4N cho dư lượng bảo tồn 8 cho kích thước ký tự không được xoay (đây là
tham số tiêu chuẩn trong BOX_PEP.PAR) để tạo tệp HPGL. (hãy gọi nó là TEST.PLT) Bây giờ
sử dụng PRINTGL một cách tương tác bằng cách gọi PMI hoặc sử dụng một dòng lệnh như: PRINTGL
/Fx/S0340/Waaac/Ptest.plt trong đó test.plt sẽ được thay thế bằng tên tệp để chuyển đổi và
x trong biểu thức / Fx sẽ được thay thế bằng ký tự của máy in bạn sử dụng. (Nhìn thấy
tài liệu PRINTGL để biết thêm chi tiết)

NHỮNG HẠN CHẾ

Việc triển khai đầu ra RTF và đầu vào PHYLIP vẫn đang thử nghiệm. Làm ơn cho tôi biết về
trải nghiệm của bạn với chương trình. + phiên bản DOS hiện tại chỉ hỗ trợ 13 chuỗi
với 2000 dư mỗi loại. Các thông số này có thể dễ dàng thay đổi trong mã nguồn. nếu bạn
không thể biên dịch các nguồn vì bạn đang thiếu trình biên dịch pascal, hãy liên hệ với tác giả
cho các phiên bản biên dịch trước

trích dẫn BÓNG HỘP

Không có ấn phẩm nào trên BOXSHADE và không có kế hoạch nào. Hầu hết mọi người chỉ sử dụng nó cho
số liệu trong các ấn phẩm và không đề cập đến bất cứ điều gì, điều này là ổn đối với các tác giả của
HỘP ĐỰNG. Nếu bạn thực sự muốn đề cập đến BOXSHADE, bạn có thể thừa nhận nó trong
chú giải nhân vật hoặc trong phần Mat & Meth về phân tích trình tự.

Sử dụng boxshade trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net