Đây là lệnh bp_fetchp có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
bp_fetch.pl - tìm nạp các chuỗi từ cơ sở dữ liệu được lập chỉ mục bioperl
SYNOPSIS
bp_fetch.pl thụy sĩ:ROA1_HUMAN
bp_fetch.pl net::genbank:JX295726
bp_fetch.pl net::genpept:ROA1_HUMAN
bp_fetch.pl ace::myserver.somewhere.edu,21000:X56676
bp_fetch.pl -fmt GCG swiss:ROA1_HUMAN
MÔ TẢ
Tìm nạp các chuỗi bằng cách sử dụng hệ thống truy cập DB trong Bioperl. Việc sử dụng phổ biến nhất của điều này là
tới các chuỗi bp_fetch từ các chỉ mục bioperl được xây dựng bằng bpindex.pl hoặc để tìm nạp các chuỗi
từ trang web NCBI
Định dạng để truy xuất các chuỗi được cố ý giống như định dạng GCG/EMBOSS giống như
Sau đây:
db: tên
với tiềm năng đưa vào loại cơ sở dữ liệu 'meta',
meta::db:tên
Thông tin meta có thể là một trong ba loại
cục bộ - cơ sở dữ liệu tệp phẳng được lập chỉ mục cục bộ
net - cơ sở dữ liệu dựa trên http: được nối mạng
ace - Cơ sở dữ liệu ACeDB
Thông tin này mặc định là 'cục bộ' đối với tên cơ sở dữ liệu không có thông tin meta db
LỰA CHỌN
-fmt - Định dạng đầu ra
Fasta (mặc định), EMBL, Raw, swiss hoặc GCG
-acc - chuỗi là số gia nhập, không phải số
ID.
tùy chọn chỉ dành cho chuyên gia sử dụng
-dir - thư mục để tìm các tập tin chỉ mục
(ghi đè biến môi trường BIOPERL_INDEX)
-kiểu - loại tệp DBM để mở
(ghi đè biến môi trường BIOPERL_INDEX_TYPE)
MÔI TRƯỜNG
bp_index và bp_fetch tọa độ nơi cơ sở dữ liệu nằm bằng biến môi trường
BIOPERL_INDEX. Điều này có thể được ghi đè bằng tùy chọn -dir. Loại chỉ mục (SDBM hoặc
DB_File hoặc tệp chỉ mục khác) được điều khiển bởi biến BIOPERL_INDEX_TYPE. Cái này
mặc định là SDBM_File
SỬ DỤNG IT BẢN THÂN BẠN
bp_fetch là một trình bao bọc xung quanh các mô-đun bioperl hỗ trợ Bio::DB::BioSeqI
giao diện trừu tượng Bao gồm các:
Mã tác giả
James Gilbert - Người lập chỉ mục Fasta, Người lập chỉ mục trừu tượng
Aaron Mackay - Truy cập GenBank và GenPept DB
Ewan Birney - người lập chỉ mục EMBL .dat
Nhiều người - mã SeqIO
Các mô-đun này có thể được sử dụng trực tiếp, tốt hơn nhiều so với việc sử dụng tập lệnh này làm hệ thống
gọi hoặc một đường ống để đọc từ. Đọc mã nguồn của bp_fetch để xem nó được sử dụng như thế nào.
MỞ RỘNG IT
bp_fetch sử dụng một số mô-đun khác nhau để cung cấp quyền truy cập vào cơ sở dữ liệu. Bất kỳ mô-đun nào
đăng ký giao diện Bio::DB::BioSeqI có thể được sử dụng tại đây. Đối với tập tin phẳng
người lập chỉ mục, điều này được thực hiện tốt nhất bằng cách mở rộng Bio::Index::Abstract, như được thực hiện trong
Bio::Index::EMBL và Bio::Index::Fasta. Để truy cập vào cơ sở dữ liệu khác, bạn sẽ cần phải
cuộn giao diện của riêng bạn.
Đối với các định dạng đầu ra mới, bạn cần thêm mô-đun SeqIO mới. Điều dễ dàng nhất là nhìn
tại Bio::SeqIO::Fasta và tìm ra cách hack nó theo định dạng của riêng bạn (gọi nó là gì đó
rõ ràng là khác nhau).
PHẢN HỒI
Mailing Chức năng
Phản hồi của người dùng là một phần không thể thiếu trong quá trình phát triển của mô-đun này và các mô-đun Bioperl khác. Gửi
các nhận xét và đề xuất của bạn tốt hơn vào danh sách gửi thư Bioperl. Sự tham gia của bạn
được nhiều đánh giá cao.
[email được bảo vệ] - Thảo luận chung
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Giới thiệu về danh sách gửi thư
Báo cáo Lỗi
Báo cáo lỗi cho hệ thống theo dõi lỗi Bioperl để giúp chúng tôi theo dõi các lỗi và
nghị quyết. Báo cáo lỗi có thể được gửi qua web:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
Sử dụng bp_fetchp trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net
