bp_hivqp - Trực tuyến trên Đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

bp_hivq.PL - một giao diện dòng lệnh tương tác với Bio :: DB :: HIV và
Bio :: DB :: Query :: HIVQuery

SYNOPSIS

$ perl bp_hivq.PL
hivq> truy vấn C [kiểu con] SI [kiểu hình]
hivq> chạy trước
80 trình tự được trả về
Truy vấn: C [kiểu phụ] SI [kiểu hình]
hivq> outfile csi.fas
hivq> run
Hoan thanh tải.
hivq> outfile dsi.fas
hivq> run D [kiểu phụ] SI [kiểu hình]
Hoan thanh tải.
hivq> đếm
25 trình tự được trả về
Truy vấn: D [kiểu con] SI [kiểu hình]
hivq> thoát
$

MÔ TẢ

Các mô-đun BioPerl Bio :: DB :: HIV và Bio :: DB :: Query :: HIVQuery cùng nhau cho phép các truy vấn hàng loạt
chống lại Cơ sở dữ liệu trình tự HIV của Phòng thí nghiệm Quốc gia Los Alamos bằng cách sử dụng một truy vấn đơn giản
ngôn ngữ. "bp_hivq.PL" cung cấp cả ví dụ về việc sử dụng các mô-đun này và
giao diện dòng lệnh tương tác độc lập với LANL HIV DB. Các lệnh đơn giản cho phép
người dùng để truy xuất các chuỗi và chú thích HIV bằng cách sử dụng ngôn ngữ truy vấn được triển khai trong
Bio :: DB :: Query :: HIVQuery. Truy cập trang người dùng cho các mô-đun đó để biết thêm chi tiết.

SỬ DỤNG

Chạy tập lệnh bằng cách sử dụng "perl bp_hivq.PL" hoặc trong Unix, "./bp_hivq.PL". Bạn sẽ thấy

hivq>

lời nhắc. Nhập lệnh với các truy vấn để truy xuất dữ liệu trình tự và chú thích. Xem
TỔNG HỢP cho một phiên mẫu. Các lệnh có sẵn được mô tả bên dưới.

TIPS
Cơ sở dữ liệu LANL khá phức tạp và rộng lớn. Sử dụng cơ sở "tìm" để khám phá
các bảng và trường cơ sở dữ liệu có sẵn. Để xác định bí danh cho một trường cụ thể, hãy sử dụng
"tìm bí danh [tên trường]". Ví dụ: để tìm một bí danh ngắn cho trường có tên kỳ lạ
"seq_sample.ssam_second_receptor", làm

hivq> tìm bí danh seq_sample.ssam_second_receptor

cái nào trả về

thụ thể thứ hai second_receptor

Bây giờ, thay vì truy vấn sau

hivq> chạy C [subtype] CCR5 [seq_sample.ssam_second_receptor]

bạn biết bạn có thể làm

hivq> chạy C [subtype] CCR5 [coreceptor]

Sử dụng lệnh "outfile" để đặt tệp nhận các chuỗi được truy xuất. Bạn có thể
thay đổi tệp đầu ra hiện tại chỉ bằng cách đưa ra lệnh "outfile" mới trong quá trình
phiên họp. Tệp đầu ra mặc định là đầu ra tiêu chuẩn.

Sử dụng lệnh "truy vấn" để xác thực truy vấn mà không cần nhấn vào cơ sở dữ liệu. Sử dụng "prerun"
hoặc các lệnh "count" để nhận số lần truy cập theo trình tự cho một truy vấn mà không cần truy xuất
dữ liệu. Sử dụng "run" hoặc "do" để thực hiện một truy vấn hoàn chỉnh, truy xuất dữ liệu trình tự vào
hiện đang thiết lập các tệp đầu ra.

Để xử lý hàng loạt lệnh "bp_hivq.PL", hãy tạo một tệp văn bản (ví dụ: "bp_hivq.cmd")
chứa các lệnh mong muốn một trên mỗi dòng. Sau đó thực thi những điều sau từ shell:

$cat bp_hivq.cmd | perl bp_hivq.PL

HÀNG

Đây là danh sách đầy đủ các lệnh. Các tùy chọn trong dấu ngoặc đơn ("[req_option]") là
yêu cầu; các tùy chọn trong ngoặc kép ("[[opt_option]]") là tùy chọn.

xác nhận: Chuyển đổi xác nhận tương tác trước
thực hiện các truy vấn
exit: Thoát tập lệnh
tìm: Khám phá lược đồ cơ sở dữ liệu
tìm bảng Hiển thị tất cả các bảng cơ sở dữ liệu
tìm trường Hiển thị tất cả các trường cơ sở dữ liệu (cột)
tìm trường [bảng] Hiển thị tất cả các trường trong [bảng]
tìm bí danh [trường] Hiển thị bí danh hợp lệ cho [trường]
help [[command]]: Hiển thị lệnh trợ giúp
nếu [[lệnh]] không được chỉ định, hãy liệt kê tất cả
lệnh có sẵn
id: Hiển thị id phiên hiện tại
outfile [tên tệp]: Đặt tệp để thu thập dữ liệu đã truy xuất
ping: Kiểm tra xem LANL DB có khả dụng không
chạy trước [[truy vấn]]: Thực thi truy vấn nhưng chỉ đếm lần truy cập truy xuất
nếu [[query]] không được chỉ định, hãy sử dụng truy vấn hiện tại
query [query]: Xác thực và đặt truy vấn hiện tại
run [[query]]: Thực thi truy vấn và truy xuất dữ liệu
nếu [[query]] không được chỉ định, hãy sử dụng truy vấn hiện tại
trạng thái: Hiển thị trạng thái hiện tại của tập lệnh

tạm biệt: Bí danh cho 'lối ra'
config: Bí danh cho 'state'
count: Bí danh cho 'prerun'
do: Bí danh cho 'run'
out: Bí danh cho 'outfile'
bỏ: Bí danh cho 'thoát'

LỰA CHỌN

-v: dài dòng; bật hàm debug () nội bộ

PHẢN HỒI

Mailing Chức năng
Phản hồi của người dùng là một phần không thể thiếu trong quá trình phát triển của mô-đun này và các mô-đun Bioperl khác. Gửi
các nhận xét và đề xuất của bạn tốt hơn vào danh sách gửi thư Bioperl. Sự tham gia của bạn
được nhiều đánh giá cao.

[email được bảo vệ] - Thảo luận chung
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Giới thiệu về danh sách gửi thư

Báo cáo Lỗi
Báo cáo lỗi cho hệ thống theo dõi lỗi Bioperl để giúp chúng tôi theo dõi các lỗi và
nghị quyết. Báo cáo lỗi có thể được gửi qua web:

https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues

TÁC GIẢ - Đánh dấu A. Jensen

Mark A. Jensen[email được bảo vệ]>

Sử dụng bp_hivqp trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net