Đây là lệnh bp_mask_by_searchp có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
bp_mask_by_search - (các) trình tự mặt nạ dựa trên kết quả căn chỉnh của nó
SYNOPSIS
bp_mask_by_search.pl -f blast genomefile blastfile.bls> maskedgenome.fa
MÔ TẢ
Trình tự mặt nạ dựa trên sự liên kết quan trọng của trình tự khác. Bạn cần cung cấp
tệp báo cáo và toàn bộ dữ liệu trình tự mà bạn muốn che giấu. Theo mặc định, điều này sẽ
giả sử bạn đã thực hiện một TBLASTN (hoặc TFASTY) và thử và che giấu chuỗi lần truy cập giả sử
bạn đã cung cấp tệp trình tự cho cơ sở dữ liệu lượt truy cập. Nếu bạn muốn làm
đảo ngược và che dấu chuỗi truy vấn chỉ định cờ truy vấn -t / - type.
Điều này sẽ được đọc trong toàn bộ tệp trình tự vào bộ nhớ vì vậy đối với các bộ gen lớn, điều này có thể
ngã nhào. Tôi đang sử dụng DB_File để ngăn việc lưu giữ mọi thứ trong bộ nhớ, một giải pháp là
chia bộ gen thành nhiều phần (TRƯỚC KHI bạn chạy tìm kiếm DB, bạn muốn sử dụng
chính xác tệp bạn BLAST đã nhập làm đầu vào cho chương trình này).
Bên dưới các tùy chọn dấu gạch ngang đôi (-) có dạng --format = fasta hoặc --format fasta hoặc you
chỉ có thể nói -f fasta
Theo định dạng -f / - Ý tôi là cả hai đều là các tùy chọn có thể chấp nhận được. = S hoặc = n hoặc = c chỉ định những
các đối số mong đợi một 'chuỗi'
Tùy chọn:
-f / - format = s Định dạng báo cáo tìm kiếm (fasta, blast, axt, hmmer, v.v.)
-sf / - sformat = s Định dạng trình tự (fasta, genbank, embl, swissprot)
--hardmask (booelean) Mặt nạ cứng trình tự
với maskchar [mặc định là mặt nạ chữ thường]
--maskchar = c Ký tự để che dấu với [mặc định là N], thay đổi
thành 'X' cho trình tự protein
-e / - evalue = n Giới hạn đánh giá chỉ dành cho HSP và Lượt truy cập
trình tự mặt nạ nếu sự liên kết có giá trị được chỉ định
hoặc tốt hơn
-o / - hết /
--outfile = tệp Đầu ra tệp để lưu chuỗi bị che vào.
-t / - type = s Loại seq căn chỉnh mà bạn muốn che giấu,
'hit' hoặc chuỗi 'truy vấn'. [mặc định là 'hit']
--minlen = n Độ dài tối thiểu của HSP để nó được sử dụng
trong mặt nạ [mặc định 0]
-h / - help Xem thông tin trợ giúp này
TÁC GIẢ - Jason Stajich
Jason Stajich, jason-at-bioperl-dot-org.
Sử dụng bp_mask_by_searchp trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
