bp_papplmaker.plp - Trực tuyến trên Đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

papplmaker.PLS - Trình tạo mô-đun công cụ phân tích

SYNOPSIS

# Nhận được trợ giúp
papplmaker.PLS -h

# tạo mô-đun cho chương trình 'seqret'
papplmaker.PLS -n chỉnh sửa.seqret

# ditto, nhưng chỉ định nơi tìm 'seqret'
papplmaker.PLS -n chỉnh sửa :: seqret
-l http://localhost: 8080 / trục / dịch vụ

# ditto, nhưng chỉ định một phương thức truy cập không phải mặc định cho 'seqret'
papplmaker.PLS -n chỉnh sửa :: seqret
-l http://corba.ebi.ac.uk/IOR/Analyses.ref
-một corba

# tạo mô-đun cho tất cả các phân tích có sẵn
# (sử dụng vị trí mặc định và phương thức truy cập mặc định)
papplmaker.PLS

# không tạo nhưng xem những gì sẽ được tạo
papplmaker.PLS -s
papplmaker.PLS -S

# tạo mô-đun để phân tích 'edit :: seqret'
# nhưng đặt tên nó là 'MySeqret'
papplmaker.PLS -n chỉnh sửa :: seqret -m MySeqret

# ... và sử dụng nó
sử dụng MySeqret;
in mới MySeqret-> serial_direct_data ('tatatacccgt')
-> osformat ('embl')
-> wait_for
-> outseq;

# ditto nhưng đặt kết quả vào thư mục '/ tmp / my'
# (thư mục không cần tồn tại)
papplmaker.PLS -n chỉnh sửa :: seqret -m MySeqret -d / tmp / my /

# tạo mô-đun cho tất cả các phân tích có tên
# khớp với biểu thức chính quy đã cho (không phân biệt chữ hoa chữ thường)
papplmaker.PLS -r 'chỉnh sửa'

# ditto, nhưng đặt tên mô-đun được tạo bằng chính tên của bạn
# (cho phép papplmaker.PLS thay thế các phần tên của bạn)
papplmaker.PLS -r 'edit' -m 'My_ $ ANALYSIS'

MÔ TẢ

Mô-đun "Bio :: Tools :: Run :: Analysis" cung cấp quyền truy cập vào phân tích cục bộ và từ xa
các công cụ theo một cách thống nhất (được định nghĩa trong "Bio :: AnalysisI"). Mô-đun sử dụng cách tiếp cận chung
cho phép thiết lập dữ liệu đầu vào tùy ý và truy xuất kết quả bằng cách đặt tên cho chúng. Tuy vậy,
đôi khi thuận tiện hơn khi sử dụng một mô-đun cụ thể, đại diện cho một công cụ phân tích,
mà đã biết về tên đầu vào và kết quả có sẵn.

Trình tạo "papplmaker.PLS" tạo các mô-đun chuyên dụng như vậy.

"papplmaker.PLS" sử dụng cùng một phương thức truy cập như mô-đun chung - có nghĩa là
tùy thuộc vào tham số "truy cập" nó có thể sử dụng SOAP, CORBA hoặc bất kỳ thứ gì khác (được hỗ trợ)
giao thức hoặc nó có thể truy cập phân tích cục bộ (khả dụng trên cùng một máy, nơi
"papplmaker.PLS" được gọi).

"papplmaker.PLS" thực hiện công việc của nó đối với một phân tích được đặt tên (được chỉ định bởi tùy chọn "-n",
hoặc nó sử dụng mô-đun "Bio :: Tools :: Run :: AnalysisFactory" để tìm phân tích là gì
có sẵn và có thể giới hạn số lượng của chúng bằng cách so khớp với một biểu thức chính quy được cung cấp bởi
tùy chọn "-r".

Mô-đun được tạo hoặc các mô-đun được đặt tên theo mặc định tương tự như tên của
các phân tích tương ứng, nhưng điều này có thể được thay đổi bằng tùy chọn "-m" thực sự là một
mẫu trong đó các chuỗi sau được nhận dạng và thay thế:

$ ANALYSIS hoặc $ {ANALYSIS}
Sẽ được thay thế bằng tên của phân tích.

$ CATEGORY hoặc $ {CATEGORY}
Sẽ được thay thế bằng tên của danh mục chứa phân tích.

$ SERVICE hoặc $ {SERVICE}
Sẽ được thay thế bằng toàn bộ tên của dịch vụ (thường là một từ nối
của một danh mục và tên phân tích, và nó cũng được sử dụng làm tên mô-đun mặc định, btw).

Sự khác biệt giữa "dịch vụ" và "phân tích", và "danh mục" có nghĩa là gì?
Đôi khi những thuật ngữ này có thể gây nhầm lẫn vì chúng có thể có nghĩa hơi khác
tùy thuộc vào phương pháp truy cập được sử dụng để giao tiếp với họ. Nói chung, một "phân tích" là
một chương trình (một ứng dụng, một công cụ) đang chạy ở đâu đó, nhưng đôi khi trên một máy cục bộ. Một
ví dụ về phân tích là "seqret" (từ gói EMBOSS). Các phân tích có thể được nhóm lại
thành các danh mục theo chức năng của chúng hoặc theo loại dữ liệu mà chúng xử lý (nhưng đôi khi ở đó
không có danh mục nào cả). Mỗi phân tích có thể được truy cập bằng cách sử dụng cấp cao hơn của
trừu tượng, một "dịch vụ". Một dịch vụ thường là một trình bao bọc phụ thuộc vào giao thức, chẳng hạn như Web
Dịch vụ, hoặc một dịch vụ CORBA. Ví dụ: có một dịch vụ "chỉnh sửa :: seqret"
đại diện cho phân tích "seqret" trong danh mục "chỉnh sửa".

PHẢN HỒI

Mailing Chức năng
Phản hồi của người dùng là một phần không thể thiếu trong quá trình phát triển của mô-đun này và các mô-đun Bioperl khác. Gửi
các nhận xét và đề xuất của bạn tốt hơn vào danh sách gửi thư Bioperl. Sự tham gia của bạn
được nhiều đánh giá cao.

[email được bảo vệ] - Thảo luận chung
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Giới thiệu về danh sách gửi thư

Báo cáo Lỗi
Báo cáo lỗi cho hệ thống theo dõi lỗi Bioperl để giúp chúng tôi theo dõi các lỗi và
nghị quyết. Báo cáo lỗi có thể được gửi qua web:

http://redmine.open-bio.org/projects/bioperl/

Sử dụng bp_papplmaker.plp trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net