cdbyank - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

cdbyank - Truy vấn tệp chỉ mục được tạo bằng cdbfasta.

MÔ TẢ

Cách sử dụng:
cdbyank [-NS ] [-Một | -n | -l | -s]

[-o ] [-NS | -Q] [- F] [-R] [-P] [-x] [-w] [-z

là tệp chỉ mục được tạo trước đó bằng cdbfasta

(thường có hậu tố ".cidx")

-a tên trình tự (gia nhập) cho một bản ghi fasta là

lấy lại; nếu không được cung cấp, một danh sách các quyền truy cập được mong đợi tại stdin

-d là tệp fasta để kéo các bản ghi từ;

nếu không được chỉ định, cdbyank sẽ nằm trong cùng một thư mục, nơi
cư trú, cho một tệp có cùng tên nhưng không có hậu tố ".cidx"

-o các bản ghi được tìm thấy được ghi vào hồ sơ thay vì stdout

-x cho phép truy xuất nhiều bản ghi trên mỗi khóa, nếu được lập chỉ mục

cơ sở dữ liệu có các bản ghi với cùng một khóa (các khóa không phải là duy nhất); (không có -x chỉ một
bản ghi cho một khóa nhất định được truy xuất)

-i truy vấn phân biệt chữ hoa chữ thường (mong đợi đã được

được tạo bằng cdbfasta -i không bắt buộc)

-Q xuất ra khóa truy vấn được bao quanh bởi ký tự '%' trước

bản ghi tương ứng

-q giống như -Q nhưng sử dụng ký tự thay vì '%'

-w kích hoạt cảnh báo (được gửi đến stderr) khi không tìm thấy khóa

-F chỉ kéo độ lệch cho mỗi bản ghi (loại bỏ trình tự)

-P chỉ hiển thị (các) vị trí (độ lệch tệp) trong

tệp cơ sở dữ liệu, cho (các) bản ghi được yêu cầu

-R trích xuất phạm vi trình tự: mong đợi đầu vào có

định dạng: ' 'và chỉ kéo dải trình tự được chỉ định

-z giải nén toàn bộ tệp

(giả sử nó được tạo bằng cdbfasta với tùy chọn '-z')

-v hiển thị số phiên bản và thoát

Thống kê tệp chỉ mục (không cần tệp cơ sở dữ liệu): -n hiển thị số lượng bản ghi
lập chỉ mục -l liệt kê tất cả các khóa được lưu trữ trong -s hiển thị thông tin tóm tắt lập chỉ mục

Sử dụng cdbyank trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net