ChimeraSlayer - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

chimeraslayer - phát hiện các chimeras có khả năng có trong DNA được khuếch đại PCR

MÔ TẢ

ChimeraSlayer là một tiện ích phát hiện dãy số, tương thích với độ dài gần như đầy đủ
Trình tự sáng hơn và trình tự 454-FLX ngắn hơn (~ 500bp).

Chimera Slayer liên quan đến một loạt các bước sau đây hoạt động để gắn cờ 16S
trình tự rRNA:

1. các phần cuối của chuỗi truy vấn được tìm kiếm dựa trên cơ sở dữ liệu tham chiếu được bao gồm
Trình tự 16S không có chimera để xác định cha mẹ tiềm năng của chimera

2. bố mẹ ứng cử viên của chimera được chọn là những người tạo thành nhánh tốt nhất
sự liên kết cho điểm đối với chuỗi truy vấn được định dạng NAST

3. Việc căn chỉnh NAST của chuỗi truy vấn được cải thiện trong cấu hình 'chimera -nition'-
dựa trên sự sắp xếp lại NAST cho các chuỗi tham chiếu gốc đã chọn

4. một khuôn khổ tiến hóa được sử dụng để gắn cờ các chuỗi truy vấn được tìm thấy để thể hiện
trình tự tương đồng với một trong silico chimera được hình thành giữa hai bất kỳ trong số các
tham chiếu trình tự cha.

Để chạy Chimera Slayer, bạn cần các chuỗi có định dạng NAST được tạo bởi nast-ier
tiện ích.

ChimeraSlayer là một phần của bộ microbiomeutil.

LỰA CHỌN

Yêu cầu
--query_NAST
tệp multi-fasta chứa chuỗi truy vấn ở định dạng căn chỉnh

Chung lựa chọn
--db_NAST
db ở định dạng NAST (mặc định:
/usr/share/microbiomeutil-data/RESOURCES/rRNA16S.gold.NAST_ALIGNED.fasta)

--db_FASTA
db ở định dạng fasta (định dạng megablast) (mặc định:
/usr/share/microbiomeutil-data/RESOURCES/rRNA16S.gold.fasta)

-n số chuỗi cơ sở dữ liệu phù hợp nhất để so sánh với (mặc định là 15)

-R tỷ lệ phân kỳ tối thiểu mặc định: 1.007

-P nhận dạng phần trăm tối thiểu giữa các chuỗi phù hợp (mặc định: 90)

Thông số đến điều chỉnh ChimeraParentSelector:
Thông số chấm điểm:

-M điểm trận đấu (mặc định: +5)

-N hình phạt không phù hợp (mặc định: -4)

-Q phạm vi truy vấn tối thiểu bằng cách khớp chuỗi cơ sở dữ liệu (mặc định: 70)

-T đường đi ngang tối đa của nhiều căn chỉnh (mặc định: 1)

Thông số đến điều chỉnh ChimeraPhyloChecker
--kích thước cửa sổ
50 mặc định

--windowBước
5 mặc định

--minBS
hỗ trợ bootstrap tối thiểu để gọi chimera (mặc định: 90)

--num_BS_replicates
mặc định: 100

--thấp_range_finer_BS
(mặc định: 10) Nếu BS được tính nằm giữa minBS và (minBS - low_range_finer_BS),
sau đó tính num_finer_BS_replicates.

--num_finer_BS_replicates
(mặc định: 1000)

-S phần trăm SNP để lấy mẫu ở mỗi bên của breakpoint để khởi động máy tính
hỗ trợ (mặc định: 10)

--num_arent_test
số lượng cha mẹ tiềm năng để kiểm tra chimeras (mặc định: 3)

--MAX_CHIMERA_PARENT_PER_ID
Căn chỉnh chimera / Parent với perID ở trên được coi là không phải chimera
(mặc định 100; bị tắt)

Khác lựa chọn
--printFinalAlignments
hiển thị sự liên kết giữa chuỗi truy vấn và cặp cha mẹ chimera ứng cử viên

--printCSalignments
in các căn chỉnh ChimeraSlayer trong đầu ra ChimeraSlayer

--exec_dir
chdir đến đây trước khi chạy

Sử dụng ChimeraSlayer trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net