clearcut - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

Clearcut - Hàng xóm thoải mái tham gia

SYNOPSIS

xóa sổ --in = --out = [lựa chọn] ...

MÔ TẢ

CÁC VẤN ĐỀ CHUNG TÙY CHỌN:
-h, --Cứu giúp
Hiển thị thông tin này.

-V, --phiên bản
In phiên bản của chương trình này.

-v, --dài dòng
Nhiều đầu ra hơn. (Mặc định: TẮT)

-q, --Yên lặng
Hoạt động im lặng. (Mặc định: BẬT)

-s, --seed =
Đặt hạt giống PRNG một cách rõ ràng thành một giá trị cụ thể.

-r, --norandom
Cố gắng tham gia một cách xác định. (Mặc định: TẮT)

-S, --luffle
Trộn ngẫu nhiên ma trận khoảng cách. (Mặc định: TẮT)

-N, --láng giềng
Sử dụng thuật toán Neighbor-Joining truyền thống. (Mặc định: TẮT)

ĐẦU VÀO TÙY CHỌN:
-I, --stdin
Đọc đầu vào từ STDIN.

-d, --khoảng cách
Tệp đầu vào là một ma trận khoảng cách. (Mặc định: BẬT)

-a, --căn chỉnh
Tệp đầu vào là một tập hợp các trình tự được căn chỉnh. (Mặc định: TẮT)

-D, --DNA
Sự liên kết đầu vào là trình tự DNA.

-P, --chất đạm
Sự liên kết đầu vào là các trình tự protein.

ĐIỀU CHỈNH MÔ HÌNH CHO TIN HỌC KHOẢNG CÁCH MATRIX (Vỡ nợ: KHÔNG Điều chỉnh):
-j, - bánh ngọt
Sử dụng hiệu chỉnh Jukes-Cantor cho ma trận khoảng cách tính toán.

-k, --kimura
Sử dụng hiệu chỉnh Kimura cho ma trận khoảng cách.

OUTPUT TÙY CHỌN:
-O, --thiết bị xuất chuẩn
Xuất cây ra STDOUT.

-m, --matrixout =Xuất ma trận khoảng cách đến tệp được chỉ định.

-n, --ntrees =
Xuất ra n cây. (Mặc định: 1)

-e, --expblen
Kí hiệu hàm mũ cho độ dài nhánh. (Mặc định: TẮT)

-E, --expdist
Ký hiệu hàm mũ trong đầu ra khoảng cách. (Mặc định: TẮT)

VÍ DỤ:
Cây tính toán bằng cách cung cấp ma trận khoảng cách qua stdin:

xóa sổ --khoảng cách <distance.txt> treefile.tre

Tính toán cây bằng cách cung cấp sự liên kết của trình tự DNA từ một tệp:

xóa sổ --căn chỉnh --DNA --trong=liên kết. Txt --ngoài=tệp cây.tre

Sử dụng clearcut trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net