cmfetch - Trực tuyến trên Đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

cmfetch - truy xuất (các) mô hình hiệp phương sai từ một tệp

SYNOPSIS

tìm nạp cm [tùy chọn]
(truy xuất CM có tên )

tìm nạp cm -f [tùy chọn]
(truy xuất tất cả các CM được liệt kê trong )

tìm nạp cm --mục lục [tùy chọn]
(chỉ mục để tìm nạp)

MÔ TẢ

Lấy một hoặc nhiều CM từ một (một cơ sở dữ liệu Rfam lớn chẳng hạn).

Để cho phép truy xuất rất nhanh, hãy lập chỉ mục đầu tiên, sử dụng tìm nạp cm --mục lục. Chỉ số
là một tệp nhị phân có tên .ssi.

Chế độ mặc định là truy xuất một CM đơn lẻ theo tên hoặc quyền truy cập, được gọi là . Trong
thí dụ:

% cmfetch Rfam.cm tRNA
% cmfetch Rfam.cm RF00005

Với -f tùy chọn, một có chứa danh sách một hoặc nhiều khóa sẽ được đọc thay thế.
Trường được phân cách bằng khoảng trắng đầu tiên trên mỗi dòng không nhận xét không để trống của
được sử dụng như một , và mọi dữ liệu còn lại trên dòng đều bị bỏ qua. Điều này cho phép nhiều loại
trong số các tệp dữ liệu được phân tách bằng khoảng trắng sẽ được sử dụng làm NS.

Khi đang sử dụng -f và , if đã được lập chỉ mục, các khóa được truy xuất trong
thứ tự chúng xảy ra trong , nhưng nếu không được lập chỉ mục, các khóa được truy xuất trong
thứ tự chúng xảy ra trong . Đây là một tác dụng phụ của việc triển khai
cho phép nhiều khóa được truy xuất ngay cả khi là một luồng không thể lập trình, giống như
một đường ống đầu vào tiêu chuẩn.

Trong sử dụng bình thường (không có --mục lục or -f tùy chọn), có thể là '-' (gạch ngang), có nghĩa là
đọc đầu vào từ tiêu chuẩn chứ không phải là một tệp. Với --mục lục Tùy chọn, có thể không
'-'; không có ý nghĩa gì khi lập chỉ mục một luồng đầu vào chuẩn. Với -f tùy chọn, một trong hai
or (nhưng không phải cả hai) có thể là '-'. Nó thường đặc biệt hữu ích khi đọc
từ đầu vào tiêu chuẩn, vì điều này cho phép sử dụng để sử dụng dòng lệnh tùy ý
lời gọi để tạo danh sách tên CM hoặc quyền truy cập, sau đó tìm nạp tất cả chúng vào một tệp mới,
chỉ với một lệnh.

Theo mặc định, CM được in ra đầu ra tiêu chuẩn ở định dạng Infernal-1.1.

LỰA CHỌN

-h Cứu giúp; in lời nhắc ngắn gọn về việc sử dụng dòng lệnh và tất cả các tùy chọn có sẵn.

-f Đối số dòng lệnh thứ hai là thay vì một . Sản phẩm
trường đầu tiên trên mỗi dòng của được sử dụng như một sự truy xuất (tên CM
hoặc gia nhập). Dòng trống và dòng nhận xét (bắt đầu bằng ký tự #) là
mặc kệ.

-o Xuất (các) CM ra tệp thay vì đến đầu ra tiêu chuẩn.

-O Xuất (các) CM thành (các) tệp riêng lẻ có tên thay vì đầu ra tiêu chuẩn. Với
-f , điều này có thể dẫn đến nhiều tệp được tạo.

--mục lục
Thay vì truy xuất một hoặc nhiều cấu hình từ , lập chỉ mục cho
truy xuất trong tương lai. Điều này tạo ra một .ssi tệp chỉ mục nhị phân.

Sử dụng cmfetch trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net