concavity - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

concavity - yếu tố dự báo các vị trí liên kết phối tử protein từ cấu trúc và sự bảo tồn

SYNOPSIS

ngắn gọn [tùy chọn] PDBFILE OUTPUT_NAME

MÔ TẢ

ConCavity dự đoán các vị trí liên kết phối tử protein bằng cách kết hợp trình tự tiến hóa
bảo tồn và cấu trúc 3D.

ConCavity nhận làm đầu vào là cấu trúc protein định dạng PDB tệp PDFFILE và tùy chọn các tệp
nêu đặc điểm của sự bảo toàn trình tự tiến hóa của các chuỗi trong tệp cấu trúc.

Các tệp kết quả sau được tạo theo mặc định:

· Dự đoán liên kết phối tử dư cho mỗi chuỗi (* .scores).

· Dự đoán liên kết phối tử cặn trong tệp định dạng PDB (điểm cặn được đặt trong
nhân viên bán thời gian. trường yếu tố, * _residue.pdb).

· Bỏ túi các vị trí dự đoán trong tệp định dạng DX (* .dx).

· Tập lệnh PyMOL để trực quan hóa các dự đoán (* .pml).

Để trực quan hóa các dự đoán trong PyMol (nó nếu được cài đặt trên hệ thống của bạn), hãy tải tập lệnh
bằng cách nhập "pymol 1G6C_test1.pml" tại dấu nhắc hoặc bằng cách tải nó qua pymol
diệnngười dùng.

Các tệp PDB và DX có thể được nhập vào các trình xem phân tử khác nếu được ưu tiên. Vài
các định dạng đầu ra bổ sung có sẵn; xem bên dưới. Lưu ý rằng việc đánh số cặn trong
Các tệp .scores có thể không khớp với tệp PDB.

Cách tiếp cận ConCavity tiến hành theo ba bước khái niệm: tạo lưới, bỏ túi
chiết xuất và lập bản đồ cặn (xem Phương pháp trên giấy). Đầu tiên, cấu trúc và
các đặc tính tiến hóa của protein được sử dụng để tạo ra một lưới 3D thông thường bao quanh
protein trong đó điểm số được liên kết với mỗi điểm lưới đại diện cho một
khả năng nó chồng lên một nguyên tử phối tử liên kết. Thứ hai, các nhóm tiếp giáp, cao
các điểm lưới ghi điểm được nhóm lại để trích xuất các túi tuân theo hình dạng và kích thước nhất định
hạn chế. Cuối cùng, mỗi dư lượng protein được tính điểm với ước tính về khả năng
để liên kết với một phối tử dựa trên sự gần gũi của nó với các túi chiết xuất.

Mỗi thuật toán được mô tả cho các bước này được thực hiện ngắn gọn. Xem
ví dụ.

THAM KHẢO

Capra JA, Laskowski RA, Thornton JM, Singh M và Funkhouser TA(2009) Dự đoán Protein
Các trang web liên kết phối tử bằng cách kết hợp bảo tồn trình tự tiến hóa và cấu trúc 3D.
Máy tính PLoS Biol, 5(12).

LỰA CHỌN

tệp PDFFILE là một tệp cấu trúc protein ở định dạng PDB. OUTPUT_NAME trở thành một phần của đầu ra
tên tệp và không được chứa "/". Đầu ra được ghi vào thư mục hiện tại.

Đầu vào
-bảo tồn PATH
Nếu tùy chọn "-conservation" không được đưa ra, thì thông tin bảo tồn sẽ không
được xem xét. Lưu ý rằng có các tệp bảo toàn riêng biệt cho từng chuỗi protein trong
cấu trúc và đầu vào cho tùy chọn -conservation là tiền tố của các tệp này.
Các tệp bảo tồn được tính toán trước có sẵn cho gần như toàn bộ PQS trên ConCavity
trang mạng. Nếu bạn muốn tính toán các giá trị bảo toàn trình tự cho riêng mình
căn chỉnh, chúng tôi khuyên bạn nên sử dụng thuật toán JSD:
<http://compbio.cs.princeton.edu/conservation/>, có sẵn dưới dạng Score_conservation(1)
từ gói mã bảo tồn.

lưới Sáng tạo
-grid_method ligsite | mạng lướt web | máy tìm kiếm bỏ túi | tùy chỉnh
-cách giải quyết int int int
Đặt độ phân giải lưới.

-khoảng cách phao
Đặt khoảng cách lưới.

túi Khai thác
-extract_method tìm kiếm | topn | tùy chỉnh
-extract_threshold_range_cutoff PHAO NỔI
Ngừng lặp lại Tìm kiếm phương pháp khi đường kính của cửa sổ tìm kiếm nhị phân nhỏ hơn
hơn -extract_threshold_range_cutoff * ngưỡng_trên. Giá trị đề xuất: 1e-6.
Mặc định: 0.

Dư lượng Lập bản đồ
-res_map_method làm mờ | dist | dist-thresh | custom

Mỗi thuật toán này được mô tả trong văn bản và mỗi thuật toán có một số bổ sung
các tham số thay đổi hành vi của chúng. Tùy chọn "tùy chỉnh" cho phép bạn đặt các giá trị
của tất cả các tham số cho từng bước. Các cài đặt trước (ví dụ: ligsite, tìm kiếm, làm mờ) có thể
ghi đè các giá trị bạn đặt trên dòng lệnh, vì vậy hãy sử dụng "tùy chỉnh" để có toàn quyền kiểm soát.

Đầu ra
Ngoài ra còn có một số tùy chọn định dạng đầu ra. Giá trị lưới dự đoán bỏ túi có thể được xuất ra
ở các định dạng sau:

-print_grid_dx 0 | 1
Định dạng DX. Đây là 1 theo mặc định.

-print_grid_pdb 0 | 1
Định dạng PDB. Các dự đoán về dư lượng được xuất ra dưới dạng tệp PDB với điểm dư lượng
ánh xạ đến nhiệt độ. trường nhân tố và các số bỏ túi cho trường trình tự dư.

-print_grid_txt 0 | 1
Văn bản thô.

-v Chế độ chi tiết.

VÍ DỤ

Lưu ý: bạn có thể phải sao chép và giải nén các tệp dữ liệu mẫu trước khi chạy
các ví dụ sau đây.

1. Điều này sẽ chạy ngắn gọn với các giá trị mặc định (tương đương với ConCavity ^ L trong báo cáo)
trên cấu trúc 1G6C.pdb và xem xét các giá trị bảo tồn được tìm thấy trong
dữ liệu_bảo tồn /. Tập hợp các dự đoán này sẽ được gọi là "test1". Điều này tạo ra
các tệp kết quả mặc định sau trong thư mục hiện tại:

concavity -conservation / usr / share / doc / concavity /amples /ervation_data / 1G6C /usr/share/doc/concavity/examples/1G6C.pdb test1

2. Ví dụ để cho điểm cấu trúc 1G6C.pdb với ConCavity_Pocketfinder, Tìm kiếm và
Làm mờ, bạn gõ:

concavity -conservation / usr / share / doc / concavity /amples /ervation_data / 1G6C -grid_method pocketfinder -extraction_method search -res_map_method mờ /usr/share/doc/concavity/examples/1G6C.pdb cc-pocketfinder_search_blur

GHI CHÚ

Các tác giả chủ yếu sử dụng PyMol và Chimera để trực quan hóa, nhưng phạm vi đầu ra
có nghĩa là bạn có thể nhập dữ liệu vào hầu hết các chương trình phân tích cấu trúc.
Hãy cho chúng tôi biết nếu bạn muốn xem các định dạng đầu ra khác.

Sử dụng trực tuyến ngắn gọn bằng các dịch vụ onworks.net