convert_project - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

convert_project - chuyển đổi các loại tệp lắp ráp và giải trình tự

MÔ TẢ

Chương trình này là một phần của gói trình hợp dịch MIRA. Nó được sử dụng để chuyển đổi tệp dự án
loại thành các loại khác. Vui lòng xem tài liệu bên dưới để biết thêm chi tiết
thông tin về convert_project.

SYNOPSIS

chuyển đổi_dự án
[-NS ] [-NS [-NS ...]] [-aChimMsuZ] [-AcflnNoqrtvxXyz
{...}] {infile} {outfile} [ ...]

LỰA CHỌN

-f
tải loại tệp dự án này, trong đó fromtype là:

caf một tập hợp hoàn chỉnh hoặc các chuỗi đơn lẻ từ CAF

maf một tập hợp hoàn chỉnh hoặc các chuỗi đơn lẻ từ CAF

chuỗi fasta từ tệp FASTA

chuỗi fastq từ tệp FASTQ

trình tự gbf từ tệp GBF

chuỗi phd từ tệp PHD

fofnexp
chuỗi trong tệp EXP từ tệp tên tệp

-t
viết các trình tự / lắp ráp vào loại này (nhiều đề cập đến -t được cho phép):

trình tự ace hoặc lắp ráp hoàn chỉnh cho ACE

trình tự caf hoặc lắp ráp hoàn chỉnh đến CAF

trình tự maf hoặc lắp ráp hoàn chỉnh đến MAF

sam hoàn chỉnh lắp ráp thành SAM

samnbb như trên, nhưng bỏ qua tham chiếu (xương sống) trong các tổ hợp ánh xạ

trình tự gbf hoặc sự đồng thuận với GBF

gff3 đồng thuận với GFF3

thông tin về phạm vi bảo hiểm lắp ráp tóc giả để tập tin lung lay

gcwig lắp ráp gc thông tin nội dung để lung lay tệp

trình tự fasta hoặc sự đồng thuận với tệp FASTA (chất lượng để

.qual)

chuỗi fastq hoặc sự đồng thuận với tệp FASTQ

chuỗi exp hoặc lắp ráp hoàn chỉnh thành tệp EXP trong

các thư mục. Các cụm lắp ráp hoàn chỉnh phù hợp để nhập khẩu gap4 theo chỉ dẫn lắp ráp.
Lưu ý: mặc dù vậy, sử dụng caf2gap để nhập vào gap4

văn bản hoàn chỉnh lắp ráp để căn chỉnh văn bản (chỉ khi -f is

caf, maf hoặc gbf)

html hoàn thành lắp ráp thành HTML (chỉ khi -f là caf, maf hoặc

gbf)

tcs lắp ráp hoàn chỉnh thành tcs

hsnp xung quanh thẻ SNP (SROc, SAOc, SIOc) sang HTML (chỉ khi -f là caf, maf hoặc
gbf)

phân tích asnp của thẻ SNP (chỉ khi -f là caf, maf hay gbf)

cstats tệp thống kê contig như từ MIRA (chỉ khi nguồn chứa contig)

crlist contig đọc tệp danh sách như từ MIRA (chỉ khi nguồn chứa contig)

đeo mặt nạ
đọc nơi vectơ trình tự được che dấu (với X) thành tệp FASTA (chất lượng để
.qual)

trình tự scaf hoặc lắp ráp hoàn chỉnh thành trình tự đơn CAF

-a Nối vào tệp đích thay vì viết lại

-A
Chuỗi với các tham số MIRA được phân tích cú pháp Hữu ích khi thiết lập các tham số ảnh hưởng đến
sự đồng thuận kêu gọi như -CO: mrpg, v.v. Vd: -a "454_SETTINGS -CO: mrpg = 3 "

-b Dữ liệu mù thay thế tất cả các base trong các lần đọc / contigs bằng 'c'

-C Thực hiện clip khó đọc Khi đọc các định dạng xác định các điểm cắt, sẽ

chỉ lưu phần không được lật vào tệp kết quả.

Chỉ áp dụng cho các tệp / định dạng không chứa

đường viền.

-d Xóa cột chỉ khoảng cách Khi đầu ra là contigs: xóa các cột

hoàn toàn khoảng trống (như sau khi đã xóa các lần đọc trong quá trình chỉnh sửa trong gap4 hoặc tương tự)

Khi đầu ra được đọc: xóa khoảng trống trong số lần đọc

-F Lọc để đọc các nhóm Trường hợp sử dụng đặc biệt, chưa sử dụng.

-m Tạo đường viền (chỉ dành cho -t = caf hoặc maf) Mã hóa các lần đọc đơn lẻ thành
tệp CAF / MAF.

-n
khi được cung cấp, chỉ chọn các lần đọc hoặc liên kết được cung cấp bởi tên trong tệp đó.

-i khi nào -n được sử dụng, đảo ngược lựa chọn

-o Chênh lệch chất lượng fastq (chỉ dành cho -f = 'fastq') Chênh lệch giá trị chất lượng trong FASTQ
tập tin. Mặc định là 0 sẽ cố gắng tự động nhận dạng.

-Q
Đặt chất lượng mặc định cho các cơ sở trong các loại tệp không có giá trị chất lượng Hơn nữa, làm
không dừng lại nếu thiếu các tệp chất lượng mong đợi (ví dụ: '.fasta')

-R
Đổi tên contigs / singlets / read với chuỗi tên đã cho mà bộ đếm là
thêm vào. Lỗi đã biết: sẽ tạo tên trùng lặp nếu đầu vào

chứa contigs / singlet cũng như đọc miễn phí, tức là đọc không trong contigs cũng như
độc thân.

-S
(tên) Lược đồ để đổi tên các lần đọc, quan trọng đối với các đầu được ghép nối Chỉ 'solexa' mới là
hiện được hỗ trợ.

Sản phẩm tiếp theo các thiết bị chuyển mạch công việc có thể khi nào đầu vào (CAF or MAF) chứa đường viền.
Lưu ý: CAF và MAf cũng có thể chỉ chứa các lần đọc.

-M Không trích xuất các liên kết (hoặc sự đồng thuận của chúng), nhưng trình tự của các lần đọc chúng
gồm.

-N
Lượt thích -n, nhưng sắp xếp đầu ra theo thứ tự được đưa ra trong tệp.

-r [cCqf]
Tính toán lại các giá trị chất lượng đồng thuận và / hoặc đồng thuận và / hoặc các thẻ tính năng SNP.
Khuyết điểm & khuyết điểm 'c' recalc (với IUPAC) Khuyết điểm & khuyết điểm 'C'
(buộc không phải IUPAC) chỉ các tính năng đồng thuận 'q' recalc 'f' recalc SNP
Lưu ý: chỉ cái cuối cùng của cCq là có liên quan, f hoạt động như một

chuyển đổi và có thể được kết hợp với cQq (ví dụ: "-r C -r NS")

Lưu ý: nếu CAF / MAF chứa nhiều chủng, hãy tính toán lại khuyết điểm
phẩm chất là bắt buộc, bạn

chỉ có thể ảnh hưởng đến việc các IUPAC có được sử dụng hay không.

-s chia đầu ra thành nhiều tệp thay vì tạo một tệp duy nhất

-u 'điền vào bộ gen của dòng' Điền vào các lỗ hổng trong bộ gen của một dòng (N hoặc @) bằng
trình tự từ sự đồng thuận của các chủng khác Chỉ có tác dụng với -r và -t gbf hoặc
fasta / q trong FASTA / Q: các cơ sở được lấp đầy là chữ thường trong GBF: các cơ sở được lấp đầy là
trong trường hợp viết hoa

-q
Xác định chất lượng tối thiểu, cơ sở đồng thuận của một chủng phải có, cơ sở đồng thuận
bên dưới cái này sẽ là 'N' Mặc định: 0 Chỉ được sử dụng với -rvà -f là caf / maf và -t is
(nhanh

hoặc gbf)

-v In số phiên bản và thoát

-x
Độ dài tối thiểu hoặc chiều dài đọc Khi tải, loại bỏ tất cả các đường / lần đọc với
chiều dài nhỏ hơn giá trị này. Mặc định: 0 (= đã tắt) Lưu ý: không áp dụng cho các lần đọc
trong contigs!

-X
Tương tự như -x nhưng chỉ áp dụng cho các lần đọc và sau đó cho độ dài được cắt bớt.

-y
Mức độ bao phủ đường viền trung bình tối thiểu Khi tải, loại bỏ tất cả các đường viền có mức trung bình
phạm vi bảo hiểm nhỏ hơn giá trị này. Mặc định: 1

-z
Số lần đọc tối thiểu trong ô Khi tải, loại bỏ tất cả các ô có số
trong tổng số lần đọc ít hơn giá trị này. Mặc định: 0 (= đã tắt)

-l
khi đầu ra dưới dạng văn bản hoặc HTML: số lượng cơ sở được hiển thị trong một dòng căn chỉnh. Vỡ nợ:
60.

-c
khi xuất ra dưới dạng văn bản hoặc HTML: ký tự được sử dụng để đệm endgaps. Mặc định: '' (trống)

Bí danh: caf2html, exp2fasta, ... vv Bất kỳ kết hợp nào của " 2 "
có thể được sử dụng làm tên chương trình (cũng sử dụng liên kết) để convert_project tự động
bộ -f và -t cho phù hợp.

VÍ DỤ

Convert_project source.maf Dest.sam

convert_project source.caf dest.fasta bộ tóc giả ace

Convert_project -x 2000 -y 10 source.caf dest.caf

caf2html -l 100 -c. source.caf dest

Sử dụng convert_project trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net