Đây là lệnh create_matrix có thể được chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
create_matrix - tính toán ma trận độ tương đồng về độ phong phú của bộ gen
SYNOPSIS
tạo_ma trận [lựa chọn] TÊN
MÔ TẢ
Tính ma trận tương tự.
Đầu tiên, một tập hợp các lần đọc được mô phỏng cho mọi bộ gen tham chiếu bằng cách sử dụng trình mô phỏng đọc từ
core / tools.py được chỉ định qua -s. Thứ hai, các lần đọc mô phỏng của từng loài được lập bản đồ
chống lại tất cả các bộ gen tham chiếu bằng cách sử dụng trình ánh xạ được chỉ định với -m. Thứ ba, kết quả
Các tệp SAM được phân tích để tính toán ma trận tương tự. Ma trận tương tự được lưu trữ
dưới dạng một tệp numpy (-o).
LỰA CHỌN
TÊN Tên tệp của tệp tên; tệp tên văn bản thuần túy phải chứa một tên cho mỗi
hàng. Tên được sử dụng làm định danh trong toàn bộ thuật toán.
-h, --Cứu giúp
hiển thị thông báo trợ giúp này và thoát
-s GIẢ LẬP, --giả lập=GIẢ LẬP
Định danh của trình mô phỏng đọc được xác định trong core / tools.py [default: none]
-r giới thiệu, --thẩm quyền giải quyết=REF
Mẫu tệp trình tự tham chiếu cho trình mô phỏng đọc. Trình giữ chỗ cho tên là
"%NS". [mặc định: ./ref/%s.fasta]
-m người lập bản đồ, - người quản lý=người lập bản đồ
Định danh của người lập bản đồ được xác định trong core / tools.py [default: none]
-i MỤC LỤC, --mục lục=INDEX
Các tệp chỉ mục tham chiếu cho trình ánh xạ đã đọc. Phần giữ chỗ cho tên là "% s".
[mặc định: ./ref/%s.fasta]
-t NHÂN VIÊN BÁN THỜI GIAN, --nhân viên bán thời gian=TEMP
Thư mục lưu trữ các tập dữ liệu và tệp SAM được mô phỏng tạm thời. [mặc định: ./temp]
-o NGOÀI, - đầu ra=OUT
Xuất ra tệp ma trận độ tương tự. [mặc định: ./similarity_matrix.npy]
Sử dụng create_matrix trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
