dane - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

dan - Tính nhiệt độ nóng chảy của axit nucleic

SYNOPSIS

dan -sự nối tiếp tiếp theo -tùy chỉnh số nguyên -shiftincrement số nguyên -dnaconc phao
-saltconc phao [-sản phẩm bật lên] -formamid phao -không khớp phao -prodlen số nguyên
[-nhiệt bật lên] -nhiệt độ phao -rna boolean -âm mưu bật lên -mintemp phao
-đoạn đồ thị xy -outfile báo cáo

dan -Cứu giúp

MÔ TẢ

dan là một chương trình dòng lệnh từ EMBOSS (“Phần mềm Mở Sinh học Phân tử Châu Âu
Thượng hạng"). Nó là một phần của (các) nhóm lệnh "Nucleic: Properties, Nucleic: Composition".

LỰA CHỌN

Đầu vào phần
-sự nối tiếp tiếp theo

Yêu cầu phần
-tùy chỉnh số nguyên
Các giá trị của nhiệt độ nóng chảy và các đặc tính nhiệt động học khác của dãy là
được xác định bằng cách lấy một độ dài ngắn của trình tự được gọi là cửa sổ và xác định
thuộc tính của dãy trong cửa sổ đó. Cửa sổ được di chuyển dần dần dọc theo
trình tự với các thuộc tính được tính toán ở mỗi vị trí mới. Giá trị mặc định: 20

-shiftincrement số nguyên
Đây là số tiền mà cửa sổ được di chuyển ở mỗi gia số để tìm
điểm nóng chảy và các tính chất khác cùng dãy. Giá trị mặc định: 1

-dnaconc phao
Giá trị mặc định: 50.

-saltconc phao
Giá trị mặc định: 50.

thêm vào phần
Sản phẩm lựa chọn
-sản phẩm bật lên
Điều này sẽ nhắc về phần trăm formamide, phần trăm số lượng không phù hợp được phép và chiều dài sản phẩm.

-formamid phao
Điều này chỉ định phần trăm formamide được sử dụng trong tính toán (nó được bỏ qua trừ khi
-sản phẩm được sử dụng). Giá trị mặc định: 0.

-không khớp phao
Điều này chỉ định phần trăm không khớp sẽ được sử dụng trong các phép tính (nó bị bỏ qua trừ khi
-sản phẩm được sử dụng). Giá trị mặc định: 0.

-prodlen số nguyên
Điều này chỉ định chiều dài sản phẩm được sử dụng trong tính toán (nó được bỏ qua trừ khi
-sản phẩm được sử dụng). Giá trị mặc định: $ (windowsize)

Nhiệt động lực học lựa chọn
-nhiệt bật lên
Xuất các giá trị DeltaG, DeltaH và DeltaS của cửa sổ trình tự cho dữ liệu đầu ra
tập tin.

-nhiệt độ phao
Nếu -thermo đã được chỉ định thì điều này chỉ định nhiệt độ tại đó
tính toán các giá trị DeltaG, DeltaH và DeltaS. Giá trị mặc định: 25.

Nâng cao phần
-rna boolean
Điều này chỉ rõ rằng trình tự này là trình tự RNA chứ không phải trình tự DNA.

Đầu ra phần
-âm mưu bật lên
Nếu điều này không được chỉ định thì tệp dữ liệu đầu ra được tạo ra, nếu không, một biểu đồ của
điểm nóng chảy dọc theo dãy được tạo ra.

-mintemp phao
Nhập giá trị nhỏ nhất cho thang nhiệt độ (trục y) của biểu đồ. Giá trị mặc định:
55.

-đoạn đồ thị xy

-outfile báo cáo
Nếu một biểu đồ không được tạo ra thì dữ liệu về điểm nóng chảy, v.v. trong mỗi cửa sổ
dọc theo trình tự được xuất ra tệp.

Sử dụng dane trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net