efetch - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

efetch - truy xuất các mục nhập từ cơ sở dữ liệu trình tự.

SYNOPSIS

lấy ra -sự lựa chọn [cơ sở dữ liệu:]

MÔ TẢ

Vào cuối những năm 90, efetch là một công cụ rất phổ biến để truy xuất cực kỳ nhanh chóng các mục nhập từ
cơ sở dữ liệu mô típ và trình tự tin sinh học công cộng phổ biến nhất.

Cơ sở dữ liệu

SWissprot / SP, PIR, WOrmpep / WP, EMbl, GEnbank / GB, ProDom, ProSite

TÙY CHỌN:

-a Tìm kiếm với số Accession

-f Đầu ra định dạng Fasta

-q Chỉ xuất trình tự (một dòng)

-s <#> Bắt đầu ở vị trí #

-e <#> Dừng lại ở vị trí #

-o Các tùy chọn và thông tin khác ...

-D Chỉ định thư mục cơ sở dữ liệu

-H Hiển thị dữ liệu tiêu đề chỉ mục

-p Hiển thị tên mục nhập trong đường dẫn tìm kiếm

-r Trình tự in ở định dạng 'thô'

-m Tìm nạp từ cơ sở dữ liệu mini hỗn hợp

-M Đầu ra định dạng nhỏ

-b KHÔNG đảo ngược thứ tự của byte (SunOS, IRIX làm ngược lại, không phải Alpha)

-d Chỉ định tệp cơ sở dữ liệu (tránh điều này)

-i Chỉ định tệp chỉ mục (tránh điều này)

-l Chỉ định bảng tra cứu bộ phận (tránh điều này)

-B Chỉ định cơ sở dữ liệu (cổ)

-A Chỉ trả lại tên mục cho số gia nhập

-n Đặt tên này cho dãy

-x Không yêu cầu truy vấn để khớp chính xác tên của mục nhập (tránh)

-w Đối với Wormpep: cũng tìm nạp mục nhập SwissProt được tham chiếu chéo

-h hiển thị văn bản trợ giúp này

MÔI TRƯỜNG

SWDIR = Thư mục SwissProt - cơ sở dữ liệu và các tệp chỉ mục EMBL PIRDIR = PIR
-- " -- WORMDIR = Wormpep -- " -- EMBLDIR = EMBL -- " -- GBDIR =
Ngân hàng gen -- " -- PRODOMDIR = ProDom -- " -- PROSITEDIR = ProSite -- " -- DBDIR
= Của chính người dùng -- " -- (định dạng fasta)

Tệp cơ sở dữ liệu SEQDB (SwissProt mặc định)

Bảng tra cứu phân chia DIVTABL tệp chỉ mục SEQDBIDX

Bán tại. setenv DBDIR / pubseq / seqlibs / embl /

Lưu ý rằng PD có thể tìm nạp các seq đồng thuận của gia đình Prodom: _ #

Sử dụng efetch trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net