Đây là lệnh em_conse có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
khuyết điểm - Tạo một chuỗi đồng thuận từ nhiều liên kết
SYNOPSIS
khuyết điểm -sự nối tiếp bộ tiếp theo [-tập tin dữ liệu ma trận] [-lurality phao] [-xác thực số nguyên]
[-bộ đựng phao] -outseq phần tiếp theo [-Tên chuỗi]
khuyết điểm -Cứu giúp
MÔ TẢ
khuyết điểm là một chương trình dòng lệnh từ EMBOSS (“Phần mềm Mở Sinh học Phân tử Châu Âu
Thượng hạng"). Nó là một phần của (các) nhóm lệnh "Căn chỉnh: Đồng thuận".
LỰA CHỌN
Đầu vào phần
-sự nối tiếp bộ tiếp theo
Tệp chứa căn chỉnh theo trình tự.
-tập tin dữ liệu ma trận
Đây là tệp ma trận tính điểm được sử dụng khi so sánh các chuỗi. Theo mặc định, nó là
tệp 'EBLOSUM62' (đối với protein) hoặc tệp 'EDNAFULL' (đối với trình tự nucleic). Này
các tệp được tìm thấy trong thư mục 'dữ liệu' của cài đặt EMBOSS.
thêm vào phần
-lurality phao
Đặt giới hạn cho số lượng kết quả tích cực dưới đây mà không có sự đồng thuận.
Số nhiều mặc định được coi là một nửa tổng trọng lượng của tất cả các chuỗi trong
sự liên kết. Giá trị mặc định: @ ($ (sequence.totweight) / 2)
-xác thực số nguyên
Cung cấp cơ sở thiết lập số lượng nhận dạng cần thiết tại một trang web để nó
đưa ra một sự đồng thuận tại vị trí đó. Do đó, nếu điều này được đặt thành số
trình tự trong sự liên kết chỉ các cột danh tính góp phần tạo nên sự đồng thuận.
-bộ đựng phao
Đặt ngưỡng cho các kết quả phù hợp tích cực mà trên đó sự đồng thuận là chữ hoa
và dưới đó sự đồng thuận là chữ thường. Giá trị mặc định: @(
$ (sequence.totweight) / 2)
Đầu ra phần
-outseq phần tiếp theo
-Tên chuỗi
Sử dụng em_conse trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
