Đây là lệnh fastq-stats có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
fastq-stats - ea-utils: tạo ra rất nhiều thống kê dễ hiểu
SYNOPSIS
thống kê nhanh [lựa chọn]
MÔ TẢ
Phiên bản: 1.01 $ Id: fastq-stats.cpp 652 2013-09-17 17: 40: 32Z earonesty $
Tạo ra nhiều thống kê dễ hiểu cho các tệp được liệt kê
Các lựa chọn
-c cyclemax: chu kỳ tối đa mà các thống kê chất lượng sau đây được tạo ra [35] -w INT
window: kích thước cửa sổ tối đa để tạo thống kê đọc trùng lặp [2000000] -d gỡ lỗi:
in ra các câu lệnh gỡ lỗi -D không làm số liệu thống kê đọc trùng lặp -s INT số đầu
đọc trùng lặp để hiển thị -x Thống kê fastx đầu ra FIL (yêu cầu tên tệp đầu ra) -b
Phân tích cơ sở đầu ra FIL theo chất lượng theo phred ở mọi chu kỳ.
Nó đặt cylemax thành độ dài đọc dài nhất
-L Số lượng độ dài đầu ra FIL
Dữ liệu sau được in ra stdout:
đọc: #reads trong tệp fastq
len: độ dài đọc. trung bình và stdev được cung cấp cho độ dài đọc thay đổi
phred: thang đo phred được sử dụng
kích thước cửa sổ
: Số lần đọc được sử dụng để tạo thống kê số lần đọc trùng lặp
chu kỳ-tối đa
: Số lượng cơ sở để đánh giá tính trùng lặp
dups: Số lần đọc trùng lặp
% trùng lặp: Số lần đọc Pct bị trùng lặp
độc đáo-trùng lặp seq
: Số chuỗi được trùng lặp
số lượng tối thiểu
: Kiểm đếm trùng lặp nhỏ nhất cho bất kỳ chuỗi trùng lặp nào
trùng lặp
: Liệt kê 10 lần đọc trùng lặp thường xuyên nhất cùng với số trung bình và stdev
chất lượng: Chất lượng cơ sở tối thiểu, tối đa và trung bình
% A,% T,% C,% G
: phần trăm cơ bản
tổng số cơ sở
: tổng số cơ sở
Sử dụng fastq-stats trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net
