Đây là gaeval lệnh có thể được chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
gaeval - tính toán mức độ bao phủ và điểm liên quan cho các mô hình gen dựa trên bảng điểm
sự liên kết
SYNOPSIS
gaeval [lựa chọn] sắp xếp.gff3 gien.gff3 [thêmgenes.gff3 ...]
MÔ TẢ
Các tùy chọn cơ bản:
-h| - trợ giúp
in thông báo trợ giúp này và thoát
-v| --version
in số phiên bản và thoát
Trọng số để tính điểm toàn vẹn (phải cộng tới 1.0):
-a| --alpha: NHÂN ĐÔI
intron được xác nhận, hoặc% chiều dài CDS dự kiến cho các gen exon đơn; mặc định là 0.6
-b| --beta: DOUBLE
bảo hiểm exon; mặc định là 0.3
-g| --gamma: DOUBLE
% độ dài UTR dự kiến 5 '; mặc định là 0.05
-e| --epsilon: DOUBLE
% độ dài UTR dự kiến 3 '; mặc định là 0.05
Độ dài tính năng dự kiến để tính điểm toàn vẹn:
-c| --exp-cds: INT
độ dài CDS dự kiến (tính bằng bp); mặc định là 400
-5| --exp-5putr: INT
chiều dài UTR dự kiến 5 '; mặc định là 200
-3| --exp-3putr: INT
chiều dài UTR dự kiến 3 '; mặc định là 100
Sử dụng gaeval trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
