Đây là lệnh tỏi có thể được chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
tỏi - chương trình trực quan hóa phân tử
SYNOPSIS
tỏi [đúng tỏi lựa chọn] [X11 lựa chọn] [tên tập tin]
MÔ TẢ
Tài liệu ngắn gọn về trang hướng dẫn này tỏi, một chương trình trực quan hóa phân tử miễn phí.
Tài liệu phong phú ở định dạng HTML và các nguồn có thể được tìm thấy tại nhà tỏi,
<URL:http://garlic.mefos.hr/garlic/>. Địa điểm thực tế: Trường Y, Đại học
của Osijek, Croatia, Châu Âu. Các gói được biên dịch sẵn cho một số bản phân phối GNU / Linux
có sẵn. Chúng bao gồm Debian, SuSE, Mandriva, Linspire và một số
các bản phân phối. Tài liệu HTML có thể được tải xuống và giải nén để sử dụng cục bộ (khuyến nghị
sử dụng). Tại đây bạn có thể tìm thấy một mô tả rất ngắn về chương trình và danh sách lệnh
tùy chọn dòng.
tỏi là một chương trình trực quan hóa phân tử ban đầu được viết để điều tra về
các protein màng. Giờ đây, nó có thể được sử dụng để hình dung và chỉnh sửa đơn giản tất cả các protein và
các phân tử. Phiên bản này nhận dạng định dạng PDB phiên bản 2.1; xem tập tin nguồn pdb_atom.c
để biết chi tiết về định dạng này.
LỰA CHỌN
Các tùy chọn dòng lệnh có thể được chia thành hai nhóm: đúng (riêng) tỏi lựa chọn và X11
lựa chọn. Các tùy chọn có thể được đưa ra theo bất kỳ thứ tự nào. Tất cả các tùy chọn và giá trị mặc định được mã hóa cứng là
được liệt kê trong bảng dưới đây. Đối với mỗi tham số, giá trị được xác định thông qua dòng lệnh là
đã sử dụng, nếu có. Nếu không, giá trị được xác định trong .garlicrc tệp được sử dụng. Nếu như .garlicrc
tệp không có sẵn hoặc không có mục nhập tương ứng trong tệp này, được mã hóa cứng
giá trị mặc định được sử dụng. Mẫu .garlicrc tệp được bao gồm trong gói ban đầu chứa
các giá trị bằng giá trị mặc định được mã hóa cứng.
tỏi lựa chọn:
-NS, --Cứu giúp
In trợ giúp và thoát.
-v, --phiên bản
Phiên bản in và thoát.
-NS, --Đăng ký
Đăng ký tỏi: thông báo cho tác giả rằng trang web của bạn đã cài đặt tỏi và ai đó
sẽ sử dụng chương trình này. Bằng cách đăng ký, bạn đang khuyến khích tác giả
tiếp tục phát triển của tỏi. Bạn cũng có thể giúp tác giả để đảm bảo hỗ trợ cho
phát triển hơn nữa. Tùy chọn này sẽ gửi một tin nhắn e-mail ngắn, chỉ chứa
tiêu đề thư e-mail và từ 'Xin chào!', để[email được bảo vệ]>. Vui lòng
thực thi tỏi -r nếu bạn định sử dụng chương trình này. Nếu bạn không kết nối với
Internet, hãy xem xét gửi một tin nhắn ngắn từ một số hệ thống khác.
-nosys Ẩn biểu tượng hệ tọa độ (góc trên cùng bên trái).
-không kiểm soát
Ẩn cửa sổ điều khiển (góc trên bên phải).
-âm thanh nổi
Hiển thị hình ảnh âm thanh nổi.
-phiến chế độ
Chế độ phiến mặc định. Các chế độ tấm có sẵn là: tắt, phẳng (mặc định), hình cầu,
nửa hình cầu, hình trụ và nửa hình trụ.
-mờ dần chế độ
Chế độ phai màu mặc định. Các chế độ khả dụng: tắt, phẳng (mặc định), hình cầu,
nửa hình cầu, hình trụ và nửa hình trụ.
-như con số
Kiểu vẽ nguyên tử mặc định (mặc định được mã hóa cứng: 2).
-b con số
Kiểu vẽ trái phiếu mặc định (mặc định được mã hóa cứng: 2).
-fs con số
Số bề mặt phai màu mặc định. Mặt phẳng song song, mặt cầu đồng tâm hoặc
hình trụ đồng tâm có thể được sử dụng làm bề mặt mờ dần. Ba bộ ba RGB là
được chỉ định cho mỗi bề mặt. Các bề mặt cách đều nhau; ít nhất một và nhiều nhất
tám nên được xác định. Ít nhất ba màu (trái, giữa và phải) là
được gán cho mỗi nguyên tử khả kiến. Ba màu này dựa trên vị trí của một
nguyên tử đã cho so với (các) bề mặt mờ gần nhất và trên các màu được gán cho
các bề mặt này. Màu sắc được kết hợp bằng cách sử dụng trọng số tuyến tính.
-lc màu sắc
Màu còn lại ở bề mặt thứ i; tôi nằm trong khoảng từ XNUMX đến XNUMX. Chuỗi màu
nên tương thích với X11R5. Màu xanh lam, ví dụ, có thể được định nghĩa là màu xanh lam hoặc là
RGB: 0000/0000 / FFFF, v.v. Ví dụ -lc4 RGB: BBBB / 8888/4444 xác định màu bên trái
ở bề mặt có chỉ số bằng bốn.
-mc màu sắc
Màu giữa ở bề mặt thứ i.
-rc màu sắc
Đúng màu ở bề mặt thứ i.
-máy tính, --print-config
In dữ liệu cấu hình và thoát.
-pcn In tên con trỏ vào stdout và thoát.
-log tệp nhật ký
Viết lệnh và tin nhắn vào tệp nhật ký. Tệp sẽ được tạo hiện tại
thư mục làm việc. Nếu không được, tệp nhật ký sẽ được tạo trong trang chủ của người dùng
thư mục.
X11 tùy chọn:
-trưng bày tên hiển thị
Máy chủ X để liên hệ.
-hình học địa chất
Hình học cửa sổ (mặc định: gần như toàn bộ màn hình).
-bg màu sắc
Màu nền của cửa sổ chính (mặc định là màu đen).
-fg màu sắc
Màu nền trước của cửa sổ chính (mặc định: trắng).
-fn tên phông chữ
Phông chữ văn bản; (mặc định là 10x20).
-tbg màu sắc
Màu nền văn bản (mặc định là màu đen).
-tfg màu sắc
Màu văn bản (mặc định là màu trắng).
-con trỏ tên con trỏ
Tên con trỏ; Thấy chưa /usr/include/X11/cursorfont.h cho những cái tên; loại bỏ tiền tố XC_.
Sử dụng tỏi trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net