gff2aplot - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gff2aplot - Chuyển đổi các tệp GFF để sắp xếp theo cặp thành PostScript.

SYNOPSIS

gff2aplot [tùy chọn]

MÔ TẢ

Trang hướng dẫn sử dụng này tài liệu ngắn gọn về gff2aplot chỉ huy.

gff2aplot là một chương trình vẽ các ô căn chỉnh đầy màu sắc từ các tệp GFF cho điều đó
căn chỉnh và hai chú thích trình tự.

LỰA CHỌN

Dấu gạch ngang kép trên chính nó "--" báo hiệu sự kết thúc của các tùy chọn và sự bắt đầu của tên tệp (nếu
hiện tại). Bạn có thể sử dụng một dấu gạch ngang "-" làm phần giữ chỗ STDIN. Các tùy chọn có sẵn và một
mô tả ngắn được liệt kê ở đây:

-NS, --Cứu giúp
Hiển thị tóm tắt các tùy chọn.

--phiên bản
Hiển thị phiên bản hiện tại và thoát.

-v, --dài dòng
Chế độ dài dòng, báo cáo đầy đủ được gửi tới lỗi tiêu chuẩn (mặc định được đặt thành hiển thị
chỉ CẢNH BÁO).

-V, --logs-tên tệp
Báo cáo được ghi vào một tệp nhật ký.

-NS, --Yên lặng
Chế độ im lặng, không hiển thị bất kỳ thông báo/cảnh báo nào về lỗi tiêu chuẩn (chỉ báo cáo
LỖI).

-P, - kích thước trang
Đặt kích thước trang trong số những trang được xác định trước, xem bên dưới để biết danh sách các trang có sẵn
định dạng).

- biên trái

- biên-phải

--lề trên

--lề-dưới
Đặt lề mỗi trang thành . Nếu không có đơn vị nào được cung cấp, điểm sẽ được giả định,
bạn có thể sử dụng điểm, milimét, cm hoặc inch (pt, mm, cm hoặc in,
tương ứng).

-NS, --màu nền
Màu nền.

-NS, --màu nền
Màu nền.

-NS, --chức vụ
Xác định tiêu đề cốt truyện.

-NS, --phụ đề
Xác định phụ đề cốt truyện.

-NS, --x-nhãn
Xác định nhãn trục X.

-Ừ, --y-nhãn
Xác định nhãn trục Y.

-L, --phần trăm-hộp-nhãn
Xác định nhãn hộp phần trăm.

-l, --thêm-hộp-nhãn
Xác định nhãn hộp bổ sung.

-NS, --x-chuỗi-coords

-NS, --bắt đầu-x-chuỗi
Đặt nucleotide đầu tiên trong chuỗi X.

-VÀ, --end-x-chuỗi
Đặt trình tự X nucleotide cuối cùng.

-y, ---y-chuỗi-coords

-S, --bắt đầu-y-chuỗi
Đặt nucleotide đầu tiên theo trình tự Y.

-e, --end-y-chuỗi
Đặt trình tự Y nucleotide cuối cùng.

--x-chuỗi-thu phóng

--y-chuỗi-thu phóng

-Z, --phóng [ [-NS ] [-E ] [-NS ] [-e ] ]
Tùy chọn này phóng to khu vực bạn đã chọn bằng -S,-E,-s,-e (cả 4 đều là tùy chọn).

-z, --khu vực thu phóng [ [-NS ] [-E ] [-NS ] [-e ] ]
Tùy chọn này đánh dấu một vùng thu phóng trên đồ thị của bạn nhưng không thực hiện thu phóng.

-MỘT, --tên căn chỉnh
Xác định căn chỉnh nào sẽ được vẽ nếu bạn có nhiều căn chỉnh
trong đầu vào gff của bạn.

-N, --x-tên-chuỗi
Xác định trình tự nào sẽ được vẽ ở trục X.

-N, --y-chuỗi-tên
Xác định trình tự nào sẽ được vẽ ở trục Y.

-NS, --aplot-xy-noteq
Theo mặc định, trục X và Y có cùng độ dài, tùy chọn này sẽ vô hiệu hóa hành vi đó, vì vậy X
và trình tự Y sẽ có độ dài trục tỉ lệ với độ dài nucleotide của chúng.

-NS, --xy-trục-tỷ lệ <X/Y tỷ lệ>
Tùy chọn này cho phép người ta đặt tỷ lệ khác nhau giữa độ dài trục X và Y (bằng cách
mặc định là '1'). Giá trị dưới 1 làm cho Y lớn hơn X và lớn hơn 1 dẫn đến
nhận được X lớn hơn Y. # Phải được giải thích rõ hơn.

-À, --aln-scale-width
Tỷ lệ điểm về chiều rộng cho các dòng Aplot.

-w, --aln-thang-màu
Tỷ lệ điểm về màu sắc cho các dòng Aplot.

-K, --show-ruy băng
Buộc các dải băng cho tất cả các đối tượng trên trục là: (N)one, (L)ines, (R)ibbons, (B)oth.

-NS, --show-lưới
Bật lưới 'bật' (mặc định là 'tắt').

-NS, --ẩn-lưới
Tắt lưới 'tắt' (nếu được bật từ các tệp tùy chỉnh).

-TÔI, --show-phần trăm-hộp
Bật 'hộp Phần trăm' (mặc định là 'tắt').

-tôi, --hide-phần trăm-hộp
Tắt hộp Phần trăm (nếu được đặt thành 'bật' trên các tệp tùy chỉnh).

-Ồ, --show-thêm hộp
Bật 'bật' Hộp phụ (mặc định là 'tắt').

-ồ, --ẩn-thêm-hộp
Tắt 'Tắt' Hộp bổ sung (nếu được đặt thành 'bật' trên các tệp tùy chỉnh).

-NS, --aplot-box-màu
Phân bổ màu nền của hộp chính.

-NS, --phần trăm-hộp-màu
Màu nền của hộp phần trăm.

-NS, --hộp-màu-thêm
Màu nền hộp bổ sung.

--nopscảnh báo
Tắt các cảnh báo có thể xuất hiện trên hình PostScript cuối cùng khi chuỗi X,
Thiếu dữ liệu đầu vào chuỗi Y và/hoặc căn chỉnh.

-một, --ẩn-tín dụng
Tắt dòng tín dụng gff2aplot trên cốt truyện.

--gỡ lỗi
Báo cáo nội dung thay đổi khi thử nghiệm chương trình. Yêu cầu tệp báo cáo nhật ký đó
tùy chọn cũng đã được kích hoạt.

--layout-var ' '

--sequence-var ' '

--nguồn-var ' '

--strand-var ' '

--group-var ' '

--feature-var ' '
Đang tải biến tùy chỉnh tính năng/nhóm/sợi/nguồn/trình tự/bố cục từ
dòng lệnh. Bạn có thể đặt một số biến bằng cách lặp lại bất kỳ tùy chọn nào trong số này,
I E:
... --feature-var 'cds::feature_shape=box'
--feature-var 'cds::feature_color=blue' ...

-NS, --tên tệp tùy chỉnh
Đang tải các tham số tùy chỉnh từ một tệp nhất định (nếu mặc định là ".gff2aplotrc"
tồn tại được tải trước nó).

Đó là những màu được xác định trong gff2aplot:
+ Màu mặc định: đen trắng.
+ Bảng màu:
xám hồng đỏ tươi tím xanh da trời xanh lục lam xanh nước biển
xanh lá cây xanh vàng cam đỏ nâu
Bạn có thể nhận được tối đa chín sắc thái màu từ Màu biến đổi với "verydeep",
các tiền tố "sâu", "rất tối", "tối", "sáng", "rất sáng", "nhạt" và "rất nhạt",
ví dụ như:
verydeepblue, deepblue, verydarkblue, darkblue, blue, lightblue, verylightblue,
xanh nhạt và xanh rất nhạt.
+ Màu sắc động: cầu vồng chuyển màu.

Có các kích thước trang sau: từ A0 đến A10, từ B0 đến B10, 10x14,
điều hành, folio, sổ cái, pháp lý, thư, quarto, tuyên bố và báo lá cải.

MÔI TRƯỜNG BIẾN

Có hai biến môi trường mà người dùng có thể đặt theo sở thích của họ:
+ Bạn có thể chỉ định đường dẫn để gff2aplot có thể tìm thấy các file mặc định bằng shell
biến "GFF2APLOT_CUSTOMPATH". Giá trị mặc định là đường dẫn bạn đang chạy
gff2aplot.
+ Bạn cũng có thể xác định tên tệp tùy chỉnh mặc định mà bạn muốn với biến
"GFF2APLOT_CUSTOMFILE", tên tệp mặc định của chương trình cho tệp tùy chỉnh là ".gff2aplotrc".
+ Hiện tại gff2aplot không cần ghi file tạm nên các phiên bản trước
Biến đường dẫn thư mục tạm thời mặc định ("GFF2APLOT_TMP") không còn được sử dụng.
+ Đặt các vars đó trong Bourne-shell và C-shell:
o Sử dụng Bourne-Shell (ví dụ bash):
xuất GFF2APLOT_CUSTOMPATH="đường dẫn" xuất GFF2APLOT_CUSTOMFILE="tên_tệp"
o Sử dụng C-Shell:
setenv GFF2APLOT_CUSTOMPATH "đường dẫn" setenv GFF2APLOT_CUSTOMFILE "tên_tệp"

Sử dụng gff2aplot trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net