giira - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

giira - Nhận dạng gen Kết hợp dữ liệu RNA-Seq và các lần đọc mơ hồ

SYNOPSIS

giira -iG genFile.fasta -iR rnaFile.fastq -libPath

MÔ TẢ

GIIRA (Nhận dạng gen Kết hợp dữ liệu RNA-Seq và các lần đọc mơ hồ) là một phương pháp để
xác định các vùng gen tiềm năng trong bộ gen dựa trên ánh xạ RNA-Seq và kết hợp
đọc được ánh xạ mơ hồ.

LỰA CHỌN

-h : nhắn tin trợ giúp và thoát

-iG [pathToGenomes] : chỉ định đường dẫn đến thư mục chứa tệp bộ gen ở định dạng fasta

-iR [pathToRna] : chỉ định đường dẫn đến thư mục chứa các tệp đọc rna ở định dạng fastq

-script [absolutePath] : chỉ định đường dẫn tuyệt đối tới thư mục chứa
tập lệnh trợ giúp cần thiết, MẶC ĐỊNH: thư mục của GIIRA.jar

-ngoài [pathToResults] : chỉ định thư mục chứa các tệp kết quả

-outName [outputName] : chỉ định tên mong muốn cho tệp đầu ra, MẶC ĐỊNH: gen

-cóSam [samfileName]: nếu tệp sam đã tồn tại, hãy cung cấp tên, nếu không thì sẽ có ánh xạ
được thực hiện. LƯU Ý: tệp sam phải được sắp xếp theo tên đã đọc!

-nT [numberThreads] : chỉ định số lượng luồng tối đa được phép sử dụng,
ĐỊNH NGHĨA: 1

-mT [tophat/bwa/bwasw] : chỉ định công cụ mong muốn cho ánh xạ đọc, MẶC ĐỊNH: tophat

-mình [int] : chỉ định dung lượng bộ nhớ mà cplex được phép sử dụng

-maxReportedHits [int] : nếu sử dụng BWA làm công cụ ánh xạ, hãy chỉ định số lượng tối đa của
lượt truy cập được báo cáo, MẶC ĐỊNH: 2

-sinh vật nhân sơ : nếu được chỉ định, bộ gen được coi là sinh vật nhân sơ, không có lần đọc nối nào
được chấp nhận và các gen cấu trúc được giải quyết. MẶC ĐỊNH: n

-minCov [double] : chỉ định phạm vi yêu cầu tối thiểu của việc trích xuất ứng cử viên gen,
VỠ NỢ: -1 (được ước tính từ bản đồ)

-maxCov [double] : ngưỡng bao phủ tối đa tùy chọn, cũng có thể được ước tính từ ánh xạ
(VỠ NỢ)

-endCov [double] : nếu phạm vi bảo hiểm giảm xuống dưới giá trị này, ứng cử viên hiện đang mở
gen bị đóng lại. Giá trị này có thể được ước tính từ mức độ bao phủ tối thiểu (-1);
VỠ NỢ: -1

-dispCov [0/1] : ước tính (1) biểu đồ vùng phủ sóng cho ánh xạ đọc, MẶC ĐỊNH: 0

-giới thiệu [int] : chỉ định kích thước tối thiểu của khoảng cách giữa các gen ứng cử viên gần, nếu
"-1" nó bằng độ dài đọc. MẶC ĐỊNH: -1

-splLim [double]: chỉ định phạm vi bao phủ tối thiểu cần thiết để chấp nhận vị trí mối nối,
nếu-1) ngưỡng bằng minCov, MẶC ĐỊNH: -1

-rL [int] : chỉ định độ dài đọc, nếu không thông tin này sẽ được trích xuất từ ​​​​file SAM
(VỠ NỢ)

-samForSequential [pathToSamFile] : nếu muốn phân tích nhiễm sắc thể trong một
theo cách tuần tự, cung cấp một tệp sam được sắp xếp theo nhiễm sắc thể bên cạnh tệp
được sắp xếp theo tên đã đọc, MẶC ĐỊNH: noSequential

-noAmbiOpti : nếu được chỉ định, các lượt truy cập không rõ ràng sẽ không được đưa vào phân tích

-settingMapper [(danh sách các tham số)] : Danh sách các tham số mong muốn được phân tách bằng dấu phẩy
cho TopHat hoặc BWA. Xin vui lòng cung cấp

đối với mỗi tham số là một cặp chỉ báo và giá trị, được phân tách bằng dấu bằng.
Lưu ý rằng các tham số dành cho 3 phần khác nhau (lập chỉ mục, aln, sam) của BWA
phải được phân cách bằng một thanh chữ thường

Ví dụ: -settingMapper [-a=is_-t=5,-N_-n=5]

Sử dụng giira trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net