gmx-dyndom - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gmx-dyndom - Nội suy và ngoại suy phép quay cấu trúc

SYNOPSIS

gmx dyndom [-f [<.pdb>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xtc / .trr / ...>]]
[-góc đầu tiên ] [-cuối cùng ] [-nframe ]
[-maxangle ] [-Dịch ] [-cái đầu ]
[-đuôi ]

MÔ TẢ

GMX triều đại đọc một .pdb đầu ra tập tin từ DynDom (http://www.cmp.uea.ac.uk/dyndom/). Nó
đọc tọa độ, tọa độ của trục quay và tệp chỉ mục chứa
các miền. Hơn nữa, nó lấy nguyên tử đầu tiên và cuối cùng của tệp mũi tên làm lệnh
đối số dòng (đầu và đuôi) và cuối cùng nó lấy vectơ dịch (cho trong
tệp thông tin DynDom) và góc xoay (cũng như đối số dòng lệnh). Nếu góc
được xác định bởi DynDom được đưa ra, người ta có thể khôi phục cấu trúc thứ hai được sử dụng cho
tạo đầu ra DynDom. Do độ chính xác về mặt số học có hạn nên điều này
được xác minh bằng cách tính toán RMSD toàn nguyên tử (sử dụng GMX sự hội họp) thay vì so sánh tập tin
(sử dụng khác biệt).

Mục đích của chương trình này là nội suy và ngoại suy phép quay được tìm thấy bởi
DynDom. Kết quả là các cấu trúc phi vật lý có liên kết dài hoặc ngắn hoặc các nguyên tử chồng lên nhau
có thể được sản xuất. Kiểm tra trực quan và giảm thiểu năng lượng có thể cần thiết để xác nhận
cấu trúc.

LỰA CHỌN

Các tùy chọn để chỉ định các tệp đầu vào:

-f [<.pdb>] (dyndom.pdb)
Tệp ngân hàng dữ liệu protein

-n [<.ndx>] (tên miền.ndx)
Tệp chỉ mục

Các tùy chọn để chỉ định tệp đầu ra:

-o [<.xtc / .trr / ...>] (xoay.xtc)
Quỹ đạo: xtc trr Gro g96 pdb tng

Các lựa chọn khác:

-góc đầu tiên (0)
Góc quay đối với vectơ quay

-cuối cùng (0)
Góc quay đối với vectơ quay

-nframe (11)
Số bước trên đường đi

-maxangle (0)
DymDom xác định góc quay đối với vectơ quay

-Dịch (0)
Dịch (Angstrom) dọc theo vectơ xoay (xem tệp thông tin DynDom)

-cái đầu (0 0 0)
Nguyên tử đầu tiên của vectơ mũi tên

-đuôi (0 0 0)
Nguyên tử cuối cùng của vector mũi tên

Sử dụng gmx-dyndom trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net